Protein–RNA interactions for Protein: Q9CQ56

Use1, Vesicle transport protein USE1, mousemouse

Predictions only

Length 270 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Use1Q9CQ56 Foxp1-230ENSMUST00000177437 2468 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
Use1Q9CQ56 Trim47-202ENSMUST00000106441 2192 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
Use1Q9CQ56 Fam71b-201ENSMUST00000063166 2185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
Use1Q9CQ56 Nmnat3-202ENSMUST00000112937 1898 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
Use1Q9CQ56 Vgf-204ENSMUST00000190827 2834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
Use1Q9CQ56 Lca5l-201ENSMUST00000054855 2508 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
Use1Q9CQ56 Snhg20-202ENSMUST00000149822 593 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
Use1Q9CQ56 0610010K14Rik-202ENSMUST00000021181 779 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
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Use1Q9CQ56 AC114678.1-201ENSMUST00000219640 622 ntTSL 3 BASIC17.38■□□□□ 0.37
Use1Q9CQ56 Gar1-201ENSMUST00000029643 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
Use1Q9CQ56 Mtcl1-201ENSMUST00000086693 7221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
Use1Q9CQ56 Sox30-201ENSMUST00000049038 2997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
Use1Q9CQ56 Eif5a-210ENSMUST00000108613 1343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
Use1Q9CQ56 Cox18-202ENSMUST00000118816 1307 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
Use1Q9CQ56 Insig2-201ENSMUST00000003818 2697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
Use1Q9CQ56 Slc9a5-201ENSMUST00000073149 3499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
Use1Q9CQ56 Nbl1-201ENSMUST00000042844 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
Use1Q9CQ56 Gm26646-201ENSMUST00000180715 1490 ntTSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
Use1Q9CQ56 Dusp8-201ENSMUST00000039926 4804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
Use1Q9CQ56 Garem1-201ENSMUST00000049260 4923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
Use1Q9CQ56 2410004B18Rik-201ENSMUST00000039571 1547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
Use1Q9CQ56 Dpf1-203ENSMUST00000108230 1553 ntTSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
Use1Q9CQ56 Lrig1-201ENSMUST00000032105 4831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
Use1Q9CQ56 Fam43b-201ENSMUST00000105032 2437 ntAPPRIS P1 BASIC17.37■□□□□ 0.37
Use1Q9CQ56 Man2a1-201ENSMUST00000086723 6991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
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Use1Q9CQ56 Hyi-201ENSMUST00000006562 910 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
Use1Q9CQ56 6030445D17Rik-201ENSMUST00000084593 1728 ntAPPRIS P1 BASIC17.37■□□□□ 0.37
Use1Q9CQ56 Nkd1-201ENSMUST00000034086 3035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
Use1Q9CQ56 Mtmr3-202ENSMUST00000109943 5674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
Use1Q9CQ56 Spata2l-202ENSMUST00000166768 2707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
Use1Q9CQ56 Il23a-201ENSMUST00000026449 1360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
Use1Q9CQ56 Atp9a-211ENSMUST00000178504 3668 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
Use1Q9CQ56 Rnf157-201ENSMUST00000100202 4619 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
Use1Q9CQ56 Gm26798-201ENSMUST00000181384 2837 ntTSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
Use1Q9CQ56 Atxn7-203ENSMUST00000223880 2946 ntAPPRIS P2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
Use1Q9CQ56 Pigw-201ENSMUST00000067058 2675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
Use1Q9CQ56 Dlgap2-209ENSMUST00000152652 3842 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
Use1Q9CQ56 Mzt1-201ENSMUST00000042662 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
Use1Q9CQ56 Gnas-208ENSMUST00000109087 1716 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
Use1Q9CQ56 Mgme1-203ENSMUST00000110028 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
Use1Q9CQ56 Pard3-209ENSMUST00000160272 5815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
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Use1Q9CQ56 Nol7-201ENSMUST00000071926 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
Use1Q9CQ56 Zcrb1-208ENSMUST00000162160 850 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
Use1Q9CQ56 Gm44238-201ENSMUST00000203300 353 ntTSL 3 BASIC17.36■□□□□ 0.37
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Use1Q9CQ56 Avp-201ENSMUST00000046001 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
Use1Q9CQ56 Laptm4b-201ENSMUST00000022867 1902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
Use1Q9CQ56 Gm45906-201ENSMUST00000208911 1430 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
Use1Q9CQ56 Fev-201ENSMUST00000068631 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
Use1Q9CQ56 AC123834.2-201ENSMUST00000224038 2340 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
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Use1Q9CQ56 Nfatc3-201ENSMUST00000109308 5984 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
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Use1Q9CQ56 Gm14281-201ENSMUST00000121700 1294 ntBASIC17.34■□□□□ 0.37
Use1Q9CQ56 Thap8-201ENSMUST00000014072 1182 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
Use1Q9CQ56 Psmg4-202ENSMUST00000147632 555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
Use1Q9CQ56 Gm26634-201ENSMUST00000181146 1511 ntTSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
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Use1Q9CQ56 Chmp6-201ENSMUST00000026434 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
Use1Q9CQ56 Cmc4-201ENSMUST00000033543 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
Use1Q9CQ56 Ppp3ca-201ENSMUST00000056758 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
Use1Q9CQ56 Dbr1-201ENSMUST00000066650 2261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
Use1Q9CQ56 Kctd17-201ENSMUST00000089414 1180 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
Use1Q9CQ56 Ulk1-201ENSMUST00000031490 5213 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
Use1Q9CQ56 Cckbr-201ENSMUST00000033189 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
Use1Q9CQ56 Tfeb-203ENSMUST00000113284 1974 ntTSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.37
Use1Q9CQ56 Anks1b-208ENSMUST00000182053 1649 ntTSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.37
Use1Q9CQ56 Rnf44-204ENSMUST00000125871 4292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
Use1Q9CQ56 Frrs1l-201ENSMUST00000053681 6817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
Use1Q9CQ56 Gng5-203ENSMUST00000119130 593 ntTSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.36
Use1Q9CQ56 Cdk19os-202ENSMUST00000143103 1124 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
Use1Q9CQ56 Sox8-202ENSMUST00000173447 928 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
Use1Q9CQ56 Cdc34b-202ENSMUST00000188741 1252 ntBASIC17.33■□□□□ 0.36
Use1Q9CQ56 Gpx1-202ENSMUST00000191997 787 ntTSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.36
Use1Q9CQ56 Gm38205-201ENSMUST00000192243 258 ntBASIC17.33■□□□□ 0.36
Use1Q9CQ56 Cdc34-201ENSMUST00000020550 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
Use1Q9CQ56 Cdc34b-201ENSMUST00000021240 1233 ntAPPRIS P1 BASIC17.33■□□□□ 0.36
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 22.1 ms