Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 AC163280.1-201ENSMUST00000228194 1100 ntBASIC30.85■■■□□ 2.53
Ccdc88bQ4QRL3 Cfap206-202ENSMUST00000108136 1688 ntTSL 1 (best) BASIC30.85■■■□□ 2.53
Ccdc88bQ4QRL3 Spg7-211ENSMUST00000153285 2481 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.85■■■□□ 2.53
Ccdc88bQ4QRL3 Cpne7-201ENSMUST00000037900 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.85■■■□□ 2.53
Ccdc88bQ4QRL3 Gnpda1-201ENSMUST00000063814 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.84■■■□□ 2.53
Ccdc88bQ4QRL3 Rpl36al-202ENSMUST00000110619 1276 ntAPPRIS P1 BASIC30.84■■■□□ 2.53
Ccdc88bQ4QRL3 Numbl-201ENSMUST00000079258 2760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.84■■■□□ 2.53
Ccdc88bQ4QRL3 Fev-201ENSMUST00000068631 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.84■■■□□ 2.53
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp692-201ENSMUST00000049353 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.84■■■□□ 2.53
Ccdc88bQ4QRL3 Wnt10b-205ENSMUST00000226846 1204 ntBASIC30.83■■■□□ 2.53
Ccdc88bQ4QRL3 Mrpl9-202ENSMUST00000196143 1657 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.83■■■□□ 2.53
Ccdc88bQ4QRL3 Angptl6-201ENSMUST00000043726 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.83■■■□□ 2.53
Ccdc88bQ4QRL3 Klhdc9-201ENSMUST00000061878 1558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.83■■■□□ 2.53
Ccdc88bQ4QRL3 Gfer-201ENSMUST00000046839 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.83■■■□□ 2.53
Ccdc88bQ4QRL3 Paqr3-201ENSMUST00000069453 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.83■■■□□ 2.53
Ccdc88bQ4QRL3 Galnt14-202ENSMUST00000112591 1843 ntTSL 1 (best) BASIC30.82■■■□□ 2.52
Ccdc88bQ4QRL3 Tsc22d1-214ENSMUST00000177207 1476 ntTSL 3 BASIC30.82■■■□□ 2.52
Ccdc88bQ4QRL3 Gm8309-201ENSMUST00000206627 1448 ntBASIC30.82■■■□□ 2.52
Ccdc88bQ4QRL3 Fgfr3-202ENSMUST00000087820 2630 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.82■■■□□ 2.52
Ccdc88bQ4QRL3 Gm1673-203ENSMUST00000114383 511 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.82■■■□□ 2.52
Ccdc88bQ4QRL3 Aprt-201ENSMUST00000006764 849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.82■■■□□ 2.52
Ccdc88bQ4QRL3 Hsf1-204ENSMUST00000226872 2104 ntBASIC30.81■■■□□ 2.52
Ccdc88bQ4QRL3 Mdfi-201ENSMUST00000035375 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.81■■■□□ 2.52
Ccdc88bQ4QRL3 Irx3-201ENSMUST00000093312 2610 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC30.81■■■□□ 2.52
Ccdc88bQ4QRL3 Inpp5a-203ENSMUST00000106098 2826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.81■■■□□ 2.52
Ccdc88bQ4QRL3 Csnk1a1-210ENSMUST00000170862 2259 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC30.81■■■□□ 2.52
Ccdc88bQ4QRL3 Baiap2-203ENSMUST00000103021 3398 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.8■■■□□ 2.52
Ccdc88bQ4QRL3 Smad6-201ENSMUST00000041029 2971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.8■■■□□ 2.52
Ccdc88bQ4QRL3 Fiz1-204ENSMUST00000207030 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.8■■■□□ 2.52
Ccdc88bQ4QRL3 Vstm2b-203ENSMUST00000205845 1455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.8■■■□□ 2.52
Ccdc88bQ4QRL3 Mob2-201ENSMUST00000084418 1490 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.8■■■□□ 2.52
Ccdc88bQ4QRL3 Serf1-204ENSMUST00000151821 570 ntTSL 2 BASIC30.8■■■□□ 2.52
Ccdc88bQ4QRL3 AC160393.1-201ENSMUST00000218378 1279 ntBASIC30.8■■■□□ 2.52
Ccdc88bQ4QRL3 Tlcd1-201ENSMUST00000092880 2700 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.8■■■□□ 2.52
Ccdc88bQ4QRL3 Bag5-201ENSMUST00000054636 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.8■■■□□ 2.52
Ccdc88bQ4QRL3 Hmga1-202ENSMUST00000117254 1328 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC30.79■■■□□ 2.52
Ccdc88bQ4QRL3 Gm21863-201ENSMUST00000179133 336 ntAPPRIS P1 BASIC30.79■■■□□ 2.52
Ccdc88bQ4QRL3 Hsbp1-201ENSMUST00000034300 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.79■■■□□ 2.52
Ccdc88bQ4QRL3 Foxe1-201ENSMUST00000095097 2804 ntAPPRIS P1 BASIC30.79■■■□□ 2.52
Ccdc88bQ4QRL3 Tpra1-201ENSMUST00000055022 1820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.79■■■□□ 2.52
Ccdc88bQ4QRL3 Stx2-202ENSMUST00000100680 2769 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.78■■■□□ 2.52
Ccdc88bQ4QRL3 Med25-201ENSMUST00000003049 2619 ntTSL 1 (best) BASIC30.78■■■□□ 2.52
Ccdc88bQ4QRL3 Sbspon-201ENSMUST00000040695 2748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.78■■■□□ 2.52
Ccdc88bQ4QRL3 Ppp6r2-202ENSMUST00000226221 2559 ntBASIC30.78■■■□□ 2.52
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem91-201ENSMUST00000079439 877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.78■■■□□ 2.52
Ccdc88bQ4QRL3 Ccdc59-201ENSMUST00000020049 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.78■■■□□ 2.52
Ccdc88bQ4QRL3 Lsp1-202ENSMUST00000038946 1828 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.78■■■□□ 2.52
Ccdc88bQ4QRL3 Hpca-202ENSMUST00000095807 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.78■■■□□ 2.52
Ccdc88bQ4QRL3 Fbxo7-202ENSMUST00000117597 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.78■■■□□ 2.52
Ccdc88bQ4QRL3 Fcmr-201ENSMUST00000038829 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.78■■■□□ 2.52
Ccdc88bQ4QRL3 Ssu72-202ENSMUST00000105595 874 ntTSL 1 (best) BASIC30.77■■■□□ 2.52
Ccdc88bQ4QRL3 Tpsb2-201ENSMUST00000069616 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.77■■■□□ 2.52
Ccdc88bQ4QRL3 Dyrk1b-203ENSMUST00000172761 2018 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.77■■■□□ 2.52
Ccdc88bQ4QRL3 Fam168b-201ENSMUST00000047534 5030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.77■■■□□ 2.52
Ccdc88bQ4QRL3 2700033N17Rik-201ENSMUST00000140185 721 ntTSL 1 (best) BASIC30.76■■■□□ 2.52
Ccdc88bQ4QRL3 Blcap-202ENSMUST00000109528 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.76■■■□□ 2.52
Ccdc88bQ4QRL3 Naxd-201ENSMUST00000033901 1359 ntTSL 2 BASIC30.76■■■□□ 2.52
Ccdc88bQ4QRL3 Rxrb-201ENSMUST00000044858 2623 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC30.76■■■□□ 2.52
Ccdc88bQ4QRL3 Arhgap44-202ENSMUST00000093001 2256 ntTSL 2 BASIC30.76■■■□□ 2.52
Ccdc88bQ4QRL3 Echs1-201ENSMUST00000026538 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.76■■■□□ 2.51
Ccdc88bQ4QRL3 Slc35f5-201ENSMUST00000027580 2733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.76■■■□□ 2.51
Ccdc88bQ4QRL3 Irf2bp2-201ENSMUST00000054960 5080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.76■■■□□ 2.51
Ccdc88bQ4QRL3 Rundc3a-202ENSMUST00000107102 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.76■■■□□ 2.51
Ccdc88bQ4QRL3 Tcp1-201ENSMUST00000089024 1902 ntTSL 1 (best) BASIC30.76■■■□□ 2.51
Ccdc88bQ4QRL3 Tlx1os-201ENSMUST00000173437 620 ntTSL 3 BASIC30.76■■■□□ 2.51
Ccdc88bQ4QRL3 Nfu1-201ENSMUST00000032060 948 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.76■■■□□ 2.51
Ccdc88bQ4QRL3 March11-203ENSMUST00000152841 1365 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.76■■■□□ 2.51
Ccdc88bQ4QRL3 Dpf1-201ENSMUST00000049977 2309 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.76■■■□□ 2.51
Ccdc88bQ4QRL3 Crhr1-201ENSMUST00000093925 2460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.75■■■□□ 2.51
Ccdc88bQ4QRL3 Coq10b-201ENSMUST00000027125 1733 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.75■■■□□ 2.51
Ccdc88bQ4QRL3 Stard3-201ENSMUST00000018311 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.75■■■□□ 2.51
Ccdc88bQ4QRL3 Picalm-205ENSMUST00000207225 3489 ntTSL 1 (best) BASIC30.75■■■□□ 2.51
Ccdc88bQ4QRL3 Gm15847-201ENSMUST00000121417 1065 ntBASIC30.74■■■□□ 2.51
Ccdc88bQ4QRL3 Gm15751-201ENSMUST00000134552 1862 ntTSL 1 (best) BASIC30.74■■■□□ 2.51
Ccdc88bQ4QRL3 Cyp4f13-204ENSMUST00000139353 1389 ntTSL 1 (best) BASIC30.73■■■□□ 2.51
Ccdc88bQ4QRL3 Rfk-201ENSMUST00000025617 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.73■■■□□ 2.51
Ccdc88bQ4QRL3 Mir9-3hg-206ENSMUST00000182937 636 ntTSL 3 BASIC30.73■■■□□ 2.51
Ccdc88bQ4QRL3 Gm29994-201ENSMUST00000195495 1193 ntBASIC30.73■■■□□ 2.51
Ccdc88bQ4QRL3 Prkg2-201ENSMUST00000031277 2618 ntTSL 5 BASIC30.73■■■□□ 2.51
Ccdc88bQ4QRL3 Lrg1-201ENSMUST00000041357 1351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.72■■■□□ 2.51
Ccdc88bQ4QRL3 Azi2-205ENSMUST00000133580 2156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.72■■■□□ 2.51
Ccdc88bQ4QRL3 Ap2m1-202ENSMUST00000090023 2080 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.72■■■□□ 2.51
Ccdc88bQ4QRL3 Gm44899-201ENSMUST00000207451 391 ntTSL 3 BASIC30.72■■■□□ 2.51
Ccdc88bQ4QRL3 Stard10-211ENSMUST00000210192 1258 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.72■■■□□ 2.51
Ccdc88bQ4QRL3 Krt87-201ENSMUST00000081945 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.72■■■□□ 2.51
Ccdc88bQ4QRL3 2200002D01Rik-201ENSMUST00000032808 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.72■■■□□ 2.51
Ccdc88bQ4QRL3 Pigp-203ENSMUST00000113910 966 ntTSL 1 (best) BASIC30.71■■■□□ 2.51
Ccdc88bQ4QRL3 Gm17035-201ENSMUST00000170557 419 ntTSL 3 BASIC30.71■■■□□ 2.51
Ccdc88bQ4QRL3 Cyp4f15-204ENSMUST00000168171 2168 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.71■■■□□ 2.51
Ccdc88bQ4QRL3 Nsfl1c-203ENSMUST00000103160 1369 ntTSL 5 BASIC30.71■■■□□ 2.51
Ccdc88bQ4QRL3 2900072N19Rik-201ENSMUST00000123840 806 ntTSL 1 (best) BASIC30.7■■■□□ 2.51
Ccdc88bQ4QRL3 AC153881.1-201ENSMUST00000214448 284 ntBASIC30.7■■■□□ 2.51
Ccdc88bQ4QRL3 Prss21-201ENSMUST00000024928 1094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.7■■■□□ 2.51
Ccdc88bQ4QRL3 Stx18-201ENSMUST00000031008 1471 ntTSL 1 (best) BASIC30.7■■■□□ 2.51
Ccdc88bQ4QRL3 Fam213a-201ENSMUST00000022317 1537 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.7■■■□□ 2.51
Ccdc88bQ4QRL3 Cyp2u1-203ENSMUST00000200236 1716 ntTSL 1 (best) BASIC30.7■■■□□ 2.51
Ccdc88bQ4QRL3 Spns2-201ENSMUST00000045303 3241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.7■■■□□ 2.5
Ccdc88bQ4QRL3 Grsf1-201ENSMUST00000078945 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.7■■■□□ 2.5
Ccdc88bQ4QRL3 Meis3-205ENSMUST00000176506 1839 ntTSL 1 (best) BASIC30.7■■■□□ 2.5
Ccdc88bQ4QRL3 Tmbim1-201ENSMUST00000016309 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.69■■■□□ 2.5
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 17.9 ms