Protein–RNA interactions for Protein: Q5NCC9

Trim58, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM58, mousemouse

Predictions only

Length 485 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim58Q5NCC9 Foxj1-201ENSMUST00000036215 2623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
Trim58Q5NCC9 Rfc5-202ENSMUST00000111953 772 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
Trim58Q5NCC9 Gm10575-201ENSMUST00000097947 1671 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
Trim58Q5NCC9 N4bp1-201ENSMUST00000034074 6469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
Trim58Q5NCC9 Tymp-201ENSMUST00000023285 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
Trim58Q5NCC9 Syncrip-201ENSMUST00000069221 9450 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
Trim58Q5NCC9 Neurog1-201ENSMUST00000058475 1686 ntAPPRIS P1 BASIC23.58■■□□□ 1.37
Trim58Q5NCC9 Anapc5-203ENSMUST00000196640 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
Trim58Q5NCC9 Rraga-201ENSMUST00000091064 1618 ntAPPRIS P1 BASIC23.58■■□□□ 1.36
Trim58Q5NCC9 4930471E19Rik-201ENSMUST00000219022 1514 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
Trim58Q5NCC9 Tmem185a-201ENSMUST00000101506 2429 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
Trim58Q5NCC9 Foxf1-201ENSMUST00000181504 2415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
Trim58Q5NCC9 Podxl-201ENSMUST00000026698 5379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
Trim58Q5NCC9 Mex3b-201ENSMUST00000082237 3355 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
Trim58Q5NCC9 Tcp1-201ENSMUST00000089024 1902 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
Trim58Q5NCC9 Tob1-201ENSMUST00000041589 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
Trim58Q5NCC9 Hpn-202ENSMUST00000108102 1830 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
Trim58Q5NCC9 Fzd5-202ENSMUST00000116133 2895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
Trim58Q5NCC9 1700003E16Rik-202ENSMUST00000203203 2070 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
Trim58Q5NCC9 Oxsr1-201ENSMUST00000040853 4647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Trim58Q5NCC9 Mpp3-203ENSMUST00000107167 2066 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Trim58Q5NCC9 Gm42922-201ENSMUST00000195887 2078 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
Trim58Q5NCC9 Gls2-201ENSMUST00000044776 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Trim58Q5NCC9 Pgrmc2-201ENSMUST00000058578 3007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Trim58Q5NCC9 2510002D24Rik-202ENSMUST00000123146 361 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Trim58Q5NCC9 Josd2-218ENSMUST00000206887 693 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
Trim58Q5NCC9 Vkorc1l1-202ENSMUST00000073945 650 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
Trim58Q5NCC9 Pex11b-202ENSMUST00000118557 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Trim58Q5NCC9 Ism1-202ENSMUST00000184404 2964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Trim58Q5NCC9 Gga2-201ENSMUST00000033160 4915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Trim58Q5NCC9 Hbs1l-202ENSMUST00000061324 1998 ntTSL 3 BASIC23.56■■□□□ 1.36
Trim58Q5NCC9 Cyb5d2-201ENSMUST00000079681 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Trim58Q5NCC9 Prkaca-201ENSMUST00000005606 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Trim58Q5NCC9 Gabra4-205ENSMUST00000199357 2407 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
Trim58Q5NCC9 0610040J01Rik-201ENSMUST00000081747 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
Trim58Q5NCC9 Gm16262-201ENSMUST00000162306 1751 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
Trim58Q5NCC9 Gdf15-202ENSMUST00000110103 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
Trim58Q5NCC9 Nectin1-201ENSMUST00000034510 5653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
Trim58Q5NCC9 Chst7-201ENSMUST00000044138 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
Trim58Q5NCC9 Cnpy1-201ENSMUST00000117098 2661 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
Trim58Q5NCC9 Cdca4-202ENSMUST00000220899 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
Trim58Q5NCC9 Neurl1b-203ENSMUST00000183077 1084 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
Trim58Q5NCC9 H2-Ab1-201ENSMUST00000040828 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
Trim58Q5NCC9 Rpl21-203ENSMUST00000099272 1067 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.55■■□□□ 1.36
Trim58Q5NCC9 Rchy1-204ENSMUST00000169948 1417 ntTSL 3 BASIC23.55■■□□□ 1.36
Trim58Q5NCC9 Lrrc43-201ENSMUST00000094327 2046 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
Trim58Q5NCC9 Lemd3-201ENSMUST00000119093 4370 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
Trim58Q5NCC9 Maff-201ENSMUST00000096350 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
Trim58Q5NCC9 Pxdc1-202ENSMUST00000053459 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
Trim58Q5NCC9 Tagln-201ENSMUST00000034590 1595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
Trim58Q5NCC9 Rian-206ENSMUST00000182119 329 ntTSL 3 BASIC23.54■■□□□ 1.36
Trim58Q5NCC9 Mrpl12-201ENSMUST00000043627 1316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
Trim58Q5NCC9 Chka-201ENSMUST00000025760 2319 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
Trim58Q5NCC9 Bhlhe22-201ENSMUST00000026120 3344 ntAPPRIS P1 BASIC23.54■■□□□ 1.36
Trim58Q5NCC9 Ripk2-201ENSMUST00000037035 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
Trim58Q5NCC9 Zdhhc1-201ENSMUST00000044286 1737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
Trim58Q5NCC9 Glra1-203ENSMUST00000108853 1797 ntTSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
Trim58Q5NCC9 Aup1-201ENSMUST00000092618 1769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
Trim58Q5NCC9 Anks1b-208ENSMUST00000182053 1649 ntTSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
Trim58Q5NCC9 Wdfy1-202ENSMUST00000113510 704 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
Trim58Q5NCC9 Wdfy1-203ENSMUST00000113511 704 ntTSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
Trim58Q5NCC9 Dlx6-203ENSMUST00000171311 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
Trim58Q5NCC9 1700012B09Rik-204ENSMUST00000191047 654 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.53■■□□□ 1.36
Trim58Q5NCC9 AC099934.2-201ENSMUST00000196389 70 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
Trim58Q5NCC9 AC156953.1-201ENSMUST00000196953 70 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
Trim58Q5NCC9 AC157822.2-201ENSMUST00000200291 70 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
Trim58Q5NCC9 Wdfy1-201ENSMUST00000048820 717 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
Trim58Q5NCC9 Grrp1-201ENSMUST00000060050 1226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
Trim58Q5NCC9 Gpc6-204ENSMUST00000125435 2423 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
Trim58Q5NCC9 Gab2-201ENSMUST00000004622 6168 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
Trim58Q5NCC9 Txndc15-201ENSMUST00000021959 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
Trim58Q5NCC9 H2afx-201ENSMUST00000052686 1384 ntAPPRIS P1 BASIC23.52■■□□□ 1.36
Trim58Q5NCC9 Eif4a1-213ENSMUST00000163666 1774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
Trim58Q5NCC9 Aamp-201ENSMUST00000006462 1817 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
Trim58Q5NCC9 Chtop-203ENSMUST00000076639 1842 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
Trim58Q5NCC9 Tmem114-201ENSMUST00000023400 1406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
Trim58Q5NCC9 Bcl11b-203ENSMUST00000109891 2888 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
Trim58Q5NCC9 Map3k9-201ENSMUST00000035987 4564 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
Trim58Q5NCC9 Dolk-201ENSMUST00000100219 2104 ntAPPRIS P1 BASIC23.52■■□□□ 1.36
Trim58Q5NCC9 1810059C17Rik-201ENSMUST00000125173 487 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
Trim58Q5NCC9 Capzb-203ENSMUST00000102507 1702 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
Trim58Q5NCC9 Fam105a-203ENSMUST00000226170 3043 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
Trim58Q5NCC9 Spsb4-201ENSMUST00000055433 2720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
Trim58Q5NCC9 Foxj3-209ENSMUST00000162267 1391 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
Trim58Q5NCC9 Mgme1-203ENSMUST00000110028 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
Trim58Q5NCC9 Insig2-201ENSMUST00000003818 2697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
Trim58Q5NCC9 Nrxn2-201ENSMUST00000077182 6059 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
Trim58Q5NCC9 Fbxo24-202ENSMUST00000111002 2306 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
Trim58Q5NCC9 Gm5953-201ENSMUST00000220644 2616 ntBASIC23.51■■□□□ 1.35
Trim58Q5NCC9 Ppm1n-201ENSMUST00000032560 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
Trim58Q5NCC9 Clint1-201ENSMUST00000109260 3311 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
Trim58Q5NCC9 Polr2j-202ENSMUST00000111127 900 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
Trim58Q5NCC9 Gm27027-201ENSMUST00000183110 547 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.5■■□□□ 1.35
Trim58Q5NCC9 Gm42778-201ENSMUST00000199644 553 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
Trim58Q5NCC9 Gfra3-201ENSMUST00000025224 1992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
Trim58Q5NCC9 Gm16432-201ENSMUST00000094273 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
Trim58Q5NCC9 Ssc4d-203ENSMUST00000111152 2745 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
Trim58Q5NCC9 Ctf1-201ENSMUST00000047393 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
Trim58Q5NCC9 Gm8309-201ENSMUST00000206627 1448 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
Trim58Q5NCC9 Mcu-202ENSMUST00000020312 2872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 18.1 ms