Protein–RNA interactions for Protein: Q9ER60

Scn4a, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, mousemouse

Predictions only

Length 1,841 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Scn4aQ9ER60 Zpbp2-202ENSMUST00000081033 1300 ntTSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
Scn4aQ9ER60 Ephx4-201ENSMUST00000049146 1279 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.86■■□□□ 1.89
Scn4aQ9ER60 Smurf1-202ENSMUST00000100461 2725 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
Scn4aQ9ER60 Ergic3-202ENSMUST00000088650 1349 ntTSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
Scn4aQ9ER60 Tspan4-201ENSMUST00000026585 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
Scn4aQ9ER60 Gm28793-201ENSMUST00000190845 413 ntTSL 5 BASIC26.85■■□□□ 1.89
Scn4aQ9ER60 Gm3375-201ENSMUST00000203929 796 ntBASIC26.85■■□□□ 1.89
Scn4aQ9ER60 Grrp1-201ENSMUST00000060050 1226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
Scn4aQ9ER60 Manbal-201ENSMUST00000081202 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
Scn4aQ9ER60 Atp5d-203ENSMUST00000105367 1410 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.85■■□□□ 1.89
Scn4aQ9ER60 Mpst-203ENSMUST00000169133 1309 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.84■■□□□ 1.89
Scn4aQ9ER60 Tfpt-202ENSMUST00000108641 1166 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
Scn4aQ9ER60 Hsbp1-201ENSMUST00000034300 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
Scn4aQ9ER60 Hoxa5-201ENSMUST00000048794 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
Scn4aQ9ER60 Hist3h2ba-201ENSMUST00000078267 614 ntAPPRIS P1 BASIC26.84■■□□□ 1.89
Scn4aQ9ER60 Clta-202ENSMUST00000107846 1710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
Scn4aQ9ER60 Atp6v0b-208ENSMUST00000150204 935 ntTSL 5 BASIC26.83■■□□□ 1.89
Scn4aQ9ER60 Aplf-201ENSMUST00000032130 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
Scn4aQ9ER60 Tm6sf2-202ENSMUST00000110160 1446 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
Scn4aQ9ER60 AI480526-205ENSMUST00000160255 1095 ntTSL 5 BASIC26.83■■□□□ 1.89
Scn4aQ9ER60 Prss40-201ENSMUST00000047840 1275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
Scn4aQ9ER60 Nkx2-9-201ENSMUST00000072631 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
Scn4aQ9ER60 AC140264.2-202ENSMUST00000218746 817 ntBASIC26.82■■□□□ 1.88
Scn4aQ9ER60 Hoxc6-201ENSMUST00000001711 1581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
Scn4aQ9ER60 Dact1-202ENSMUST00000150639 2448 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.81■■□□□ 1.88
Scn4aQ9ER60 AA414768-201ENSMUST00000121924 1257 ntBASIC26.81■■□□□ 1.88
Scn4aQ9ER60 Trim54-201ENSMUST00000013771 1434 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
Scn4aQ9ER60 Gm10489-201ENSMUST00000180511 1466 ntTSL 2 BASIC26.8■■□□□ 1.88
Scn4aQ9ER60 Gm26682-201ENSMUST00000180850 1729 ntTSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
Scn4aQ9ER60 Nsl1-203ENSMUST00000139340 837 ntTSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
Scn4aQ9ER60 Ankdd1a-201ENSMUST00000061766 1443 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.8■■□□□ 1.88
Scn4aQ9ER60 Zfp467-202ENSMUST00000114556 2287 ntTSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
Scn4aQ9ER60 Slc35d2-204ENSMUST00000222168 472 ntTSL 3 BASIC26.79■■□□□ 1.88
Scn4aQ9ER60 AC159205.3-201ENSMUST00000224614 874 ntBASIC26.79■■□□□ 1.88
Scn4aQ9ER60 Insl6-201ENSMUST00000052380 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
Scn4aQ9ER60 Tollip-202ENSMUST00000055819 1100 ntTSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
Scn4aQ9ER60 St6galnac6-205ENSMUST00000113290 2402 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.79■■□□□ 1.88
Scn4aQ9ER60 Antxr1-204ENSMUST00000204805 2156 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.79■■□□□ 1.88
Scn4aQ9ER60 Sapcd2-203ENSMUST00000114293 1600 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
Scn4aQ9ER60 Hnrnpab-201ENSMUST00000074669 2370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
Scn4aQ9ER60 Ung-201ENSMUST00000031587 1985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
Scn4aQ9ER60 4930461C15Rik-201ENSMUST00000133622 1302 ntTSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
Scn4aQ9ER60 Ica1-201ENSMUST00000038403 2075 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
Scn4aQ9ER60 Peli3-201ENSMUST00000025834 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
Scn4aQ9ER60 AC122428.2-201ENSMUST00000216321 1832 ntBASIC26.78■■□□□ 1.88
Scn4aQ9ER60 Elof1-204ENSMUST00000214394 567 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.78■■□□□ 1.88
Scn4aQ9ER60 Gm18032-201ENSMUST00000222541 538 ntBASIC26.78■■□□□ 1.88
Scn4aQ9ER60 Adap2-201ENSMUST00000021050 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
Scn4aQ9ER60 Gm6802-201ENSMUST00000167843 1983 ntBASIC26.78■■□□□ 1.88
Scn4aQ9ER60 Ndufb11-201ENSMUST00000116621 908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
Scn4aQ9ER60 B930094E09Rik-201ENSMUST00000164667 1240 ntAPPRIS P1 BASIC26.77■■□□□ 1.88
Scn4aQ9ER60 Atg101-201ENSMUST00000048393 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
Scn4aQ9ER60 Stoml2-201ENSMUST00000030169 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
Scn4aQ9ER60 Trappc3-201ENSMUST00000030660 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
Scn4aQ9ER60 Igfbp2-201ENSMUST00000047328 1307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
Scn4aQ9ER60 Trim14-201ENSMUST00000046897 1429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
Scn4aQ9ER60 Stard6-203ENSMUST00000168249 1167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.88
Scn4aQ9ER60 Foxf2-201ENSMUST00000042054 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.88
Scn4aQ9ER60 Coq9-201ENSMUST00000034234 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
Scn4aQ9ER60 Ccdc9-201ENSMUST00000041010 2379 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
Scn4aQ9ER60 Mrpl9-202ENSMUST00000196143 1657 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
Scn4aQ9ER60 Nthl1-201ENSMUST00000047611 1080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
Scn4aQ9ER60 Hccs-201ENSMUST00000033717 2320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
Scn4aQ9ER60 Slc3a2-201ENSMUST00000010239 1819 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
Scn4aQ9ER60 Cerkl-205ENSMUST00000143974 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
Scn4aQ9ER60 Fgfrl1-202ENSMUST00000112560 2318 ntTSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
Scn4aQ9ER60 Gp1bb-202ENSMUST00000167388 1847 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
Scn4aQ9ER60 1810062O18Rik-202ENSMUST00000128848 745 ntTSL 3 BASIC26.75■■□□□ 1.87
Scn4aQ9ER60 Gm43672-201ENSMUST00000199072 1731 ntBASIC26.75■■□□□ 1.87
Scn4aQ9ER60 Fdxacb1-203ENSMUST00000176335 1817 ntTSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
Scn4aQ9ER60 Gm43909-201ENSMUST00000203443 1876 ntBASIC26.75■■□□□ 1.87
Scn4aQ9ER60 Grb2-201ENSMUST00000021090 2709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
Scn4aQ9ER60 Gm12781-201ENSMUST00000146269 395 ntTSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
Scn4aQ9ER60 Gabarapl1-202ENSMUST00000204487 902 ntTSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
Scn4aQ9ER60 Timm8a2-201ENSMUST00000045976 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
Scn4aQ9ER60 Cklf-208ENSMUST00000212433 1304 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
Scn4aQ9ER60 Etnk1-203ENSMUST00000204947 1791 ntTSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
Scn4aQ9ER60 2700033N17Rik-201ENSMUST00000140185 721 ntTSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
Scn4aQ9ER60 Stx3-208ENSMUST00000211641 1018 ntTSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
Scn4aQ9ER60 Banf1-201ENSMUST00000025762 735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
Scn4aQ9ER60 Fndc11-201ENSMUST00000050026 1387 ntTSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
Scn4aQ9ER60 Dedd2-202ENSMUST00000205271 1942 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.73■■□□□ 1.87
Scn4aQ9ER60 Lce1j-201ENSMUST00000107304 420 ntAPPRIS P1 BASIC26.73■■□□□ 1.87
Scn4aQ9ER60 Atp5g1-203ENSMUST00000107686 691 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.73■■□□□ 1.87
Scn4aQ9ER60 Scamp4-202ENSMUST00000180350 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
Scn4aQ9ER60 Setd4-202ENSMUST00000113951 1826 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.72■■□□□ 1.87
Scn4aQ9ER60 Gm26971-201ENSMUST00000182423 1072 ntBASIC26.72■■□□□ 1.87
Scn4aQ9ER60 Samd8-201ENSMUST00000022292 1574 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
Scn4aQ9ER60 Ccr10-201ENSMUST00000062759 1726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
Scn4aQ9ER60 Serbp1-207ENSMUST00000203436 1667 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
Scn4aQ9ER60 Pih1d1-201ENSMUST00000085375 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
Scn4aQ9ER60 Txnl4a-204ENSMUST00000145963 1756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
Scn4aQ9ER60 Meis3-201ENSMUST00000002495 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
Scn4aQ9ER60 AC165249.1-201ENSMUST00000220031 1599 ntTSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
Scn4aQ9ER60 Snrnp35-202ENSMUST00000111453 1181 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
Scn4aQ9ER60 Grtp1-204ENSMUST00000209691 1030 ntTSL 5 BASIC26.71■■□□□ 1.87
Scn4aQ9ER60 Tmem14c-201ENSMUST00000021790 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
Scn4aQ9ER60 Otx2os1-204ENSMUST00000227221 751 ntBASIC26.71■■□□□ 1.87
Scn4aQ9ER60 0610009B22Rik-201ENSMUST00000007921 813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
Scn4aQ9ER60 Htra4-201ENSMUST00000084031 2180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 27 ms