Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

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Length 1,001 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Nfkbil1-201ENSMUST00000048994 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
Rnf40Q3U319 Dynlrb1-204ENSMUST00000150602 788 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
Rnf40Q3U319 Ddx39b-203ENSMUST00000173731 2848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
Rnf40Q3U319 Gm5540-201ENSMUST00000131852 1848 ntBASIC20.31■□□□□ 0.84
Rnf40Q3U319 Kmt2b-201ENSMUST00000006470 8469 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
Rnf40Q3U319 Herpud2-201ENSMUST00000008573 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
Rnf40Q3U319 Zc3h14-202ENSMUST00000057000 3046 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
Rnf40Q3U319 Alyref-201ENSMUST00000026125 3527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
Rnf40Q3U319 Foxa3-201ENSMUST00000036018 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
Rnf40Q3U319 Dolk-201ENSMUST00000100219 2104 ntAPPRIS P1 BASIC20.3■□□□□ 0.84
Rnf40Q3U319 Zfp697-201ENSMUST00000056096 5166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
Rnf40Q3U319 Psmd7-201ENSMUST00000044106 1581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
Rnf40Q3U319 Arid1a-202ENSMUST00000105897 8175 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
Rnf40Q3U319 Nxph4-201ENSMUST00000095266 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
Rnf40Q3U319 Maff-202ENSMUST00000163691 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
Rnf40Q3U319 Dcun1d5-201ENSMUST00000034499 1122 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
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Rnf40Q3U319 Rbm38-201ENSMUST00000029014 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
Rnf40Q3U319 Gnpda1-201ENSMUST00000063814 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
Rnf40Q3U319 Asap2-203ENSMUST00000090834 5097 ntTSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
Rnf40Q3U319 Ubr5-201ENSMUST00000110336 9242 ntTSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
Rnf40Q3U319 Wtap-205ENSMUST00000160781 2442 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
Rnf40Q3U319 Rims1-209ENSMUST00000218140 1434 ntTSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
Rnf40Q3U319 Spata2l-202ENSMUST00000166768 2707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
Rnf40Q3U319 Gm13256-201ENSMUST00000131297 520 ntTSL 3 BASIC20.29■□□□□ 0.84
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Rnf40Q3U319 Psmg1-201ENSMUST00000023630 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
Rnf40Q3U319 Tmem192-202ENSMUST00000079896 916 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
Rnf40Q3U319 Khk-204ENSMUST00000201621 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
Rnf40Q3U319 Tpbgl-201ENSMUST00000178124 3022 ntAPPRIS P1 BASIC20.29■□□□□ 0.84
Rnf40Q3U319 Psme3-201ENSMUST00000019470 2664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
Rnf40Q3U319 Eml4-203ENSMUST00000112363 5238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
Rnf40Q3U319 Gpc6-204ENSMUST00000125435 2423 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
Rnf40Q3U319 Sbspon-201ENSMUST00000040695 2748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
Rnf40Q3U319 Klf1-201ENSMUST00000067060 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
Rnf40Q3U319 Itgb5-202ENSMUST00000115028 3090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
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Rnf40Q3U319 Vat1-201ENSMUST00000040430 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
Rnf40Q3U319 Grk2-202ENSMUST00000088737 3376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
Rnf40Q3U319 Spata5l1-202ENSMUST00000152813 1526 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
Rnf40Q3U319 Sptbn4-201ENSMUST00000011895 8747 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
Rnf40Q3U319 Jph1-201ENSMUST00000038382 4809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
Rnf40Q3U319 Dtwd2-201ENSMUST00000025383 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
Rnf40Q3U319 Tmem120a-201ENSMUST00000043378 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
Rnf40Q3U319 Gm8098-201ENSMUST00000146985 1499 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
Rnf40Q3U319 Uqcrfs1-201ENSMUST00000042834 1363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
Rnf40Q3U319 Gm14207-203ENSMUST00000156538 988 ntTSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
Rnf40Q3U319 Mid1-203ENSMUST00000079443 2815 ntTSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.84
Rnf40Q3U319 Fgf11-201ENSMUST00000011285 2534 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
Rnf40Q3U319 Sept7-201ENSMUST00000115272 2533 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.84
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Rnf40Q3U319 Ltb4r1-201ENSMUST00000057569 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
Rnf40Q3U319 Ildr2-204ENSMUST00000192732 2263 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
Rnf40Q3U319 Rps6ka3-201ENSMUST00000033671 7244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
Rnf40Q3U319 Ankrd33b-202ENSMUST00000076942 1641 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
Rnf40Q3U319 Rasl10b-202ENSMUST00000108140 3156 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
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Rnf40Q3U319 Nus1-201ENSMUST00000023830 4605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
Rnf40Q3U319 Tesk1-201ENSMUST00000060864 3947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
Rnf40Q3U319 Acvrl1-202ENSMUST00000117984 1852 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
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Rnf40Q3U319 Mrm1-201ENSMUST00000018549 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
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Rnf40Q3U319 B3gnt2-202ENSMUST00000062844 3057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
Rnf40Q3U319 Sox12-201ENSMUST00000063332 4169 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
Rnf40Q3U319 Ssc4d-204ENSMUST00000111153 2745 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
Rnf40Q3U319 Klhdc3-202ENSMUST00000165007 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
Rnf40Q3U319 Trim72-202ENSMUST00000106248 2134 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
Rnf40Q3U319 Anks1b-217ENSMUST00000182550 1868 ntTSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
Rnf40Q3U319 Csnk1a1-210ENSMUST00000170862 2259 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
Rnf40Q3U319 Igsf9b-201ENSMUST00000115247 2857 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
Rnf40Q3U319 Ppp1r3f-201ENSMUST00000115742 3066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
Rnf40Q3U319 Cryzl1-203ENSMUST00000117644 1727 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
Rnf40Q3U319 Mpnd-208ENSMUST00000159996 1444 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
Rnf40Q3U319 BC017158-201ENSMUST00000033044 2627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
Rnf40Q3U319 Baiap2-202ENSMUST00000075180 3518 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
Rnf40Q3U319 Tbc1d13-201ENSMUST00000044556 3595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
Rnf40Q3U319 Gm44832-201ENSMUST00000208849 2303 ntBASIC20.22■□□□□ 0.83
Rnf40Q3U319 Ascl4-202ENSMUST00000170396 2016 ntAPPRIS P1 BASIC20.22■□□□□ 0.83
Rnf40Q3U319 Rnf112-201ENSMUST00000054927 3086 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
Rnf40Q3U319 A630072M18Rik-201ENSMUST00000190567 5410 ntBASIC20.22■□□□□ 0.83
Rnf40Q3U319 Sfrp5-201ENSMUST00000018966 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
Rnf40Q3U319 Acvr1-201ENSMUST00000056376 2394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
Rnf40Q3U319 Gm4969-202ENSMUST00000141380 1892 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
Rnf40Q3U319 Brms1l-201ENSMUST00000059250 2609 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
Rnf40Q3U319 Rbfox3-202ENSMUST00000069343 1553 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
Rnf40Q3U319 Panx1-202ENSMUST00000164273 5732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
Rnf40Q3U319 U2af2-201ENSMUST00000005041 2183 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
Rnf40Q3U319 AC166356.1-201ENSMUST00000228236 1426 ntBASIC20.21■□□□□ 0.83
Rnf40Q3U319 Lrrc36-202ENSMUST00000109355 2411 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
Rnf40Q3U319 Fbl-201ENSMUST00000042405 1197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
Rnf40Q3U319 Zbtb7a-204ENSMUST00000121840 1676 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
Rnf40Q3U319 Agap3-205ENSMUST00000199856 2685 ntTSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 21.2 ms