Protein–RNA interactions for Protein: Q9EPU4

Cpsf1, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 1,441 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Cpsf1Q9EPU4 Ptger3-202ENSMUST00000173533 2097 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
Cpsf1Q9EPU4 Shisa4-201ENSMUST00000041240 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
Cpsf1Q9EPU4 Myadml2-201ENSMUST00000026134 931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
Cpsf1Q9EPU4 0610038B21Rik-202ENSMUST00000184762 1524 ntBASIC27.62■■■□□ 2.01
Cpsf1Q9EPU4 Nat14-201ENSMUST00000047309 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
Cpsf1Q9EPU4 Tbxa2r-202ENSMUST00000220312 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
Cpsf1Q9EPU4 Sost-201ENSMUST00000001534 2066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
Cpsf1Q9EPU4 Gm16076-201ENSMUST00000140116 480 ntTSL 3 BASIC27.61■■■□□ 2.01
Cpsf1Q9EPU4 Rras-201ENSMUST00000044111 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
Cpsf1Q9EPU4 Lsr-203ENSMUST00000108116 2071 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
Cpsf1Q9EPU4 D1Ertd622e-203ENSMUST00000149927 2703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
Cpsf1Q9EPU4 Gm38160-201ENSMUST00000193090 2499 ntBASIC27.6■■■□□ 2.01
Cpsf1Q9EPU4 Snx5-201ENSMUST00000028909 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
Cpsf1Q9EPU4 Prrt1-201ENSMUST00000015620 1940 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.6■■■□□ 2.01
Cpsf1Q9EPU4 Zbtb11os1-201ENSMUST00000186480 1350 ntBASIC27.6■■■□□ 2.01
Cpsf1Q9EPU4 Kcnd3os-201ENSMUST00000130683 1091 ntTSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
Cpsf1Q9EPU4 Rab6b-202ENSMUST00000189134 716 ntTSL 3 BASIC27.6■■■□□ 2.01
Cpsf1Q9EPU4 Rpl13-201ENSMUST00000000756 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
Cpsf1Q9EPU4 Foxf2-201ENSMUST00000042054 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
Cpsf1Q9EPU4 Cpne2-202ENSMUST00000109537 2121 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
Cpsf1Q9EPU4 CT030146.1-201ENSMUST00000220919 217 ntBASIC27.59■■■□□ 2.01
Cpsf1Q9EPU4 AC154266.1-201ENSMUST00000223190 503 ntBASIC27.59■■■□□ 2.01
Cpsf1Q9EPU4 Chadl-201ENSMUST00000072910 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.59■■■□□ 2.01
Cpsf1Q9EPU4 Gm42911-201ENSMUST00000199360 1630 ntBASIC27.59■■■□□ 2.01
Cpsf1Q9EPU4 Aebp2-203ENSMUST00000095350 2575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
Cpsf1Q9EPU4 Cox18-202ENSMUST00000118816 1307 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
Cpsf1Q9EPU4 Gorasp2-203ENSMUST00000112205 1196 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
Cpsf1Q9EPU4 Crnde-206ENSMUST00000179421 773 ntTSL 3 BASIC27.58■■■□□ 2.01
Cpsf1Q9EPU4 Gpx1-202ENSMUST00000191997 787 ntTSL 2 BASIC27.58■■■□□ 2.01
Cpsf1Q9EPU4 Gm45890-202ENSMUST00000212188 1052 ntTSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
Cpsf1Q9EPU4 Gpx1-201ENSMUST00000082429 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
Cpsf1Q9EPU4 AA386476-201ENSMUST00000098781 1665 ntBASIC27.58■■■□□ 2.01
Cpsf1Q9EPU4 Cxxc4-203ENSMUST00000181904 5694 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.58■■■□□ 2.01
Cpsf1Q9EPU4 4930524B15Rik-201ENSMUST00000102829 2000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
Cpsf1Q9EPU4 Rbm7-201ENSMUST00000170000 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
Cpsf1Q9EPU4 Gm8773-201ENSMUST00000101627 1268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2
Cpsf1Q9EPU4 Nfkbid-203ENSMUST00000108176 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
Cpsf1Q9EPU4 Stum-202ENSMUST00000179826 601 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.57■■■□□ 2
Cpsf1Q9EPU4 Hes3-202ENSMUST00000218045 962 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.57■■■□□ 2
Cpsf1Q9EPU4 Memo1-201ENSMUST00000078459 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
Cpsf1Q9EPU4 Dynll2-201ENSMUST00000020775 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
Cpsf1Q9EPU4 Gm42642-201ENSMUST00000200683 355 ntBASIC27.56■■■□□ 2
Cpsf1Q9EPU4 Hes1-201ENSMUST00000023171 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
Cpsf1Q9EPU4 Kremen2-201ENSMUST00000046525 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
Cpsf1Q9EPU4 Hoxa5-201ENSMUST00000048794 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
Cpsf1Q9EPU4 M5C1000I18Rik-202ENSMUST00000186205 1414 ntTSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
Cpsf1Q9EPU4 Gtpbp2-217ENSMUST00000172170 2587 ntTSL 5 BASIC27.55■■■□□ 2
Cpsf1Q9EPU4 Ccdc84-201ENSMUST00000053286 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
Cpsf1Q9EPU4 Ccdc149-202ENSMUST00000198008 2470 ntTSL 5 BASIC27.55■■■□□ 2
Cpsf1Q9EPU4 Uqcrc1-201ENSMUST00000026743 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
Cpsf1Q9EPU4 Gm37179-201ENSMUST00000194862 823 ntBASIC27.55■■■□□ 2
Cpsf1Q9EPU4 Grifin-201ENSMUST00000042993 613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
Cpsf1Q9EPU4 Acot5-202ENSMUST00000072505 1401 ntTSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
Cpsf1Q9EPU4 Aplp1-201ENSMUST00000006828 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
Cpsf1Q9EPU4 Ttc9b-201ENSMUST00000008088 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
Cpsf1Q9EPU4 Tmem51-201ENSMUST00000036572 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
Cpsf1Q9EPU4 Prss32-201ENSMUST00000061725 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
Cpsf1Q9EPU4 Noc2l-202ENSMUST00000179886 2813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
Cpsf1Q9EPU4 Sarnp-201ENSMUST00000105230 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
Cpsf1Q9EPU4 Gm29442-201ENSMUST00000188725 724 ntTSL 3 BASIC27.54■■■□□ 2
Cpsf1Q9EPU4 Gm11762-201ENSMUST00000135630 1705 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
Cpsf1Q9EPU4 Ppp1r14c-201ENSMUST00000043374 2617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
Cpsf1Q9EPU4 Gm12660-201ENSMUST00000123764 664 ntTSL 3 BASIC27.53■■■□□ 2
Cpsf1Q9EPU4 Zmym3-207ENSMUST00000120201 1859 ntTSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
Cpsf1Q9EPU4 Vegfa-207ENSMUST00000142351 1973 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
Cpsf1Q9EPU4 Wdr4-203ENSMUST00000167419 813 ntTSL 3 BASIC27.52■■■□□ 2
Cpsf1Q9EPU4 Slc35f3-201ENSMUST00000108759 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
Cpsf1Q9EPU4 Fbxo27-203ENSMUST00000108281 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
Cpsf1Q9EPU4 Dnajb11-201ENSMUST00000004574 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
Cpsf1Q9EPU4 Ccnjl-201ENSMUST00000050574 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
Cpsf1Q9EPU4 Dusp26-205ENSMUST00000170204 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.52■■■□□ 2
Cpsf1Q9EPU4 Klhl15-205ENSMUST00000113916 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
Cpsf1Q9EPU4 Sept4-206ENSMUST00000122067 1303 ntTSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
Cpsf1Q9EPU4 Ubl3-201ENSMUST00000079324 2537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■■□□ 2
Cpsf1Q9EPU4 Gramd1a-202ENSMUST00000085636 2543 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.51■■■□□ 2
Cpsf1Q9EPU4 Gm29257-201ENSMUST00000186115 639 ntBASIC27.51■■□□□ 1.99
Cpsf1Q9EPU4 Gm42569-201ENSMUST00000200539 472 ntBASIC27.51■■□□□ 1.99
Cpsf1Q9EPU4 Cox7c-202ENSMUST00000078764 433 ntTSL 2 BASIC27.51■■□□□ 1.99
Cpsf1Q9EPU4 Rap1a-201ENSMUST00000090678 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
Cpsf1Q9EPU4 Syt17-203ENSMUST00000203485 1932 ntTSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
Cpsf1Q9EPU4 H2-Ke6-201ENSMUST00000045467 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
Cpsf1Q9EPU4 Gm10153-201ENSMUST00000084415 522 ntTSL 5 BASIC27.5■■□□□ 1.99
Cpsf1Q9EPU4 Hist1h2ag-201ENSMUST00000091741 485 ntAPPRIS P1 BASIC27.5■■□□□ 1.99
Cpsf1Q9EPU4 Rcl1-201ENSMUST00000064393 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
Cpsf1Q9EPU4 Gm6802-201ENSMUST00000167843 1983 ntBASIC27.5■■□□□ 1.99
Cpsf1Q9EPU4 Gm38165-201ENSMUST00000191654 486 ntTSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
Cpsf1Q9EPU4 Mrpl52-204ENSMUST00000199195 463 ntTSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
Cpsf1Q9EPU4 Zfp710-204ENSMUST00000206039 2194 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
Cpsf1Q9EPU4 Msl3l2-201ENSMUST00000063138 2140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
Cpsf1Q9EPU4 Dlx6-203ENSMUST00000171311 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
Cpsf1Q9EPU4 Dhx33-204ENSMUST00000124464 1835 ntTSL 5 BASIC27.49■■□□□ 1.99
Cpsf1Q9EPU4 Pnck-202ENSMUST00000114472 1532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
Cpsf1Q9EPU4 1700123O20Rik-201ENSMUST00000038539 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
Cpsf1Q9EPU4 Olfm1-204ENSMUST00000113920 2513 ntTSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
Cpsf1Q9EPU4 Epb41l4b-201ENSMUST00000030142 3247 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
Cpsf1Q9EPU4 Adamtsl5-202ENSMUST00000105352 989 ntTSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
Cpsf1Q9EPU4 Snhg20-202ENSMUST00000149822 593 ntTSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
Cpsf1Q9EPU4 Prmt1-210ENSMUST00000208829 621 ntTSL 5 BASIC27.48■■□□□ 1.99
Cpsf1Q9EPU4 Gm11175-202ENSMUST00000211380 408 ntTSL 3 BASIC27.48■■□□□ 1.99
Cpsf1Q9EPU4 B230217C12Rik-201ENSMUST00000054783 1189 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.48■■□□□ 1.99
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 15 ms