Protein–RNA interactions for Protein: Q00780

Col8a1, Collagen alpha-1(VIII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 744 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col8a1Q00780 Cryzl1-203ENSMUST00000117644 1727 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
Col8a1Q00780 BC037034-201ENSMUST00000048421 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
Col8a1Q00780 Tbxa2r-201ENSMUST00000105325 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
Col8a1Q00780 Rasl11b-201ENSMUST00000051937 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
Col8a1Q00780 Bend3-202ENSMUST00000167488 6337 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
Col8a1Q00780 Gpatch3-201ENSMUST00000030662 2004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
Col8a1Q00780 Ears2-201ENSMUST00000033159 2046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
Col8a1Q00780 1110004E09Rik-201ENSMUST00000023694 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
Col8a1Q00780 Wdr33-202ENSMUST00000082319 1152 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
Col8a1Q00780 Stim2-201ENSMUST00000117661 4934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
Col8a1Q00780 Dao-201ENSMUST00000086599 1525 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
Col8a1Q00780 Nxph4-201ENSMUST00000095266 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
Col8a1Q00780 Fastk-201ENSMUST00000030800 1893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
Col8a1Q00780 Atmin-201ENSMUST00000109099 4877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
Col8a1Q00780 Fezf2-201ENSMUST00000022262 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
Col8a1Q00780 Gsr-201ENSMUST00000033992 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
Col8a1Q00780 Zfp637-201ENSMUST00000112858 650 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 Zfp637-203ENSMUST00000112860 1231 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 Atp8a1-204ENSMUST00000113652 854 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 Tspan2os-201ENSMUST00000146624 590 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 Mcl1-202ENSMUST00000178686 858 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 Trmt13-210ENSMUST00000198454 880 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 1700067K01Rik-201ENSMUST00000060357 1291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 Sec22c-202ENSMUST00000111560 2669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 Raver2-202ENSMUST00000106955 2893 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 Fam60a-202ENSMUST00000081956 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 Mpzl1-201ENSMUST00000068705 2171 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 Acss2-203ENSMUST00000103142 2145 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 C230096K16Rik-201ENSMUST00000198074 1722 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 Ube2h-202ENSMUST00000102993 4657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 2410004B18Rik-201ENSMUST00000039571 1547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 Akr1a1-201ENSMUST00000030455 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 Gm14207-203ENSMUST00000156538 988 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 Gnai2-203ENSMUST00000192837 421 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 2900042K21Rik-201ENSMUST00000194444 653 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 Gm44878-201ENSMUST00000205812 1295 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 Rpl18-202ENSMUST00000209287 1027 ntTSL 3 BASIC16.57■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 Vax2-201ENSMUST00000037807 1242 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 Ggnbp2-202ENSMUST00000100686 2275 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 Rmdn2-208ENSMUST00000225357 2118 ntAPPRIS P1 BASIC16.57■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 Tmem64-201ENSMUST00000062684 4670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 Dusp1-201ENSMUST00000025025 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 Wnk2-202ENSMUST00000049265 6738 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 Gm38160-201ENSMUST00000193090 2499 ntBASIC16.56■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 Kcnip2-202ENSMUST00000079431 2302 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 Klhl25-203ENSMUST00000205612 1343 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 Tsc22d4-205ENSMUST00000110985 790 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 Gm10153-202ENSMUST00000210290 963 ntAPPRIS P1 BASIC16.56■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 Atp23-201ENSMUST00000026504 903 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 Sox15-201ENSMUST00000047373 861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 Tead2-202ENSMUST00000097216 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 Rap1a-201ENSMUST00000090678 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 Ank1-202ENSMUST00000084038 8147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 Anapc16-201ENSMUST00000020307 1379 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 Lbx1-201ENSMUST00000099401 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 Rundc3a-202ENSMUST00000107102 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 Hoxa11os-201ENSMUST00000134512 1839 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 Gm7290-201ENSMUST00000104990 617 ntBASIC16.55■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 Gm12918-201ENSMUST00000120234 636 ntBASIC16.55■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 Gm15710-201ENSMUST00000121821 636 ntBASIC16.55■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 Mrps18a-202ENSMUST00000123646 621 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 Gm6420-201ENSMUST00000193885 723 ntBASIC16.55■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 Gm5075-201ENSMUST00000196916 622 ntBASIC16.55■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 Nsg1-204ENSMUST00000201363 820 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 Gm45148-201ENSMUST00000208578 513 ntTSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 Rpl13-ps6-201ENSMUST00000079761 636 ntBASIC16.55■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 Rpl13-ps3-201ENSMUST00000079960 624 ntBASIC16.55■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 Tcap-201ENSMUST00000008021 948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 Wnk2-201ENSMUST00000035538 6630 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 Eif2ak4-207ENSMUST00000110877 2134 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 Ajap1-201ENSMUST00000105646 3048 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 Lgr4-201ENSMUST00000046548 5060 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 2410002F23Rik-201ENSMUST00000055858 1982 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 Trabd-206ENSMUST00000169891 1422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 Atxn7l2-201ENSMUST00000102633 3044 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 Xylt1-201ENSMUST00000032892 9020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 Sebox-202ENSMUST00000125670 1300 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 Lhpp-202ENSMUST00000106170 999 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 U2af1-201ENSMUST00000014684 907 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 U2af1-202ENSMUST00000166526 907 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 Rab6b-202ENSMUST00000189134 716 ntTSL 3 BASIC16.54■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 Smim15-206ENSMUST00000226042 1092 ntAPPRIS P1 BASIC16.54■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 Cops7a-201ENSMUST00000032220 1817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 Henmt1-202ENSMUST00000098680 1466 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 Picalm-212ENSMUST00000208730 3427 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 H2-Q7-201ENSMUST00000071951 1406 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 Atrn-201ENSMUST00000028781 8745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 Krt72-201ENSMUST00000071104 1951 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 Stk32c-201ENSMUST00000016125 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 Spsb3-203ENSMUST00000117890 1641 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 Gab1-201ENSMUST00000034150 4870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 Gm10571-201ENSMUST00000097869 1638 ntBASIC16.53■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 Slc18a3-201ENSMUST00000191501 2413 ntAPPRIS P1 BASIC16.53■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 Mrps10-203ENSMUST00000119945 1018 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 Nudt14-201ENSMUST00000002881 734 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 Mcoln1-201ENSMUST00000004683 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 Idh3a-205ENSMUST00000217484 2580 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 Cacnb1-205ENSMUST00000107562 1745 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 Zfp36l1-202ENSMUST00000165114 1934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
Col8a1Q00780 Tmem121-201ENSMUST00000058491 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 45.8 ms