Protein–RNA interactions for Protein: P39428

Traf1, TNF receptor-associated factor 1, mousemouse

Predictions only

Length 409 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Traf1P39428 Ltbp4-205ENSMUST00000121175 5118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Traf1P39428 Sdr39u1-201ENSMUST00000111325 1255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Traf1P39428 Bricd5-201ENSMUST00000054946 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Traf1P39428 Pstk-201ENSMUST00000075610 1135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Traf1P39428 Arhgef1-204ENSMUST00000117796 3508 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Traf1P39428 Donson-202ENSMUST00000114031 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
Traf1P39428 Slc25a4-201ENSMUST00000034049 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Traf1P39428 Trmt61a-201ENSMUST00000084947 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Traf1P39428 B4gat1-201ENSMUST00000053705 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Traf1P39428 Tmtc1-202ENSMUST00000100772 8269 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
Traf1P39428 Cachd1-201ENSMUST00000030257 5765 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Traf1P39428 Pias2-202ENSMUST00000114777 4968 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Traf1P39428 Gm11769-201ENSMUST00000140273 1657 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Traf1P39428 Alad-202ENSMUST00000107444 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Traf1P39428 Pigp-202ENSMUST00000113906 745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Traf1P39428 Zfp467-209ENSMUST00000114566 543 ntTSL 3 BASIC21.22■□□□□ 0.99
Traf1P39428 Gm5643-201ENSMUST00000117081 966 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
Traf1P39428 Smim1-212ENSMUST00000146543 839 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Traf1P39428 Gm18666-201ENSMUST00000190039 958 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
Traf1P39428 AC140264.2-202ENSMUST00000218746 817 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
Traf1P39428 Tmem239-201ENSMUST00000055421 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Traf1P39428 Myd88-201ENSMUST00000035092 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Traf1P39428 Eif4h-205ENSMUST00000202622 2726 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Traf1P39428 Pacsin3-215ENSMUST00000168916 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Traf1P39428 Pacsin3-201ENSMUST00000028694 1862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Traf1P39428 Spc24-205ENSMUST00000217382 1696 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
Traf1P39428 Gm26674-201ENSMUST00000180770 1446 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
Traf1P39428 Ccdc85c-202ENSMUST00000222310 4298 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
Traf1P39428 Tesmin-201ENSMUST00000025840 2234 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
Traf1P39428 Cpne7-201ENSMUST00000037900 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
Traf1P39428 Icam2-201ENSMUST00000001055 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
Traf1P39428 Gm15847-201ENSMUST00000121417 1065 ntBASIC21.21■□□□□ 0.99
Traf1P39428 Vps51-209ENSMUST00000160590 840 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
Traf1P39428 Brd1-201ENSMUST00000088911 4702 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
Traf1P39428 Hmga1-202ENSMUST00000117254 1328 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
Traf1P39428 Smpdl3a-201ENSMUST00000020022 1961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
Traf1P39428 Fbxo7-202ENSMUST00000117597 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.99
Traf1P39428 Fev-201ENSMUST00000068631 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
Traf1P39428 Meis3-205ENSMUST00000176506 1839 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
Traf1P39428 Rrp9-201ENSMUST00000047721 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
Traf1P39428 Zfp385b-204ENSMUST00000111831 2734 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
Traf1P39428 Gm2399-201ENSMUST00000104944 225 ntBASIC21.2■□□□□ 0.98
Traf1P39428 Serf1-204ENSMUST00000151821 570 ntTSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
Traf1P39428 Ramp1-203ENSMUST00000188475 711 ntTSL 3 BASIC21.2■□□□□ 0.98
Traf1P39428 Nrn1l-201ENSMUST00000060167 617 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
Traf1P39428 Gm8309-201ENSMUST00000206627 1448 ntBASIC21.2■□□□□ 0.98
Traf1P39428 Fbxl5-204ENSMUST00000119523 2801 ntTSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
Traf1P39428 Fam213a-201ENSMUST00000022317 1537 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Traf1P39428 Sept7-201ENSMUST00000115272 2533 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
Traf1P39428 Sox12-202ENSMUST00000182625 4453 ntAPPRIS P1 BASIC21.19■□□□□ 0.98
Traf1P39428 Atp10a-201ENSMUST00000168747 5419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Traf1P39428 Clybl-201ENSMUST00000026625 1231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Traf1P39428 Stmn1-201ENSMUST00000030636 1060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Traf1P39428 Dnajb2-201ENSMUST00000055223 1199 ntTSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
Traf1P39428 Prrg2-201ENSMUST00000007981 1295 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Traf1P39428 Gm26657-201ENSMUST00000181745 1308 ntAPPRIS P1 BASIC21.19■□□□□ 0.98
Traf1P39428 Cbln2-202ENSMUST00000122079 2549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Traf1P39428 Clcn4-206ENSMUST00000210594 2539 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
Traf1P39428 Adamtsl5-201ENSMUST00000095446 1957 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
Traf1P39428 Foxp1-225ENSMUST00000177229 1848 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
Traf1P39428 Dll3-201ENSMUST00000108315 2618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Traf1P39428 Cfl1-201ENSMUST00000116560 1148 ntTSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
Traf1P39428 Dmrta2os-202ENSMUST00000141893 691 ntTSL 3 BASIC21.18■□□□□ 0.98
Traf1P39428 Gm22325-201ENSMUST00000158904 308 ntBASIC21.18■□□□□ 0.98
Traf1P39428 Mvb12a-201ENSMUST00000034272 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Traf1P39428 Cmc1-201ENSMUST00000044220 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Traf1P39428 Dkk4-201ENSMUST00000033936 1315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Traf1P39428 Pcnp-202ENSMUST00000114444 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Traf1P39428 Surf4-201ENSMUST00000015011 3281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Traf1P39428 Flg-201ENSMUST00000050758 1488 ntBASIC21.18■□□□□ 0.98
Traf1P39428 Fam118a-201ENSMUST00000023069 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Traf1P39428 Hoxa10-202ENSMUST00000125581 2565 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Traf1P39428 Cfap206-202ENSMUST00000108136 1688 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Traf1P39428 Smap2-201ENSMUST00000043200 2905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Traf1P39428 Gfer-201ENSMUST00000046839 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Traf1P39428 Mboat4-201ENSMUST00000095345 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Traf1P39428 Gm3667-201ENSMUST00000171906 2053 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
Traf1P39428 Tifa-201ENSMUST00000054483 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Traf1P39428 Gnpda1-201ENSMUST00000063814 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Traf1P39428 Gm11249-201ENSMUST00000117071 859 ntBASIC21.17■□□□□ 0.98
Traf1P39428 Npm3-ps1-201ENSMUST00000119728 528 ntBASIC21.17■□□□□ 0.98
Traf1P39428 1110046J04Rik-201ENSMUST00000147622 397 ntTSL 3 BASIC21.17■□□□□ 0.98
Traf1P39428 Map7-205ENSMUST00000214231 675 ntTSL 3 BASIC21.17■□□□□ 0.98
Traf1P39428 Npm3-201ENSMUST00000070215 888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Traf1P39428 Galk1-201ENSMUST00000021114 1406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Traf1P39428 Vstm2b-203ENSMUST00000205845 1455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Traf1P39428 Minpp1-201ENSMUST00000025827 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Traf1P39428 Clint1-201ENSMUST00000109260 3311 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Traf1P39428 Bnc2-214ENSMUST00000176612 3963 ntTSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
Traf1P39428 Sbspon-201ENSMUST00000040695 2748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
Traf1P39428 Tmem185a-201ENSMUST00000101506 2429 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
Traf1P39428 Csnk1a1-210ENSMUST00000170862 2259 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
Traf1P39428 Trim72-202ENSMUST00000106248 2134 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
Traf1P39428 Ppp2r1b-209ENSMUST00000176349 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
Traf1P39428 A630072M18Rik-201ENSMUST00000190567 5410 ntBASIC21.16■□□□□ 0.98
Traf1P39428 Coq10b-201ENSMUST00000027125 1733 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
Traf1P39428 Paqr3-201ENSMUST00000069453 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
Traf1P39428 Tnfaip8l2-201ENSMUST00000013851 1122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
Traf1P39428 Enah-203ENSMUST00000111025 3385 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
Traf1P39428 Gm43231-201ENSMUST00000202960 2258 ntBASIC21.16■□□□□ 0.98
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 21.7 ms