Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

Predictions only

Length 1,001 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Rab1a-201ENSMUST00000020358 2827 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
Rnf40Q3U319 Ankrd39-201ENSMUST00000001172 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
Rnf40Q3U319 Atg16l2-202ENSMUST00000122116 2083 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
Rnf40Q3U319 Wnt6-201ENSMUST00000006716 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
Rnf40Q3U319 March11-202ENSMUST00000140840 1558 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
Rnf40Q3U319 Rad1-201ENSMUST00000022856 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
Rnf40Q3U319 Sac3d1-201ENSMUST00000113533 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
Rnf40Q3U319 Dexi-201ENSMUST00000038281 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
Rnf40Q3U319 Ube2e3-202ENSMUST00000121433 1235 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
Rnf40Q3U319 A730035I17Rik-205ENSMUST00000205851 684 ntBASIC19.12■□□□□ 0.65
Rnf40Q3U319 4930527J03Rik-201ENSMUST00000094270 543 ntBASIC19.12■□□□□ 0.65
Rnf40Q3U319 Pex6-201ENSMUST00000002840 3200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
Rnf40Q3U319 Npas3-203ENSMUST00000223057 2724 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
Rnf40Q3U319 Pcdh7-201ENSMUST00000068110 5611 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
Rnf40Q3U319 Mfsd13a-201ENSMUST00000086969 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
Rnf40Q3U319 Slc7a5-201ENSMUST00000045557 3517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
Rnf40Q3U319 Gpc3-202ENSMUST00000114857 1880 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
Rnf40Q3U319 Puf60-201ENSMUST00000002599 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
Rnf40Q3U319 Mpg-201ENSMUST00000020528 1737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
Rnf40Q3U319 Arpc1a-201ENSMUST00000031625 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
Rnf40Q3U319 Gm10461-201ENSMUST00000202073 4786 ntBASIC19.11■□□□□ 0.65
Rnf40Q3U319 Letm2-209ENSMUST00000210810 1538 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
Rnf40Q3U319 Rasgrp1-201ENSMUST00000102534 5229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
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Rnf40Q3U319 Kmt5c-201ENSMUST00000098853 2189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
Rnf40Q3U319 C1qc-201ENSMUST00000046332 1203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
Rnf40Q3U319 D11Wsu47e-202ENSMUST00000106621 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
Rnf40Q3U319 Il17rb-201ENSMUST00000016110 2061 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
Rnf40Q3U319 Slain2-201ENSMUST00000143829 4828 ntTSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
Rnf40Q3U319 Raver2-201ENSMUST00000038463 4045 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
Rnf40Q3U319 1810043G02Rik-201ENSMUST00000105397 1818 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
Rnf40Q3U319 Chmp2b-201ENSMUST00000004965 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
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Rnf40Q3U319 Man2a2-201ENSMUST00000098346 6554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
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Rnf40Q3U319 Donson-201ENSMUST00000023682 2360 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
Rnf40Q3U319 Dmrt2-201ENSMUST00000053068 2347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
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Rnf40Q3U319 Slc2a8-201ENSMUST00000028129 2108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
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Rnf40Q3U319 Mpped2-202ENSMUST00000111063 2848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
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Rnf40Q3U319 Hnrnpab-203ENSMUST00000109103 1437 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
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Rnf40Q3U319 Rilp-201ENSMUST00000042972 1489 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
Rnf40Q3U319 Bmt2-201ENSMUST00000045235 4143 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
Rnf40Q3U319 Qpct-201ENSMUST00000040789 1924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
Rnf40Q3U319 Gm26774-201ENSMUST00000181534 2401 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
Rnf40Q3U319 Mdfi-201ENSMUST00000035375 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
Rnf40Q3U319 Atp8b2-201ENSMUST00000069805 5559 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
Rnf40Q3U319 Tmx4-202ENSMUST00000110119 596 ntTSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
Rnf40Q3U319 Bex4-201ENSMUST00000116527 837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
Rnf40Q3U319 Gm9748-202ENSMUST00000194881 783 ntTSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
Rnf40Q3U319 Rnf103-201ENSMUST00000064637 3264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
Rnf40Q3U319 Acbd3-201ENSMUST00000027780 3471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
Rnf40Q3U319 Ankrd9-207ENSMUST00000148765 1431 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
Rnf40Q3U319 Eif5a-208ENSMUST00000108611 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
Rnf40Q3U319 Arhgap27os2-201ENSMUST00000123812 1390 ntTSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
Rnf40Q3U319 Htr6-201ENSMUST00000068036 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
Rnf40Q3U319 Ankrd22-201ENSMUST00000025686 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
Rnf40Q3U319 Ociad2-202ENSMUST00000200776 2359 ntTSL 3 BASIC19.06■□□□□ 0.64
Rnf40Q3U319 Zc3h15-201ENSMUST00000081591 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
Rnf40Q3U319 Nrxn2-202ENSMUST00000113458 3503 ntTSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
Rnf40Q3U319 Stard3-201ENSMUST00000018311 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
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