Protein–RNA interactions for Protein: P39428

Traf1, TNF receptor-associated factor 1, mousemouse

Predictions only

Length 409 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Traf1P39428 Ier2-201ENSMUST00000060427 1522 ntAPPRIS P1 BASIC21.74■■□□□ 1.07
Traf1P39428 D16Ertd472e-202ENSMUST00000114219 1576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
Traf1P39428 Cerk-201ENSMUST00000044332 4518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
Traf1P39428 Caml-201ENSMUST00000021963 1382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
Traf1P39428 Pitx3-201ENSMUST00000026259 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
Traf1P39428 Trabd-206ENSMUST00000169891 1422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
Traf1P39428 Cd37-209ENSMUST00000211373 1428 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
Traf1P39428 Cfap36-201ENSMUST00000020754 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
Traf1P39428 2610528J11Rik-202ENSMUST00000106367 736 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
Traf1P39428 Mgll-203ENSMUST00000113582 1034 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
Traf1P39428 1110004E09Rik-201ENSMUST00000023694 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
Traf1P39428 Ubxn1-201ENSMUST00000096255 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
Traf1P39428 3110062M04Rik-202ENSMUST00000115006 1501 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
Traf1P39428 Tbc1d25-201ENSMUST00000039892 2648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
Traf1P39428 Lhx2-203ENSMUST00000143783 1696 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
Traf1P39428 Aifm2-201ENSMUST00000067857 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
Traf1P39428 Cyp4f13-201ENSMUST00000075253 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
Traf1P39428 Mapre3-202ENSMUST00000200692 1816 ntTSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
Traf1P39428 Nat9-201ENSMUST00000103038 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
Traf1P39428 Rab34-209ENSMUST00000207728 567 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
Traf1P39428 AC142113.1-201ENSMUST00000214931 801 ntTSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
Traf1P39428 Lmtk3-201ENSMUST00000072580 4807 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
Traf1P39428 Capzb-203ENSMUST00000102507 1702 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
Traf1P39428 Epdr1-201ENSMUST00000002885 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
Traf1P39428 Hook2-203ENSMUST00000209764 2516 ntTSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
Traf1P39428 Mpp6-201ENSMUST00000036225 1896 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
Traf1P39428 Qrich1-206ENSMUST00000193258 2291 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
Traf1P39428 Sybu-208ENSMUST00000228057 3026 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
Traf1P39428 Sp3os-201ENSMUST00000123087 583 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
Traf1P39428 Fam98c-203ENSMUST00000134176 1189 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
Traf1P39428 Vgll2-201ENSMUST00000058347 966 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
Traf1P39428 Mast4-202ENSMUST00000164111 2350 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
Traf1P39428 Tmem250-ps-201ENSMUST00000133808 2483 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
Traf1P39428 Stx4a-201ENSMUST00000033075 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
Traf1P39428 Hoxc6-201ENSMUST00000001711 1581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
Traf1P39428 Gm26708-203ENSMUST00000208236 1624 ntTSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
Traf1P39428 Cdk11b-202ENSMUST00000105598 2673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
Traf1P39428 Acot8-202ENSMUST00000103094 1152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
Traf1P39428 Acot8-201ENSMUST00000017451 1055 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
Traf1P39428 Ndufa12-204ENSMUST00000179990 566 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
Traf1P39428 Gm40460-201ENSMUST00000211591 735 ntAPPRIS P1 BASIC21.7■■□□□ 1.06
Traf1P39428 Avp-201ENSMUST00000046001 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
Traf1P39428 1700008J07Rik-201ENSMUST00000185351 2432 ntBASIC21.7■■□□□ 1.06
Traf1P39428 Mgat4b-201ENSMUST00000041725 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
Traf1P39428 Rab20-201ENSMUST00000033900 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
Traf1P39428 Phospho1-201ENSMUST00000054173 1910 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
Traf1P39428 5730507C01Rik-202ENSMUST00000177778 2542 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
Traf1P39428 Tmem145-201ENSMUST00000108409 2298 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
Traf1P39428 Ssbp2-202ENSMUST00000042122 1633 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
Traf1P39428 Macrod2-202ENSMUST00000078027 1669 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
Traf1P39428 Fkbp9-201ENSMUST00000031795 3009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
Traf1P39428 Dtnb-225ENSMUST00000174663 2381 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
Traf1P39428 Zyg11a-202ENSMUST00000106690 2421 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
Traf1P39428 Hat1-202ENSMUST00000112122 1899 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
Traf1P39428 Gpr137c-207ENSMUST00000227086 4997 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
Traf1P39428 Maff-202ENSMUST00000163691 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
Traf1P39428 Slc35f4-201ENSMUST00000074368 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
Traf1P39428 Tomm6-201ENSMUST00000113301 594 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
Traf1P39428 Dsg2-203ENSMUST00000121837 953 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
Traf1P39428 Rabac1-203ENSMUST00000205871 986 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
Traf1P39428 Gm10065-201ENSMUST00000076238 345 ntAPPRIS P1 BASIC21.69■■□□□ 1.06
Traf1P39428 1700028I16Rik-201ENSMUST00000076984 1048 ntTSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
Traf1P39428 Dmwd-202ENSMUST00000108479 2388 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
Traf1P39428 Rbfox3-202ENSMUST00000069343 1553 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
Traf1P39428 Cstf2-202ENSMUST00000113286 2717 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
Traf1P39428 Pigt-202ENSMUST00000117066 1712 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
Traf1P39428 Sphk1-203ENSMUST00000100201 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
Traf1P39428 Ube2d-ps-204ENSMUST00000137510 1846 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
Traf1P39428 Pllp-201ENSMUST00000034227 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
Traf1P39428 N4bp1-201ENSMUST00000034074 6469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
Traf1P39428 Rpl26-202ENSMUST00000101014 657 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
Traf1P39428 Gm11627-202ENSMUST00000107081 818 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
Traf1P39428 Gm12473-201ENSMUST00000137535 579 ntTSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
Traf1P39428 Prmt1-205ENSMUST00000207659 945 ntTSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
Traf1P39428 Prmt1-201ENSMUST00000045325 1071 ntTSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
Traf1P39428 1700018M17Rik-201ENSMUST00000052502 456 ntBASIC21.68■■□□□ 1.06
Traf1P39428 Chtop-207ENSMUST00000107346 1321 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
Traf1P39428 Eif1-201ENSMUST00000049385 1322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
Traf1P39428 Tbc1d25-204ENSMUST00000172020 2441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
Traf1P39428 Tmem132b-201ENSMUST00000031446 7995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
Traf1P39428 Iqsec1-210ENSMUST00000212100 3500 ntTSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
Traf1P39428 Cdan1-202ENSMUST00000110701 6384 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
Traf1P39428 Patz1-203ENSMUST00000094471 2930 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
Traf1P39428 Nkx2-1-202ENSMUST00000178477 2242 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
Traf1P39428 Gprc5c-201ENSMUST00000021071 2200 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
Traf1P39428 St3gal4-201ENSMUST00000034537 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
Traf1P39428 Gm16262-201ENSMUST00000162306 1751 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
Traf1P39428 9130221H12Rik-201ENSMUST00000169914 1465 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
Traf1P39428 Gm43859-201ENSMUST00000200075 1412 ntBASIC21.67■■□□□ 1.06
Traf1P39428 Ndufb2-202ENSMUST00000119379 455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
Traf1P39428 Gm20760-201ENSMUST00000179197 648 ntBASIC21.67■■□□□ 1.06
Traf1P39428 Gm45890-201ENSMUST00000212043 1026 ntTSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
Traf1P39428 Snx5-202ENSMUST00000110030 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
Traf1P39428 Cd37-204ENSMUST00000209779 2541 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
Traf1P39428 Siglecf-206ENSMUST00000206299 2149 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
Traf1P39428 Nfe2-201ENSMUST00000075192 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
Traf1P39428 Sigmar1-201ENSMUST00000059354 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
Traf1P39428 Eefsec-206ENSMUST00000205179 2208 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
Traf1P39428 Samd10-201ENSMUST00000060173 2164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
Traf1P39428 Josd2-204ENSMUST00000118628 864 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 39.7 ms