Protein–RNA interactions for Protein: P53564

Cux1, Homeobox protein cut-like 1, mousemouse

Predictions only

Length 1,515 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Cux1P53564 3300005D01Rik-204ENSMUST00000181484 1174 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Rian-213ENSMUST00000182981 1219 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Ighv1-33-201ENSMUST00000193220 350 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
Cux1P53564 AC153512.3-201ENSMUST00000220426 662 ntTSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Gm18500-201ENSMUST00000223493 820 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
Cux1P53564 1700069L16Rik-201ENSMUST00000047891 537 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Rpl27-ps1-201ENSMUST00000088784 408 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Olfml3-201ENSMUST00000029440 5465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Hectd1-201ENSMUST00000042052 8988 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Tmem88b-201ENSMUST00000097742 3471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Tnc-202ENSMUST00000107371 2928 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
Cux1P53564 2700029L08Rik-201ENSMUST00000202895 1465 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Gm33180-201ENSMUST00000217109 1480 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Gm44070-201ENSMUST00000203389 2220 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Sox2ot-211ENSMUST00000197977 2970 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Fbn1-201ENSMUST00000028633 9847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Avil-201ENSMUST00000026500 3033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Ric8a-201ENSMUST00000026558 3406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Pde4d-209ENSMUST00000122041 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Ctla4-201ENSMUST00000027164 1933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Calm1-201ENSMUST00000001204 3987 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Htr2b-201ENSMUST00000027431 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Cux1P53564 4930480K15Rik-201ENSMUST00000162121 2199 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Pbxip1-201ENSMUST00000038942 4479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Pyurf-201ENSMUST00000053386 3573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Dnmbp-201ENSMUST00000026209 4882 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Gm22661-201ENSMUST00000104192 132 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Gm11546-201ENSMUST00000120297 354 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Gm12146-201ENSMUST00000127604 518 ntTSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Gm11832-201ENSMUST00000148576 432 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Rgs5-202ENSMUST00000152809 723 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Zfp419-201ENSMUST00000173446 916 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Ly6c1-205ENSMUST00000187347 522 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Gm2694-209ENSMUST00000210935 1125 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Gm34237-201ENSMUST00000220575 1257 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
Cux1P53564 AC123692.1-201ENSMUST00000227514 730 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Endov-201ENSMUST00000064513 954 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Gm9999-201ENSMUST00000070660 486 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Anapc4-201ENSMUST00000031072 3854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Acsl1-201ENSMUST00000034046 3897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Myo1h-209ENSMUST00000199567 1307 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Cux1P53564 CT009601.1-201ENSMUST00000225567 2705 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Gm18901-201ENSMUST00000197840 1444 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Zcchc8-204ENSMUST00000196282 4350 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Crot-201ENSMUST00000003720 2996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Kif16b-203ENSMUST00000211861 4523 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Map4-206ENSMUST00000169851 3446 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Lrrc8c-201ENSMUST00000067924 6976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Sgk3-204ENSMUST00000171265 3680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Ptprr-204ENSMUST00000128399 2173 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Cux1P53564 AC144938.1-201ENSMUST00000223994 2167 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Als2cl-201ENSMUST00000084926 5079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Dbh-201ENSMUST00000000910 2552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Map4-205ENSMUST00000165876 5573 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Vti1a-201ENSMUST00000095950 3405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Ccdc96-201ENSMUST00000060100 3585 ntAPPRIS P1 BASIC15.35■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Mcph1-201ENSMUST00000039412 4662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Cux1P53564 C530008M17Rik-204ENSMUST00000121160 6921 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Gm22900-201ENSMUST00000104538 130 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Mast1-201ENSMUST00000109741 4872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Gm2237-201ENSMUST00000112595 471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Gm6880-201ENSMUST00000114125 627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Gm13592-201ENSMUST00000118148 1010 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Gm13914-201ENSMUST00000118202 991 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Gm15363-201ENSMUST00000118897 631 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Gm14686-201ENSMUST00000119926 343 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Gm12269-201ENSMUST00000122273 717 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
Cux1P53564 A630052C17Rik-201ENSMUST00000129876 2203 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Gm498-202ENSMUST00000152910 1507 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Rcan2-203ENSMUST00000177857 984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Plekha7-202ENSMUST00000181981 4633 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Cux1P53564 AC154264.2-201ENSMUST00000216569 403 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Cacng5-201ENSMUST00000039071 3705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Rpap2-201ENSMUST00000065422 2268 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Cox7a1-201ENSMUST00000098594 393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Wdr82-201ENSMUST00000020490 3747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Krba1-201ENSMUST00000031815 3685 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Cherp-207ENSMUST00000212991 3646 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Impa1-202ENSMUST00000118410 2988 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Cux1P53564 1700030K09Rik-201ENSMUST00000064853 2887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Gm10531-201ENSMUST00000193527 2303 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Cntln-203ENSMUST00000107190 2237 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Gm28043-201ENSMUST00000130871 6521 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Gm26737-201ENSMUST00000181106 2151 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Proser3-201ENSMUST00000062708 1905 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Ccdc173-201ENSMUST00000094942 1844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Ezr-201ENSMUST00000064234 3164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Gm45286-201ENSMUST00000209267 1350 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Mb21d1-202ENSMUST00000070742 4049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Tnni2-201ENSMUST00000105971 732 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Wfdc6a-202ENSMUST00000109342 796 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.34■□□□□ 0.05
Cux1P53564 1700031F10Rik-202ENSMUST00000156018 609 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Gm2253-201ENSMUST00000211775 414 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
Cux1P53564 AC112259.1-201ENSMUST00000222891 853 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Gm5499-201ENSMUST00000090731 885 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
Cux1P53564 AC122382.1-201ENSMUST00000225869 2371 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Vars2-201ENSMUST00000043674 4425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Zdhhc20-201ENSMUST00000089473 5186 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Gm18638-201ENSMUST00000211293 1773 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Akap14-201ENSMUST00000046557 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 66.7 ms