Protein–RNA interactions for Protein: P08121

Col3a1, Collagen alpha-1(III) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,464 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col3a1P08121 Olfm1-204ENSMUST00000113920 2513 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
Col3a1P08121 D11Wsu47e-201ENSMUST00000042227 2196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
Col3a1P08121 Rpusd3-202ENSMUST00000113092 1269 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
Col3a1P08121 Fam228b-205ENSMUST00000218575 1281 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
Col3a1P08121 Ypel3-201ENSMUST00000038614 973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
Col3a1P08121 Cpne2-202ENSMUST00000109537 2121 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
Col3a1P08121 Pex16-201ENSMUST00000028650 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
Col3a1P08121 Slc35f3-201ENSMUST00000108759 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
Col3a1P08121 Krt5-201ENSMUST00000023709 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
Col3a1P08121 Mcam-201ENSMUST00000034650 2989 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
Col3a1P08121 Map1lc3b-203ENSMUST00000181521 775 ntTSL 3 BASIC23.5■■□□□ 1.35
Col3a1P08121 Gtpbp2-217ENSMUST00000172170 2587 ntTSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
Col3a1P08121 Gramd1a-202ENSMUST00000085636 2543 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
Col3a1P08121 6820408C15Rik-201ENSMUST00000039961 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
Col3a1P08121 Fbxw2-203ENSMUST00000113075 2260 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
Col3a1P08121 Fbxo22-204ENSMUST00000146201 2009 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
Col3a1P08121 E130307A14Rik-208ENSMUST00000145971 830 ntTSL 3 BASIC23.49■■□□□ 1.35
Col3a1P08121 Aebp2-203ENSMUST00000095350 2575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
Col3a1P08121 3010003L21Rik-201ENSMUST00000047953 1729 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
Col3a1P08121 Sstr4-201ENSMUST00000109962 1424 ntAPPRIS P1 BASIC23.49■■□□□ 1.35
Col3a1P08121 Gm11691-201ENSMUST00000130963 658 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
Col3a1P08121 Vax2-201ENSMUST00000037807 1242 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
Col3a1P08121 Akr1a1-201ENSMUST00000030455 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
Col3a1P08121 H2-Q7-201ENSMUST00000071951 1406 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
Col3a1P08121 H2-Q7-203ENSMUST00000078205 1419 ntTSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
Col3a1P08121 Celf6-201ENSMUST00000034840 2765 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
Col3a1P08121 Mlf2-201ENSMUST00000032214 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
Col3a1P08121 5033417F24Rik-201ENSMUST00000181575 1787 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
Col3a1P08121 Jkamp-202ENSMUST00000117449 1874 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
Col3a1P08121 Zmym3-207ENSMUST00000120201 1859 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
Col3a1P08121 Fam49b-207ENSMUST00000228226 1896 ntAPPRIS P1 BASIC23.48■■□□□ 1.35
Col3a1P08121 Ly6h-204ENSMUST00000127095 1336 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
Col3a1P08121 Homer1-206ENSMUST00000109493 2580 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
Col3a1P08121 Hccs-202ENSMUST00000112115 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
Col3a1P08121 Ccdc149-202ENSMUST00000198008 2470 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
Col3a1P08121 Mpc1-208ENSMUST00000155364 958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
Col3a1P08121 AC167978.1-201ENSMUST00000182488 456 ntTSL 3 BASIC23.47■■□□□ 1.35
Col3a1P08121 Nudt14-201ENSMUST00000002881 734 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
Col3a1P08121 Lgals7-201ENSMUST00000081457 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
Col3a1P08121 Gm10602-201ENSMUST00000098239 609 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
Col3a1P08121 Gm6802-201ENSMUST00000167843 1983 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
Col3a1P08121 Capzb-204ENSMUST00000102508 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
Col3a1P08121 Retreg2-201ENSMUST00000097694 2561 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
Col3a1P08121 Kremen2-201ENSMUST00000046525 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
Col3a1P08121 Msl3l2-201ENSMUST00000063138 2140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
Col3a1P08121 Prrt1-201ENSMUST00000015620 1940 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
Col3a1P08121 Lsm14a-201ENSMUST00000085585 2944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
Col3a1P08121 Gpn2-201ENSMUST00000030661 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
Col3a1P08121 Ttc39a-203ENSMUST00000106619 1778 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
Col3a1P08121 Zfp637-201ENSMUST00000112858 650 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
Col3a1P08121 Zfp637-203ENSMUST00000112860 1231 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
Col3a1P08121 Gm13148-201ENSMUST00000118892 745 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
Col3a1P08121 Gm7860-201ENSMUST00000121190 879 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
Col3a1P08121 Cetn3-201ENSMUST00000022009 1226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
Col3a1P08121 Dnajb11-201ENSMUST00000004574 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
Col3a1P08121 Ptger3-202ENSMUST00000173533 2097 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
Col3a1P08121 Catsper2-201ENSMUST00000038073 2247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
Col3a1P08121 Selenoo-201ENSMUST00000082439 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
Col3a1P08121 Pts-208ENSMUST00000215416 439 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
Col3a1P08121 Tmem51-201ENSMUST00000036572 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
Col3a1P08121 Hoxb6-201ENSMUST00000000704 1321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
Col3a1P08121 Syt17-203ENSMUST00000203485 1932 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
Col3a1P08121 Nr5a1-202ENSMUST00000112883 2994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
Col3a1P08121 Rab34-202ENSMUST00000056241 1558 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
Col3a1P08121 Gnas-205ENSMUST00000109083 730 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
Col3a1P08121 Polr1d-202ENSMUST00000110557 1137 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Col3a1P08121 Atraid-201ENSMUST00000013766 966 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Col3a1P08121 A230065N10Rik-201ENSMUST00000172178 1028 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
Col3a1P08121 1700003N22Rik-201ENSMUST00000194834 808 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
Col3a1P08121 Zfp580-202ENSMUST00000208570 693 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Col3a1P08121 Fam3c-203ENSMUST00000163963 1617 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Col3a1P08121 Pkmyt1-201ENSMUST00000024701 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Col3a1P08121 Slc35a2-203ENSMUST00000115663 1527 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
Col3a1P08121 Mcl1-202ENSMUST00000178686 858 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Col3a1P08121 Rian-206ENSMUST00000182119 329 ntTSL 3 BASIC23.43■■□□□ 1.34
Col3a1P08121 Cyp2r1-207ENSMUST00000211506 1887 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
Col3a1P08121 Ttc9b-201ENSMUST00000008088 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
Col3a1P08121 Htatip2-202ENSMUST00000207895 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
Col3a1P08121 Arhgap8-201ENSMUST00000006029 1527 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
Col3a1P08121 Zfp598-201ENSMUST00000047179 3286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
Col3a1P08121 Crtc2-201ENSMUST00000029545 2747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
Col3a1P08121 March11-202ENSMUST00000140840 1558 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
Col3a1P08121 Cdc37l1-205ENSMUST00000224599 1769 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
Col3a1P08121 Gm5475-201ENSMUST00000132119 2608 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
Col3a1P08121 Mir5133-201ENSMUST00000174955 77 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
Col3a1P08121 Tecr-203ENSMUST00000165740 1120 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
Col3a1P08121 Ntn5-201ENSMUST00000107742 1574 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
Col3a1P08121 Kctd20-204ENSMUST00000122163 2423 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
Col3a1P08121 Hnrnph3-202ENSMUST00000118898 2168 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
Col3a1P08121 Cltb-202ENSMUST00000091609 2186 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
Col3a1P08121 Kcnn4-201ENSMUST00000171904 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
Col3a1P08121 Kcng2-201ENSMUST00000077962 2813 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
Col3a1P08121 Aplp1-201ENSMUST00000006828 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
Col3a1P08121 Mum1-201ENSMUST00000020365 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
Col3a1P08121 Rbm7-201ENSMUST00000170000 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
Col3a1P08121 Ptbp3-204ENSMUST00000140925 606 ntTSL 3 BASIC23.4■■□□□ 1.34
Col3a1P08121 Foxi3-202ENSMUST00000163089 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
Col3a1P08121 Sap30-201ENSMUST00000034022 1178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
Col3a1P08121 Foxi3-201ENSMUST00000069634 1206 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
Col3a1P08121 Tssk6-201ENSMUST00000050373 1335 ntAPPRIS P1 BASIC23.4■■□□□ 1.34
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 33.9 ms