Protein–RNA interactions for Protein: Q9QXD8

Limd1, LIM domain-containing protein 1, mousemouse

Predictions only

Length 668 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Limd1Q9QXD8 Gng5-201ENSMUST00000090031 593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Limd1Q9QXD8 Gm20100-201ENSMUST00000209418 2272 ntBASIC21.32■■□□□ 1
Limd1Q9QXD8 Mal2-201ENSMUST00000025356 2950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Limd1Q9QXD8 Krt1-201ENSMUST00000023790 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Limd1Q9QXD8 Polr1d-202ENSMUST00000110557 1137 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Limd1Q9QXD8 Boll-203ENSMUST00000159398 658 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Limd1Q9QXD8 Ndufa5-201ENSMUST00000023851 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Limd1Q9QXD8 Vgll2-201ENSMUST00000058347 966 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Limd1Q9QXD8 Mfap2-201ENSMUST00000071977 1073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Limd1Q9QXD8 Polg2-201ENSMUST00000021060 1506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Limd1Q9QXD8 Klhl15-205ENSMUST00000113916 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Limd1Q9QXD8 Senp6-201ENSMUST00000037484 5111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Limd1Q9QXD8 Hoxb6-202ENSMUST00000173432 1964 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
Limd1Q9QXD8 Ttc9b-201ENSMUST00000008088 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Limd1Q9QXD8 Qk-201ENSMUST00000042296 6718 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Limd1Q9QXD8 6820408C15Rik-201ENSMUST00000039961 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Limd1Q9QXD8 Gm7290-201ENSMUST00000104990 617 ntBASIC21.31■■□□□ 1
Limd1Q9QXD8 Gm12918-201ENSMUST00000120234 636 ntBASIC21.31■■□□□ 1
Limd1Q9QXD8 Gm15710-201ENSMUST00000121821 636 ntBASIC21.31■■□□□ 1
Limd1Q9QXD8 Gm11691-201ENSMUST00000130963 658 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
Limd1Q9QXD8 Gm10653-202ENSMUST00000139570 835 ntBASIC21.31■■□□□ 1
Limd1Q9QXD8 Mcl1-202ENSMUST00000178686 858 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Limd1Q9QXD8 Gm5075-201ENSMUST00000196916 622 ntBASIC21.31■■□□□ 1
Limd1Q9QXD8 Rabac1-203ENSMUST00000205871 986 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Limd1Q9QXD8 Uqcc2-201ENSMUST00000025045 500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Limd1Q9QXD8 Rpl13-ps6-201ENSMUST00000079761 636 ntBASIC21.31■■□□□ 1
Limd1Q9QXD8 Rpl13-ps3-201ENSMUST00000079960 624 ntBASIC21.31■■□□□ 1
Limd1Q9QXD8 BC107364-201ENSMUST00000093126 1159 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Limd1Q9QXD8 BC107364-202ENSMUST00000098841 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Limd1Q9QXD8 Pitx3-201ENSMUST00000026259 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Limd1Q9QXD8 Gsto2-201ENSMUST00000056159 1351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Limd1Q9QXD8 Ksr1-202ENSMUST00000108264 2748 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
Limd1Q9QXD8 Zfp653-201ENSMUST00000043922 2108 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Limd1Q9QXD8 Letm2-201ENSMUST00000079160 2126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Limd1Q9QXD8 Nkx2-1-202ENSMUST00000178477 2242 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Limd1Q9QXD8 Jkamp-202ENSMUST00000117449 1874 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Limd1Q9QXD8 Tmem143-201ENSMUST00000069772 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Limd1Q9QXD8 Gm45121-201ENSMUST00000205396 1153 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
Limd1Q9QXD8 Tcap-201ENSMUST00000008021 948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Limd1Q9QXD8 Metrn-202ENSMUST00000165838 1363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Limd1Q9QXD8 Sirt1-203ENSMUST00000120239 4430 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
Limd1Q9QXD8 Cyp2r1-207ENSMUST00000211506 1887 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
Limd1Q9QXD8 Atoh8-201ENSMUST00000042646 2355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Limd1Q9QXD8 Tbc1d2b-201ENSMUST00000041767 5956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Limd1Q9QXD8 Ppm1b-201ENSMUST00000080217 2753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Limd1Q9QXD8 Rfwd2-201ENSMUST00000076894 5116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Limd1Q9QXD8 Yeats4-201ENSMUST00000020382 1327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Limd1Q9QXD8 1810010K12Rik-201ENSMUST00000070378 1324 ntBASIC21.29■■□□□ 1
Limd1Q9QXD8 Slc35a2-203ENSMUST00000115663 1527 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
Limd1Q9QXD8 Fam193b-201ENSMUST00000021957 4341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Limd1Q9QXD8 Homer1-207ENSMUST00000109494 2468 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Limd1Q9QXD8 Ptger3-202ENSMUST00000173533 2097 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Limd1Q9QXD8 Ttc39a-203ENSMUST00000106619 1778 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Limd1Q9QXD8 Golga7-201ENSMUST00000051094 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Limd1Q9QXD8 Ube2b-202ENSMUST00000109086 585 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
Limd1Q9QXD8 Arl2bp-202ENSMUST00000109527 1133 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Limd1Q9QXD8 A830035A12Rik-201ENSMUST00000147445 861 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Limd1Q9QXD8 Ubl3-201ENSMUST00000079324 2537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Limd1Q9QXD8 Dcbld2-201ENSMUST00000046663 6561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Limd1Q9QXD8 Gm43859-201ENSMUST00000200075 1412 ntBASIC21.29■■□□□ 1
Limd1Q9QXD8 Aifm2-201ENSMUST00000067857 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Limd1Q9QXD8 Ewsr1-205ENSMUST00000102930 2174 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
Limd1Q9QXD8 Schip1-206ENSMUST00000182719 2156 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Limd1Q9QXD8 Mael-201ENSMUST00000038782 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Limd1Q9QXD8 Eif1-201ENSMUST00000049385 1322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Limd1Q9QXD8 Ptpn4-203ENSMUST00000163435 2365 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Limd1Q9QXD8 Syt17-203ENSMUST00000203485 1932 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Limd1Q9QXD8 Frat1-201ENSMUST00000087155 2614 ntAPPRIS P1 BASIC21.27■■□□□ 1
Limd1Q9QXD8 Nrm-201ENSMUST00000074259 1466 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Limd1Q9QXD8 Pbx1-202ENSMUST00000072863 1709 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Limd1Q9QXD8 Ppm1n-201ENSMUST00000032560 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Limd1Q9QXD8 Hmgn2-204ENSMUST00000105893 973 ntTSL 3 BASIC21.27■■□□□ 1
Limd1Q9QXD8 Ptbp3-204ENSMUST00000140925 606 ntTSL 3 BASIC21.27■■□□□ 1
Limd1Q9QXD8 Gm5408-201ENSMUST00000197998 747 ntBASIC21.27■■□□□ 1
Limd1Q9QXD8 Slc7a6os-201ENSMUST00000035925 1246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Limd1Q9QXD8 Pdcd2-205ENSMUST00000154293 1924 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Limd1Q9QXD8 Ccnd3-201ENSMUST00000037333 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
Limd1Q9QXD8 Grin2c-202ENSMUST00000106554 4895 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
Limd1Q9QXD8 Gpatch2-201ENSMUST00000044812 1639 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Limd1Q9QXD8 Slc35f4-201ENSMUST00000074368 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Limd1Q9QXD8 Dsg2-203ENSMUST00000121837 953 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Limd1Q9QXD8 Tspan2os-201ENSMUST00000146624 590 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Limd1Q9QXD8 Gm40460-201ENSMUST00000211591 735 ntAPPRIS P1 BASIC21.26■□□□□ 0.99
Limd1Q9QXD8 Lgals7-201ENSMUST00000081457 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Limd1Q9QXD8 Slc9a3r2-201ENSMUST00000002572 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Limd1Q9QXD8 Hp1bp3-205ENSMUST00000105827 5155 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
Limd1Q9QXD8 Tuba3a-201ENSMUST00000088246 1509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Limd1Q9QXD8 Zranb1-202ENSMUST00000106157 5008 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
Limd1Q9QXD8 Wnt16-201ENSMUST00000031681 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Limd1Q9QXD8 Cpne2-202ENSMUST00000109537 2121 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Limd1Q9QXD8 Nrg3-203ENSMUST00000173780 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
Limd1Q9QXD8 Cnot6-203ENSMUST00000145353 5736 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
Limd1Q9QXD8 Etv2-201ENSMUST00000108147 1048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Limd1Q9QXD8 Ndufb2-202ENSMUST00000119379 455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Limd1Q9QXD8 Fam98c-203ENSMUST00000134176 1189 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
Limd1Q9QXD8 Tpsg1-204ENSMUST00000160920 867 ntTSL 3 BASIC21.25■□□□□ 0.99
Limd1Q9QXD8 Noc2l-201ENSMUST00000179543 2785 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Limd1Q9QXD8 Unc50-201ENSMUST00000027285 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Limd1Q9QXD8 Pusl1-201ENSMUST00000097737 1243 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
Limd1Q9QXD8 Fbxl17-201ENSMUST00000024761 4925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 18.6 ms