Protein–RNA interactions for Protein: Q00780

Col8a1, Collagen alpha-1(VIII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 744 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col8a1Q00780 Prmt1-202ENSMUST00000107843 1508 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
Col8a1Q00780 Cnot6-201ENSMUST00000020624 2498 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
Col8a1Q00780 Ndufaf1-202ENSMUST00000110801 1478 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
Col8a1Q00780 Rnaseh2b-201ENSMUST00000022499 1494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
Col8a1Q00780 Dsg2-203ENSMUST00000121837 953 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
Col8a1Q00780 Gm15556-201ENSMUST00000122904 663 ntTSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
Col8a1Q00780 Zfp560-202ENSMUST00000143992 608 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
Col8a1Q00780 Gm5408-201ENSMUST00000197998 747 ntBASIC16.76■□□□□ 0.27
Col8a1Q00780 Tmem54-201ENSMUST00000030575 1064 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
Col8a1Q00780 Ankrd9-203ENSMUST00000135131 1563 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
Col8a1Q00780 Gsto2-201ENSMUST00000056159 1351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
Col8a1Q00780 Dedd-204ENSMUST00000111300 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
Col8a1Q00780 March2-206ENSMUST00000173329 2566 ntTSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
Col8a1Q00780 Dmtn-209ENSMUST00000228295 2572 ntBASIC16.76■□□□□ 0.27
Col8a1Q00780 Camk2b-201ENSMUST00000002817 1872 ntTSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
Col8a1Q00780 Foxe1-201ENSMUST00000095097 2804 ntAPPRIS P1 BASIC16.75■□□□□ 0.27
Col8a1Q00780 Fip1l1-202ENSMUST00000113534 2140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
Col8a1Q00780 Tomm6-201ENSMUST00000113301 594 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
Col8a1Q00780 Hgfac-206ENSMUST00000202573 434 ntTSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
Col8a1Q00780 BC107364-201ENSMUST00000093126 1159 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
Col8a1Q00780 BC107364-202ENSMUST00000098841 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
Col8a1Q00780 Gm10812-201ENSMUST00000099864 546 ntBASIC16.75■□□□□ 0.27
Col8a1Q00780 Rab28-203ENSMUST00000201422 1697 ntTSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
Col8a1Q00780 Tinagl1-203ENSMUST00000105999 1952 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
Col8a1Q00780 Fam3c-203ENSMUST00000163963 1617 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
Col8a1Q00780 Ppt2-204ENSMUST00000168391 1342 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
Col8a1Q00780 Lgr4-202ENSMUST00000111037 4988 ntTSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
Col8a1Q00780 Neurl4-213ENSMUST00000177476 4952 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
Col8a1Q00780 Antxr1-204ENSMUST00000204805 2156 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
Col8a1Q00780 Nfkbid-203ENSMUST00000108176 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
Col8a1Q00780 Kcnj12-202ENSMUST00000089184 2291 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
Col8a1Q00780 Dlg3-202ENSMUST00000087984 4956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
Col8a1Q00780 Tpsg1-204ENSMUST00000160920 867 ntTSL 3 BASIC16.74■□□□□ 0.27
Col8a1Q00780 2610035F20Rik-202ENSMUST00000177306 1149 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
Col8a1Q00780 8430422M14Rik-201ENSMUST00000199608 822 ntBASIC16.74■□□□□ 0.27
Col8a1Q00780 Rab28-205ENSMUST00000202913 863 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
Col8a1Q00780 Gm39115-201ENSMUST00000211350 699 ntAPPRIS P1 BASIC16.74■□□□□ 0.27
Col8a1Q00780 Maml1-201ENSMUST00000059458 5528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
Col8a1Q00780 Pkp2-203ENSMUST00000162150 1959 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
Col8a1Q00780 Adora2b-201ENSMUST00000018644 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
Col8a1Q00780 Klf2-201ENSMUST00000067912 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
Col8a1Q00780 Asphd1-203ENSMUST00000106340 1647 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
Col8a1Q00780 Nsfl1c-202ENSMUST00000089140 1486 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
Col8a1Q00780 1700030C10Rik-203ENSMUST00000189625 1735 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Col8a1Q00780 Kansl1-205ENSMUST00000106977 5510 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Col8a1Q00780 Homer1-207ENSMUST00000109494 2468 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Col8a1Q00780 Gm10612-201ENSMUST00000162198 1681 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Col8a1Q00780 Ankra2-202ENSMUST00000091356 1949 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Col8a1Q00780 Gm13148-201ENSMUST00000118892 745 ntBASIC16.73■□□□□ 0.27
Col8a1Q00780 Ndufa12-204ENSMUST00000179990 566 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Col8a1Q00780 Ube2a-208ENSMUST00000202812 719 ntTSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
Col8a1Q00780 Rab7-206ENSMUST00000203674 424 ntTSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
Col8a1Q00780 Sema6d-202ENSMUST00000076335 6276 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Col8a1Q00780 Ndrg2-202ENSMUST00000111632 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Col8a1Q00780 Ppp1r12c-201ENSMUST00000013886 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Col8a1Q00780 Snx21-204ENSMUST00000172577 1825 ntTSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
Col8a1Q00780 Ube4b-202ENSMUST00000103212 5626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Col8a1Q00780 Lrp3-202ENSMUST00000122409 4147 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Col8a1Q00780 Cebpa-202ENSMUST00000205391 2161 ntTSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
Col8a1Q00780 9130213A22Rik-201ENSMUST00000180487 1581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Col8a1Q00780 Stac3-201ENSMUST00000035839 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Col8a1Q00780 A930001C03Rik-204ENSMUST00000154407 1402 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Col8a1Q00780 Cldn5-201ENSMUST00000043577 1414 ntAPPRIS P1 BASIC16.71■□□□□ 0.27
Col8a1Q00780 Nipa1-201ENSMUST00000052204 3183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Col8a1Q00780 Rcor3-206ENSMUST00000192491 1623 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Col8a1Q00780 Cnr1-201ENSMUST00000057188 5807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Col8a1Q00780 Ankrd9-201ENSMUST00000043459 1706 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Col8a1Q00780 Nlgn2-201ENSMUST00000056484 5003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Col8a1Q00780 Atp23-202ENSMUST00000168520 1043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Col8a1Q00780 1700067K01Rik-203ENSMUST00000172548 986 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Col8a1Q00780 Coro1a-209ENSMUST00000173108 1170 ntTSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
Col8a1Q00780 Gm40460-201ENSMUST00000211591 735 ntAPPRIS P1 BASIC16.71■□□□□ 0.27
Col8a1Q00780 AC135637.1-201ENSMUST00000227750 365 ntBASIC16.71■□□□□ 0.27
Col8a1Q00780 Med30-201ENSMUST00000037115 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Col8a1Q00780 Znrf1-204ENSMUST00000171182 5466 ntTSL 3 BASIC16.71■□□□□ 0.27
Col8a1Q00780 Acsl6-209ENSMUST00000108904 2594 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.26
Col8a1Q00780 Commd7-202ENSMUST00000109782 1343 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Col8a1Q00780 Lypla2-201ENSMUST00000067567 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Col8a1Q00780 Gtpbp6-201ENSMUST00000077220 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Col8a1Q00780 March11-201ENSMUST00000126304 2146 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Col8a1Q00780 Etv4-212ENSMUST00000164750 2336 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Col8a1Q00780 Gm26766-202ENSMUST00000227544 2347 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
Col8a1Q00780 Tmem120b-201ENSMUST00000067505 2164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Col8a1Q00780 Hoxa2-201ENSMUST00000014848 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Col8a1Q00780 Gsx1-201ENSMUST00000065382 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Col8a1Q00780 Zdhhc4-201ENSMUST00000001900 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Col8a1Q00780 Vkorc1-202ENSMUST00000119922 387 ntTSL 3 BASIC16.7■□□□□ 0.26
Col8a1Q00780 Gm53-201ENSMUST00000129907 1172 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
Col8a1Q00780 Gm10830-201ENSMUST00000186379 636 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
Col8a1Q00780 Gm20049-201ENSMUST00000219950 730 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
Col8a1Q00780 Tnnt2-201ENSMUST00000027671 1064 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
Col8a1Q00780 Chd5-205ENSMUST00000164662 9375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Col8a1Q00780 Nrl-203ENSMUST00000178694 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Col8a1Q00780 Paqr3-203ENSMUST00000112969 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Col8a1Q00780 Wtap-203ENSMUST00000159551 2060 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
Col8a1Q00780 Sdccag3-201ENSMUST00000028293 2031 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Col8a1Q00780 Sncb-201ENSMUST00000036825 1351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Col8a1Q00780 Rnf187-201ENSMUST00000094151 1949 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Col8a1Q00780 Tspan2-203ENSMUST00000196611 682 ntTSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
Col8a1Q00780 Btbd19-209ENSMUST00000183310 1620 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 26.1 ms