Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 MTMR9LP-204ENST00000441044 2624 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 ADCK2-201ENST00000072869 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 MARCH8-201ENST00000319836 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 DPH7-201ENST00000277540 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 PHACTR2-203ENST00000367584 2490 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 LAYN-201ENST00000375614 2066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 PLEKHH3-201ENST00000293349 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 TBC1D4-201ENST00000377625 6182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 FNTA-208ENST00000529687 1950 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 SMIM10L2B-201ENST00000433425 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 C16orf58-209ENST00000567994 1845 ntTSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 EEF1D-204ENST00000423316 2378 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 ADAMTS19-201ENST00000274487 5234 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 RALGPS1-207ENST00000394022 1672 ntTSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 CCDC189-206ENST00000543610 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 KCNS2-201ENST00000287042 5219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 MAP4K4-210ENST00000425019 4403 ntTSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 PRKG2-207ENST00000628926 2623 ntTSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 RBM26-202ENST00000438724 5152 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC17.13■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 NPNT-204ENST00000453617 2419 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 EYA2-202ENST00000327619 2702 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 AGAP4-207ENST00000616763 2784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 RAI14-201ENST00000265109 5092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 IRX5-202ENST00000394636 2401 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC17.12■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 ZDHHC18-202ENST00000374142 5020 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 AL157384.1-201ENST00000445995 2473 ntBASIC17.12■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 TCP11-202ENST00000311875 2166 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 CACTIN-202ENST00000248420 2671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 DNAAF4-201ENST00000321149 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 CHRNA7-203ENST00000454250 2093 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 POTED-202ENST00000620442 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 C19orf35-201ENST00000342063 2574 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC17.11■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 SLC22A17-202ENST00000354772 2238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 HDGFL2-208ENST00000616600 2281 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC17.11■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC17.11■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC17.11■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 BCAM-201ENST00000270233 2402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 IQCJ-SCHIP1-204ENST00000485419 2445 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 PNMA8B-202ENST00000599531 5308 ntAPPRIS P1 BASIC17.11■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 AC092490.1-203ENST00000514568 1972 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 SPATA5L1-201ENST00000305560 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 ITPKB-203ENST00000429204 6162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC17.11■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 KLF14-201ENST00000583337 2827 ntAPPRIS P1 BASIC17.11■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 MMP21-201ENST00000368808 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 SLC19A1-212ENST00000567670 2029 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 SLC12A4-202ENST00000422611 4670 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC17.1■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 MPP5-205ENST00000556345 1163 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC17.1■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC17.1■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 JADE2-204ENST00000402835 2797 ntTSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 ZNF410-206ENST00000540593 1722 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 EIF2B4-211ENST00000616081 1754 ntTSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 TNFAIP8L3-202ENST00000637513 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 CNOT6-201ENST00000261951 6176 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 CCDC88B-203ENST00000359902 2326 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 ADGRL1-202ENST00000361434 5610 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 MATR3-206ENST00000503811 2518 ntTSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 CAPN12-201ENST00000328867 2762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC17.09■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC17.09■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC17.09■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 NPLOC4-201ENST00000331134 4415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 DISC1-213ENST00000537876 2349 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 DLG3-202ENST00000374355 5074 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.7 ms