Protein–RNA interactions for Protein: Q9ER60

Scn4a, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, mousemouse

Predictions only

Length 1,841 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Scn4aQ9ER60 1700123O20Rik-201ENSMUST00000038539 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
Scn4aQ9ER60 Cacng6-201ENSMUST00000108647 868 ntTSL 5 BASIC28.02■■■□□ 2.08
Scn4aQ9ER60 Arrdc4-202ENSMUST00000118110 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
Scn4aQ9ER60 Serf1-204ENSMUST00000151821 570 ntTSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
Scn4aQ9ER60 Rab3c-203ENSMUST00000224180 967 ntBASIC28.02■■■□□ 2.08
Scn4aQ9ER60 Alx3-201ENSMUST00000014747 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.08
Scn4aQ9ER60 Bicdl2-201ENSMUST00000062967 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.08
Scn4aQ9ER60 Yeats4-201ENSMUST00000020382 1327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.08
Scn4aQ9ER60 Exosc4-201ENSMUST00000059045 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
Scn4aQ9ER60 Gm12979-201ENSMUST00000145488 405 ntTSL 2 BASIC28■■■□□ 2.07
Scn4aQ9ER60 Gm45015-201ENSMUST00000207943 1364 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28■■■□□ 2.07
Scn4aQ9ER60 Cacnb1-205ENSMUST00000107562 1745 ntTSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
Scn4aQ9ER60 Ptbp3-208ENSMUST00000172768 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28■■■□□ 2.07
Scn4aQ9ER60 Tax1bp3-201ENSMUST00000040687 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
Scn4aQ9ER60 Fam212b-202ENSMUST00000098273 1868 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
Scn4aQ9ER60 Hoxc12-201ENSMUST00000055562 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
Scn4aQ9ER60 Mgll-203ENSMUST00000113582 1034 ntTSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
Scn4aQ9ER60 Rfesd-202ENSMUST00000167271 595 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.99■■■□□ 2.07
Scn4aQ9ER60 AV026068-208ENSMUST00000189098 286 ntTSL 5 BASIC27.99■■■□□ 2.07
Scn4aQ9ER60 Ccnd2-202ENSMUST00000201066 983 ntTSL 2 BASIC27.99■■■□□ 2.07
Scn4aQ9ER60 2310033P09Rik-201ENSMUST00000020719 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
Scn4aQ9ER60 Dedd2-201ENSMUST00000058702 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
Scn4aQ9ER60 Derl3-201ENSMUST00000009236 1321 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
Scn4aQ9ER60 D130020L05Rik-201ENSMUST00000180800 2431 ntTSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
Scn4aQ9ER60 Csrp2-201ENSMUST00000020403 1384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
Scn4aQ9ER60 Slc39a13-201ENSMUST00000073575 2469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
Scn4aQ9ER60 Gmcl1-202ENSMUST00000113679 960 ntTSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
Scn4aQ9ER60 Gm44899-201ENSMUST00000207451 391 ntTSL 3 BASIC27.98■■■□□ 2.07
Scn4aQ9ER60 a-201ENSMUST00000029123 731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
Scn4aQ9ER60 4933428G20Rik-201ENSMUST00000056955 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
Scn4aQ9ER60 Slc22a17-208ENSMUST00000228119 2348 ntAPPRIS P1 BASIC27.98■■■□□ 2.07
Scn4aQ9ER60 Arl4aos-201ENSMUST00000135883 748 ntTSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
Scn4aQ9ER60 AC122465.1-201ENSMUST00000220813 1209 ntTSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
Scn4aQ9ER60 Mrps10-201ENSMUST00000060752 1109 ntTSL 5 BASIC27.97■■■□□ 2.07
Scn4aQ9ER60 Hist2h2ac-201ENSMUST00000090782 520 ntAPPRIS P1 BASIC27.97■■■□□ 2.07
Scn4aQ9ER60 Naxd-201ENSMUST00000033901 1359 ntTSL 2 BASIC27.97■■■□□ 2.07
Scn4aQ9ER60 Casp6-201ENSMUST00000029626 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
Scn4aQ9ER60 Ier2-201ENSMUST00000060427 1522 ntAPPRIS P1 BASIC27.97■■■□□ 2.07
Scn4aQ9ER60 March11-201ENSMUST00000126304 2146 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
Scn4aQ9ER60 Jmjd7-201ENSMUST00000044675 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
Scn4aQ9ER60 Gm16998-201ENSMUST00000181899 1230 ntTSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
Scn4aQ9ER60 Reps1-206ENSMUST00000154718 2402 ntTSL 5 BASIC27.96■■■□□ 2.07
Scn4aQ9ER60 Tmem260-208ENSMUST00000226400 2281 ntAPPRIS ALT2 BASIC27.96■■■□□ 2.07
Scn4aQ9ER60 Dbndd1-202ENSMUST00000176286 1344 ntTSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
Scn4aQ9ER60 Gsx1-201ENSMUST00000065382 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
Scn4aQ9ER60 Apaf1-205ENSMUST00000160788 1596 ntTSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
Scn4aQ9ER60 Derl2-207ENSMUST00000171041 1466 ntTSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.07
Scn4aQ9ER60 Gart-202ENSMUST00000120450 1865 ntTSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.07
Scn4aQ9ER60 2210408F21Rik-208ENSMUST00000144612 450 ntTSL 3 BASIC27.95■■■□□ 2.07
Scn4aQ9ER60 Tlx1os-201ENSMUST00000173437 620 ntTSL 3 BASIC27.95■■■□□ 2.07
Scn4aQ9ER60 Gm19610-201ENSMUST00000202894 408 ntTSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.07
Scn4aQ9ER60 Klf2-201ENSMUST00000067912 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
Scn4aQ9ER60 Gm14321-201ENSMUST00000127441 632 ntTSL 3 BASIC27.95■■■□□ 2.06
Scn4aQ9ER60 Ildr2-206ENSMUST00000194964 2467 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
Scn4aQ9ER60 Ttc14-206ENSMUST00000196975 1711 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
Scn4aQ9ER60 Rnf187-201ENSMUST00000094151 1949 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
Scn4aQ9ER60 Lypd3-201ENSMUST00000080718 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
Scn4aQ9ER60 Pgap3-205ENSMUST00000128897 1264 ntTSL 5 BASIC27.94■■■□□ 2.06
Scn4aQ9ER60 Ankrd39-202ENSMUST00000194894 664 ntTSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
Scn4aQ9ER60 Tomm20-202ENSMUST00000212771 458 ntTSL 2 BASIC27.94■■■□□ 2.06
Scn4aQ9ER60 Sec11c-201ENSMUST00000025394 807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
Scn4aQ9ER60 Pop5-201ENSMUST00000081497 1025 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.94■■■□□ 2.06
Scn4aQ9ER60 B3gat1-203ENSMUST00000159799 2021 ntTSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
Scn4aQ9ER60 Capza2-201ENSMUST00000015877 2537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
Scn4aQ9ER60 Hoxa2-201ENSMUST00000014848 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
Scn4aQ9ER60 AC153890.1-201ENSMUST00000220021 2469 ntBASIC27.93■■■□□ 2.06
Scn4aQ9ER60 Flot2-201ENSMUST00000072289 2621 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
Scn4aQ9ER60 Acsl6-209ENSMUST00000108904 2594 ntTSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
Scn4aQ9ER60 Cyp4f13-201ENSMUST00000075253 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
Scn4aQ9ER60 Gm13534-201ENSMUST00000121169 513 ntBASIC27.92■■■□□ 2.06
Scn4aQ9ER60 Gm26709-202ENSMUST00000223049 819 ntTSL 5 BASIC27.92■■■□□ 2.06
Scn4aQ9ER60 Gm7075-201ENSMUST00000054760 425 ntAPPRIS P1 BASIC27.92■■■□□ 2.06
Scn4aQ9ER60 Tmem260-210ENSMUST00000227440 2222 ntAPPRIS ALT2 BASIC27.92■■■□□ 2.06
Scn4aQ9ER60 Gm45736-201ENSMUST00000210592 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.92■■■□□ 2.06
Scn4aQ9ER60 Tmed3-201ENSMUST00000058488 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
Scn4aQ9ER60 Rexo5-201ENSMUST00000033218 1966 ntTSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
Scn4aQ9ER60 4732471J01Rik-202ENSMUST00000205787 991 ntTSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
Scn4aQ9ER60 Zfp580-201ENSMUST00000069324 1096 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
Scn4aQ9ER60 Amn-201ENSMUST00000021707 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
Scn4aQ9ER60 Wdr20-205ENSMUST00000193053 1351 ntTSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
Scn4aQ9ER60 Hopxos-201ENSMUST00000148568 1661 ntTSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
Scn4aQ9ER60 Hyal2-201ENSMUST00000010191 1893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
Scn4aQ9ER60 Znhit1-203ENSMUST00000111090 698 ntTSL 2 BASIC27.91■■■□□ 2.06
Scn4aQ9ER60 Gm12896-201ENSMUST00000118430 226 ntBASIC27.91■■■□□ 2.06
Scn4aQ9ER60 Gm27741-201ENSMUST00000185060 237 ntBASIC27.91■■■□□ 2.06
Scn4aQ9ER60 Gm9987-201ENSMUST00000069768 567 ntBASIC27.91■■■□□ 2.06
Scn4aQ9ER60 Adssl1-202ENSMUST00000180015 1819 ntTSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
Scn4aQ9ER60 6330403K07Rik-201ENSMUST00000156068 1494 ntTSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
Scn4aQ9ER60 Msl2-202ENSMUST00000189616 2612 ntTSL 5 BASIC27.9■■■□□ 2.06
Scn4aQ9ER60 Cenps-202ENSMUST00000105695 544 ntTSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
Scn4aQ9ER60 Aunip-201ENSMUST00000105866 1275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
Scn4aQ9ER60 Ost4-201ENSMUST00000132034 576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
Scn4aQ9ER60 Aga-203ENSMUST00000211424 1147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
Scn4aQ9ER60 Snx12-201ENSMUST00000077876 1002 ntTSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
Scn4aQ9ER60 3110062M04Rik-202ENSMUST00000115006 1501 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
Scn4aQ9ER60 Shisa6-201ENSMUST00000066679 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
Scn4aQ9ER60 Spock1-201ENSMUST00000172326 1320 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.89■■■□□ 2.06
Scn4aQ9ER60 Tcp11-203ENSMUST00000114836 1726 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
Scn4aQ9ER60 Ccdc107-202ENSMUST00000107922 865 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.89■■■□□ 2.06
Scn4aQ9ER60 Dohh-206ENSMUST00000131968 672 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.89■■■□□ 2.06
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 18.3 ms