Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Lmbrd1-202ENSMUST00000186096 688 ntTSL 2 BASIC30.31■■■□□ 2.44
Ccdc88bQ4QRL3 Smim10l1-204ENSMUST00000191462 574 ntTSL 3 BASIC30.31■■■□□ 2.44
Ccdc88bQ4QRL3 Arfip2-212ENSMUST00000209550 1141 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC30.31■■■□□ 2.44
Ccdc88bQ4QRL3 Arfip2-214ENSMUST00000210911 938 ntTSL 5 BASIC30.31■■■□□ 2.44
Ccdc88bQ4QRL3 Gorasp2-202ENSMUST00000112201 2417 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.3■■■□□ 2.44
Ccdc88bQ4QRL3 Cpne2-201ENSMUST00000048653 2342 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.3■■■□□ 2.44
Ccdc88bQ4QRL3 Slc25a10-201ENSMUST00000026899 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.3■■■□□ 2.44
Ccdc88bQ4QRL3 Gpr137b-ps-203ENSMUST00000220758 1942 ntTSL 1 (best) BASIC30.3■■■□□ 2.44
Ccdc88bQ4QRL3 Tpra1-223ENSMUST00000204765 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.3■■■□□ 2.44
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem79-203ENSMUST00000107553 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.3■■■□□ 2.44
Ccdc88bQ4QRL3 Pno1-201ENSMUST00000020317 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.3■■■□□ 2.44
Ccdc88bQ4QRL3 Psmd4-202ENSMUST00000107237 1332 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.29■■■□□ 2.44
Ccdc88bQ4QRL3 Srp68-201ENSMUST00000021133 2526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.29■■■□□ 2.44
Ccdc88bQ4QRL3 Lamp1-201ENSMUST00000033824 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.29■■■□□ 2.44
Ccdc88bQ4QRL3 Gm20695-202ENSMUST00000176233 1012 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.29■■■□□ 2.44
Ccdc88bQ4QRL3 Odf1-201ENSMUST00000081966 1105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.29■■■□□ 2.44
Ccdc88bQ4QRL3 Ankdd1a-201ENSMUST00000061766 1443 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.29■■■□□ 2.44
Ccdc88bQ4QRL3 Fam213a-202ENSMUST00000118466 1567 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.29■■■□□ 2.44
Ccdc88bQ4QRL3 Lpin2-213ENSMUST00000156570 1586 ntTSL 1 (best) BASIC30.29■■■□□ 2.44
Ccdc88bQ4QRL3 Cerkl-205ENSMUST00000143974 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.28■■■□□ 2.44
Ccdc88bQ4QRL3 Zdhhc13-201ENSMUST00000118927 2410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.28■■■□□ 2.44
Ccdc88bQ4QRL3 Rab5c-202ENSMUST00000107364 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.28■■■□□ 2.44
Ccdc88bQ4QRL3 Snrnp35-202ENSMUST00000111453 1181 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.28■■■□□ 2.44
Ccdc88bQ4QRL3 Twist2-202ENSMUST00000186075 2525 ntAPPRIS P1 BASIC30.28■■■□□ 2.44
Ccdc88bQ4QRL3 Gnb2-204ENSMUST00000111027 1610 ntTSL 5 BASIC30.28■■■□□ 2.44
Ccdc88bQ4QRL3 Ski-201ENSMUST00000030917 5522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.27■■■□□ 2.44
Ccdc88bQ4QRL3 Dpf1-203ENSMUST00000108230 1553 ntTSL 5 BASIC30.27■■■□□ 2.44
Ccdc88bQ4QRL3 Rae1-201ENSMUST00000029013 1742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.27■■■□□ 2.44
Ccdc88bQ4QRL3 Isca1-201ENSMUST00000057115 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.27■■■□□ 2.44
Ccdc88bQ4QRL3 Polr1c-201ENSMUST00000087026 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.27■■■□□ 2.44
Ccdc88bQ4QRL3 Ergic3-202ENSMUST00000088650 1349 ntTSL 1 (best) BASIC30.27■■■□□ 2.44
Ccdc88bQ4QRL3 Dedd-204ENSMUST00000111300 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.27■■■□□ 2.44
Ccdc88bQ4QRL3 Pacsin3-203ENSMUST00000111349 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.27■■■□□ 2.44
Ccdc88bQ4QRL3 Lrrc73-201ENSMUST00000095262 1384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.27■■■□□ 2.44
Ccdc88bQ4QRL3 Hdhd5-201ENSMUST00000075303 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.26■■■□□ 2.44
Ccdc88bQ4QRL3 Ak2-202ENSMUST00000102604 1781 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.26■■■□□ 2.44
Ccdc88bQ4QRL3 Nudt10-201ENSMUST00000103006 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.26■■■□□ 2.44
Ccdc88bQ4QRL3 Chmp7-201ENSMUST00000036381 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.26■■■□□ 2.44
Ccdc88bQ4QRL3 Gm18025-201ENSMUST00000221733 862 ntBASIC30.26■■■□□ 2.44
Ccdc88bQ4QRL3 Gm44544-201ENSMUST00000207052 1844 ntBASIC30.26■■■□□ 2.43
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp579-206ENSMUST00000162731 2489 ntAPPRIS P1 BASIC30.26■■■□□ 2.43
Ccdc88bQ4QRL3 Guca1b-202ENSMUST00000145462 1556 ntTSL 2 BASIC30.26■■■□□ 2.43
Ccdc88bQ4QRL3 2510002D24Rik-204ENSMUST00000191388 995 ntTSL 5 BASIC30.25■■■□□ 2.43
Ccdc88bQ4QRL3 Lamtor5-202ENSMUST00000199317 743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.25■■■□□ 2.43
Ccdc88bQ4QRL3 Id1-201ENSMUST00000038368 934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.25■■■□□ 2.43
Ccdc88bQ4QRL3 Cenpa-205ENSMUST00000144742 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.25■■■□□ 2.43
Ccdc88bQ4QRL3 Keap1-204ENSMUST00000193982 2163 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.25■■■□□ 2.43
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem145-202ENSMUST00000119703 1781 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.25■■■□□ 2.43
Ccdc88bQ4QRL3 Rncr4-201ENSMUST00000194541 2234 ntBASIC30.25■■■□□ 2.43
Ccdc88bQ4QRL3 Gm15375-201ENSMUST00000119510 849 ntBASIC30.25■■■□□ 2.43
Ccdc88bQ4QRL3 Gm16120-201ENSMUST00000127990 808 ntTSL 1 (best) BASIC30.25■■■□□ 2.43
Ccdc88bQ4QRL3 Trappc6a-201ENSMUST00000002112 785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.25■■■□□ 2.43
Ccdc88bQ4QRL3 4932443I19Rik-204ENSMUST00000214337 1212 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.25■■■□□ 2.43
Ccdc88bQ4QRL3 Ndufa6-201ENSMUST00000023085 560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.25■■■□□ 2.43
Ccdc88bQ4QRL3 Gnb5-201ENSMUST00000076889 1188 ntTSL 1 (best) BASIC30.25■■■□□ 2.43
Ccdc88bQ4QRL3 Coro7-202ENSMUST00000090480 1147 ntTSL 1 (best) BASIC30.25■■■□□ 2.43
Ccdc88bQ4QRL3 Ctdspl-201ENSMUST00000073109 4589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.25■■■□□ 2.43
Ccdc88bQ4QRL3 2310022B05Rik-201ENSMUST00000034464 3307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.24■■■□□ 2.43
Ccdc88bQ4QRL3 Atp5d-203ENSMUST00000105367 1410 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.24■■■□□ 2.43
Ccdc88bQ4QRL3 Gm26689-201ENSMUST00000180927 1818 ntTSL 1 (best) BASIC30.24■■■□□ 2.43
Ccdc88bQ4QRL3 Gm26553-201ENSMUST00000181531 1818 ntTSL 1 (best) BASIC30.24■■■□□ 2.43
Ccdc88bQ4QRL3 Gm20472-201ENSMUST00000174403 1240 ntBASIC30.24■■■□□ 2.43
Ccdc88bQ4QRL3 Hebp1-201ENSMUST00000045855 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.24■■■□□ 2.43
Ccdc88bQ4QRL3 Cacfd1-202ENSMUST00000114004 2194 ntTSL 1 (best) BASIC30.24■■■□□ 2.43
Ccdc88bQ4QRL3 Fam71b-201ENSMUST00000063166 2185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.24■■■□□ 2.43
Ccdc88bQ4QRL3 Cdkl3-203ENSMUST00000109076 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.24■■■□□ 2.43
Ccdc88bQ4QRL3 Btnl9-202ENSMUST00000066531 1945 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.24■■■□□ 2.43
Ccdc88bQ4QRL3 Chst7-201ENSMUST00000044138 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.24■■■□□ 2.43
Ccdc88bQ4QRL3 Uck1-201ENSMUST00000002625 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.23■■■□□ 2.43
Ccdc88bQ4QRL3 Espn-204ENSMUST00000080042 1402 ntTSL 1 (best) BASIC30.23■■■□□ 2.43
Ccdc88bQ4QRL3 Tomm6-202ENSMUST00000113302 749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.23■■■□□ 2.43
Ccdc88bQ4QRL3 Josd2-203ENSMUST00000118493 922 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.23■■■□□ 2.43
Ccdc88bQ4QRL3 Fxn-201ENSMUST00000081333 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.23■■■□□ 2.43
Ccdc88bQ4QRL3 Gm10549-201ENSMUST00000097634 450 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.23■■■□□ 2.43
Ccdc88bQ4QRL3 Rnf146-203ENSMUST00000160372 1948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.22■■■□□ 2.43
Ccdc88bQ4QRL3 Ptges3-202ENSMUST00000084771 1559 ntTSL 5 BASIC30.22■■■□□ 2.43
Ccdc88bQ4QRL3 B430219N15Rik-201ENSMUST00000147230 835 ntTSL 2 BASIC30.22■■■□□ 2.43
Ccdc88bQ4QRL3 B230208B08Rik-201ENSMUST00000173049 404 ntTSL 3 BASIC30.22■■■□□ 2.43
Ccdc88bQ4QRL3 Snapc3-202ENSMUST00000071544 942 ntTSL 1 (best) BASIC30.22■■■□□ 2.43
Ccdc88bQ4QRL3 Snx4-201ENSMUST00000023502 2442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.22■■■□□ 2.43
Ccdc88bQ4QRL3 Psmd6-201ENSMUST00000022256 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.22■■■□□ 2.43
Ccdc88bQ4QRL3 Rapgef3-207ENSMUST00000134885 1422 ntTSL 5 BASIC30.22■■■□□ 2.43
Ccdc88bQ4QRL3 Nkiras2-203ENSMUST00000107376 1727 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.21■■■□□ 2.43
Ccdc88bQ4QRL3 Lrfn4-201ENSMUST00000053597 3194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.21■■■□□ 2.43
Ccdc88bQ4QRL3 Phb-204ENSMUST00000125172 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.21■■■□□ 2.43
Ccdc88bQ4QRL3 Sh2b2-204ENSMUST00000196447 1783 ntTSL 1 (best) BASIC30.21■■■□□ 2.43
Ccdc88bQ4QRL3 Atp5g1-203ENSMUST00000107686 691 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC30.21■■■□□ 2.43
Ccdc88bQ4QRL3 Zmynd19-202ENSMUST00000148042 1103 ntTSL 1 (best) BASIC30.21■■■□□ 2.43
Ccdc88bQ4QRL3 Calu-208ENSMUST00000173694 611 ntTSL 5 BASIC30.21■■■□□ 2.43
Ccdc88bQ4QRL3 4930554G22Rik-201ENSMUST00000196102 686 ntBASIC30.21■■■□□ 2.43
Ccdc88bQ4QRL3 Gm10138-203ENSMUST00000206952 366 ntBASIC30.21■■■□□ 2.43
Ccdc88bQ4QRL3 Irak1bp1-202ENSMUST00000113245 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.21■■■□□ 2.43
Ccdc88bQ4QRL3 Soat2-201ENSMUST00000023806 2213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.21■■■□□ 2.43
Ccdc88bQ4QRL3 Lsp1-204ENSMUST00000105967 1395 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.21■■■□□ 2.43
Ccdc88bQ4QRL3 Gm2788-202ENSMUST00000147173 1390 ntTSL 1 (best) BASIC30.21■■■□□ 2.43
Ccdc88bQ4QRL3 Gm43183-201ENSMUST00000200632 547 ntBASIC30.2■■■□□ 2.43
Ccdc88bQ4QRL3 Mrps12-201ENSMUST00000056078 722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.2■■■□□ 2.43
Ccdc88bQ4QRL3 Fgfr1op2-202ENSMUST00000058245 918 ntTSL 2 BASIC30.2■■■□□ 2.43
Ccdc88bQ4QRL3 Etv4-201ENSMUST00000017868 2395 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC30.2■■■□□ 2.42
Ccdc88bQ4QRL3 Arhgap42-203ENSMUST00000183182 1458 ntTSL 1 (best) BASIC30.19■■■□□ 2.42
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 32.5 ms