Protein–RNA interactions for Protein: Q3UWA4

Trim40, Tripartite motif-containing protein 40, mousemouse

Predictions only

Length 246 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim40Q3UWA4 Gm5540-201ENSMUST00000131852 1848 ntBASIC18■□□□□ 0.47
Trim40Q3UWA4 Rap1b-201ENSMUST00000064667 2724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Trim40Q3UWA4 Foxa2-201ENSMUST00000047315 2128 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Trim40Q3UWA4 Asap2-202ENSMUST00000064595 5678 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
Trim40Q3UWA4 Arhgdia-202ENSMUST00000106197 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Trim40Q3UWA4 2810474O19Rik-201ENSMUST00000046689 6066 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Trim40Q3UWA4 Tmem79-203ENSMUST00000107553 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Trim40Q3UWA4 E030030I06Rik-202ENSMUST00000179054 2081 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Trim40Q3UWA4 Igsf8-202ENSMUST00000085912 2182 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
Trim40Q3UWA4 H2afj-202ENSMUST00000203982 577 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC17.99■□□□□ 0.47
Trim40Q3UWA4 A730035I17Rik-205ENSMUST00000205851 684 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
Trim40Q3UWA4 Mpv17l2-201ENSMUST00000038626 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Trim40Q3UWA4 Mid1-203ENSMUST00000079443 2815 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
Trim40Q3UWA4 Ciapin1-201ENSMUST00000034233 1807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
Trim40Q3UWA4 Ier3ip1-201ENSMUST00000026487 1395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Trim40Q3UWA4 Ddx41-201ENSMUST00000021956 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Trim40Q3UWA4 Ncor1-203ENSMUST00000069456 3171 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Trim40Q3UWA4 Cdc20-201ENSMUST00000006565 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Trim40Q3UWA4 Lifr-202ENSMUST00000164529 2844 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Trim40Q3UWA4 St3gal4-201ENSMUST00000034537 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Trim40Q3UWA4 Mchr1-201ENSMUST00000166855 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Trim40Q3UWA4 Nptx1-201ENSMUST00000026670 5217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Trim40Q3UWA4 Rbm24-201ENSMUST00000037923 3086 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
Trim40Q3UWA4 Wtap-205ENSMUST00000160781 2442 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Trim40Q3UWA4 Tmem238-201ENSMUST00000168578 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Trim40Q3UWA4 Syndig1-202ENSMUST00000109935 2050 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
Trim40Q3UWA4 Dennd6a-201ENSMUST00000037585 6638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Trim40Q3UWA4 Larp1b-202ENSMUST00000048490 2354 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Trim40Q3UWA4 Bcl9l-206ENSMUST00000220303 5760 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Trim40Q3UWA4 Dlg1-205ENSMUST00000115201 3248 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
Trim40Q3UWA4 Adam22-205ENSMUST00000115385 2318 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
Trim40Q3UWA4 Rcl1-201ENSMUST00000064393 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Trim40Q3UWA4 Ccser1-203ENSMUST00000126214 5657 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
Trim40Q3UWA4 Creb1-204ENSMUST00000185594 1569 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
Trim40Q3UWA4 4930426I24Rik-202ENSMUST00000217797 1232 ntBASIC17.97■□□□□ 0.47
Trim40Q3UWA4 Tulp1-201ENSMUST00000041819 2017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
Trim40Q3UWA4 Alyref-201ENSMUST00000026125 3527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
Trim40Q3UWA4 Atp8b2-202ENSMUST00000107396 5705 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
Trim40Q3UWA4 Brpf1-204ENSMUST00000113122 4773 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
Trim40Q3UWA4 Grk2-202ENSMUST00000088737 3376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
Trim40Q3UWA4 Hyal2-203ENSMUST00000193747 1532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
Trim40Q3UWA4 Rabgap1l-201ENSMUST00000028049 2748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
Trim40Q3UWA4 Cxxc1-201ENSMUST00000025444 2618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
Trim40Q3UWA4 Cdh4-201ENSMUST00000000314 6388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
Trim40Q3UWA4 Ntn1-201ENSMUST00000021284 5738 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
Trim40Q3UWA4 Olig2-201ENSMUST00000035608 2437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
Trim40Q3UWA4 1810055G02Rik-201ENSMUST00000039048 1882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
Trim40Q3UWA4 Zfp282-201ENSMUST00000061890 5573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
Trim40Q3UWA4 Lats2-201ENSMUST00000022531 5191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
Trim40Q3UWA4 Adgrl1-207ENSMUST00000141158 8181 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
Trim40Q3UWA4 Rpl34-201ENSMUST00000062601 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
Trim40Q3UWA4 Atxn7-203ENSMUST00000223880 2946 ntAPPRIS P2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
Trim40Q3UWA4 Gm26884-201ENSMUST00000181207 3074 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
Trim40Q3UWA4 Foxf2-201ENSMUST00000042054 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
Trim40Q3UWA4 Ero1l-201ENSMUST00000022378 4418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
Trim40Q3UWA4 Antxr1-201ENSMUST00000042025 5253 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
Trim40Q3UWA4 Herpud2-201ENSMUST00000008573 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.46
Trim40Q3UWA4 Trim47-202ENSMUST00000106441 2192 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.46
Trim40Q3UWA4 Schip1-206ENSMUST00000182719 2156 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.46
Trim40Q3UWA4 Rnf112-201ENSMUST00000054927 3086 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
Trim40Q3UWA4 Ccdc84-201ENSMUST00000053286 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
Trim40Q3UWA4 Zfp579-206ENSMUST00000162731 2489 ntAPPRIS P1 BASIC17.95■□□□□ 0.46
Trim40Q3UWA4 Hat1-202ENSMUST00000112122 1899 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
Trim40Q3UWA4 Nmnat3-202ENSMUST00000112937 1898 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
Trim40Q3UWA4 Galnt9-201ENSMUST00000040001 2883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
Trim40Q3UWA4 Nudt11-201ENSMUST00000103007 3036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
Trim40Q3UWA4 Fiz1-202ENSMUST00000165320 2653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
Trim40Q3UWA4 Hdhd5-201ENSMUST00000075303 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
Trim40Q3UWA4 Ddx39b-203ENSMUST00000173731 2848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
Trim40Q3UWA4 Klc3-203ENSMUST00000108458 1823 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
Trim40Q3UWA4 Faxc-201ENSMUST00000029908 2627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
Trim40Q3UWA4 Baiap2-201ENSMUST00000026436 2394 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
Trim40Q3UWA4 Vat1-201ENSMUST00000040430 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
Trim40Q3UWA4 Pigt-202ENSMUST00000117066 1712 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
Trim40Q3UWA4 Irx3-201ENSMUST00000093312 2610 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
Trim40Q3UWA4 Rbm43-201ENSMUST00000102767 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
Trim40Q3UWA4 Lrch2-201ENSMUST00000112819 4892 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
Trim40Q3UWA4 Golga7b-202ENSMUST00000122375 2836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
Trim40Q3UWA4 Kcnip2-201ENSMUST00000026247 1203 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
Trim40Q3UWA4 Cdca4-201ENSMUST00000062092 2425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
Trim40Q3UWA4 Slc36a4-202ENSMUST00000115588 1745 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
Trim40Q3UWA4 Enah-205ENSMUST00000177811 4231 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
Trim40Q3UWA4 Igsf9b-201ENSMUST00000115247 2857 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
Trim40Q3UWA4 Nubp1-201ENSMUST00000023146 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
Trim40Q3UWA4 Cyb5r4-201ENSMUST00000168529 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
Trim40Q3UWA4 Dnpep-204ENSMUST00000185797 2510 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
Trim40Q3UWA4 Smim19-201ENSMUST00000033935 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
Trim40Q3UWA4 AC102554.1-201ENSMUST00000216236 537 ntTSL 5 BASIC17.93■□□□□ 0.46
Trim40Q3UWA4 Trir-201ENSMUST00000047281 902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
Trim40Q3UWA4 Tlx2-201ENSMUST00000089641 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
Trim40Q3UWA4 Slain2-202ENSMUST00000144843 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
Trim40Q3UWA4 Cckbr-201ENSMUST00000033189 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
Trim40Q3UWA4 Jade1-202ENSMUST00000163764 5584 ntTSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
Trim40Q3UWA4 Man1c1-201ENSMUST00000038628 4285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
Trim40Q3UWA4 Cnih3-202ENSMUST00000161880 1995 ntTSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
Trim40Q3UWA4 Runx2-204ENSMUST00000159943 2316 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
Trim40Q3UWA4 Gm9885-202ENSMUST00000186234 2209 ntBASIC17.92■□□□□ 0.46
Trim40Q3UWA4 Cetn4-205ENSMUST00000140956 2981 ntTSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
Trim40Q3UWA4 Ppfia1-201ENSMUST00000168134 5181 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
Trim40Q3UWA4 Rab40c-207ENSMUST00000167626 2506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 16.4 ms