Protein–RNA interactions for Protein: Q8BY87

Usp47, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 47, mousemouse

Predictions only

Length 1,376 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp47Q8BY87 Smkr-ps-202ENSMUST00000141679 901 ntTSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
Usp47Q8BY87 2310061I04Rik-203ENSMUST00000148482 1193 ntTSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
Usp47Q8BY87 Jsrp1-203ENSMUST00000181039 1108 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
Usp47Q8BY87 Ndufaf1-202ENSMUST00000110801 1478 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
Usp47Q8BY87 Cacnb1-203ENSMUST00000103144 2236 ntTSL 5 BASIC28.27■■■□□ 2.12
Usp47Q8BY87 Gm38399-201ENSMUST00000112103 1645 ntTSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
Usp47Q8BY87 Sapcd2-203ENSMUST00000114293 1600 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
Usp47Q8BY87 Sumo3-209ENSMUST00000174113 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.26■■■□□ 2.12
Usp47Q8BY87 Vamp5-201ENSMUST00000074231 553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.12
Usp47Q8BY87 Otud5-203ENSMUST00000115666 2471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
Usp47Q8BY87 Zfp639-202ENSMUST00000191783 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
Usp47Q8BY87 Mrgbp-206ENSMUST00000169630 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
Usp47Q8BY87 Hnrnpab-203ENSMUST00000109103 1437 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
Usp47Q8BY87 Snx5-201ENSMUST00000028909 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
Usp47Q8BY87 Zmym3-202ENSMUST00000117637 1593 ntTSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
Usp47Q8BY87 Dynll2-201ENSMUST00000020775 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
Usp47Q8BY87 Ankrd9-205ENSMUST00000142012 1226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
Usp47Q8BY87 Hgfac-206ENSMUST00000202573 434 ntTSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
Usp47Q8BY87 Gm6899-201ENSMUST00000089614 622 ntAPPRIS P1 BASIC28.24■■■□□ 2.11
Usp47Q8BY87 Gm11650-201ENSMUST00000141271 1145 ntTSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
Usp47Q8BY87 Mrpl40-201ENSMUST00000023391 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
Usp47Q8BY87 Ninj1-201ENSMUST00000049022 1187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
Usp47Q8BY87 Sebox-202ENSMUST00000125670 1300 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
Usp47Q8BY87 Ubtf-201ENSMUST00000006754 3213 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
Usp47Q8BY87 Ppp1r14c-201ENSMUST00000043374 2617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
Usp47Q8BY87 Krt5-201ENSMUST00000023709 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
Usp47Q8BY87 Irx5-202ENSMUST00000210246 2550 ntTSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
Usp47Q8BY87 Usp2-202ENSMUST00000065461 2057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
Usp47Q8BY87 Chrac1-202ENSMUST00000134353 538 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.23■■■□□ 2.11
Usp47Q8BY87 Morf4l1-211ENSMUST00000191189 1223 ntTSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
Usp47Q8BY87 Gm37564-201ENSMUST00000195000 330 ntTSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
Usp47Q8BY87 Cdkn3-203ENSMUST00000227149 1952 ntBASIC28.22■■■□□ 2.11
Usp47Q8BY87 Rab7-205ENSMUST00000113600 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
Usp47Q8BY87 Vapa-201ENSMUST00000024897 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
Usp47Q8BY87 Pdcd2-205ENSMUST00000154293 1924 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
Usp47Q8BY87 AC161052.2-201ENSMUST00000220969 1375 ntTSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
Usp47Q8BY87 Gm15043-201ENSMUST00000118843 1543 ntBASIC28.22■■■□□ 2.11
Usp47Q8BY87 Mcmbp-202ENSMUST00000119081 2347 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
Usp47Q8BY87 Gins3-202ENSMUST00000212434 654 ntTSL 2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
Usp47Q8BY87 Nabp2-201ENSMUST00000026439 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
Usp47Q8BY87 Celf6-201ENSMUST00000034840 2765 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
Usp47Q8BY87 D11Wsu47e-201ENSMUST00000042227 2196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
Usp47Q8BY87 Acvrl1-206ENSMUST00000121718 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
Usp47Q8BY87 Nxph4-201ENSMUST00000095266 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
Usp47Q8BY87 Tmem230-206ENSMUST00000180286 1531 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.21■■■□□ 2.11
Usp47Q8BY87 Hfe2-201ENSMUST00000049208 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
Usp47Q8BY87 Msx1-201ENSMUST00000063116 1935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
Usp47Q8BY87 Anapc1-202ENSMUST00000110332 1214 ntTSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
Usp47Q8BY87 Sdf2l1-201ENSMUST00000023453 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
Usp47Q8BY87 Zfp428-201ENSMUST00000071361 1182 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
Usp47Q8BY87 Tspan17-202ENSMUST00000099503 822 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.21■■■□□ 2.11
Usp47Q8BY87 Tfdp2-202ENSMUST00000165120 2341 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
Usp47Q8BY87 Nat14-204ENSMUST00000207687 1415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
Usp47Q8BY87 Gga1-201ENSMUST00000041587 3034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
Usp47Q8BY87 Dtymk-201ENSMUST00000027503 1003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
Usp47Q8BY87 Tmem171-201ENSMUST00000064347 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
Usp47Q8BY87 Krtap5-3-201ENSMUST00000084414 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.2■■■□□ 2.1
Usp47Q8BY87 Wdsub1-202ENSMUST00000102751 1526 ntTSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
Usp47Q8BY87 Dhps-201ENSMUST00000078665 1333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
Usp47Q8BY87 Ndufaf1-201ENSMUST00000028768 1451 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
Usp47Q8BY87 Gm27027-201ENSMUST00000183110 547 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.19■■■□□ 2.1
Usp47Q8BY87 Smox-202ENSMUST00000110179 1320 ntTSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
Usp47Q8BY87 Osbpl2-201ENSMUST00000040668 2805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
Usp47Q8BY87 Cpne2-202ENSMUST00000109537 2121 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
Usp47Q8BY87 Lsr-203ENSMUST00000108116 2071 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
Usp47Q8BY87 Emc6-202ENSMUST00000108480 563 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.18■■■□□ 2.1
Usp47Q8BY87 AC122828.1-201ENSMUST00000220785 489 ntTSL 3 BASIC28.18■■■□□ 2.1
Usp47Q8BY87 Nr5a1-202ENSMUST00000112883 2994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
Usp47Q8BY87 Dusp14-202ENSMUST00000100705 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
Usp47Q8BY87 Calml3-201ENSMUST00000077698 1421 ntAPPRIS P1 BASIC28.18■■■□□ 2.1
Usp47Q8BY87 Vstm4-201ENSMUST00000053175 2745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
Usp47Q8BY87 Gm8495-201ENSMUST00000188740 694 ntBASIC28.17■■■□□ 2.1
Usp47Q8BY87 Hoxa11os-201ENSMUST00000134512 1839 ntTSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
Usp47Q8BY87 Gm43909-201ENSMUST00000203443 1876 ntBASIC28.17■■■□□ 2.1
Usp47Q8BY87 Kctd20-204ENSMUST00000122163 2423 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.16■■■□□ 2.1
Usp47Q8BY87 Ptger3-202ENSMUST00000173533 2097 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
Usp47Q8BY87 D030056L22Rik-201ENSMUST00000055792 1631 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
Usp47Q8BY87 Clta-202ENSMUST00000107846 1710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
Usp47Q8BY87 AC137127.1-201ENSMUST00000213466 1078 ntBASIC28.16■■■□□ 2.1
Usp47Q8BY87 Jkamp-202ENSMUST00000117449 1874 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
Usp47Q8BY87 Zfp692-202ENSMUST00000153510 1887 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.16■■■□□ 2.1
Usp47Q8BY87 Aplp1-201ENSMUST00000006828 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
Usp47Q8BY87 Hopxos-201ENSMUST00000148568 1661 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
Usp47Q8BY87 Pbx1-202ENSMUST00000072863 1709 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
Usp47Q8BY87 Chadl-201ENSMUST00000072910 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.15■■■□□ 2.1
Usp47Q8BY87 Gp1bb-202ENSMUST00000167388 1847 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
Usp47Q8BY87 Gm15270-201ENSMUST00000125158 870 ntTSL 3 BASIC28.15■■■□□ 2.1
Usp47Q8BY87 Gm20421-201ENSMUST00000153344 672 ntTSL 3 BASIC28.15■■■□□ 2.1
Usp47Q8BY87 Foxf2-201ENSMUST00000042054 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
Usp47Q8BY87 Gm4969-202ENSMUST00000141380 1892 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.15■■■□□ 2.1
Usp47Q8BY87 Ttc9b-201ENSMUST00000008088 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
Usp47Q8BY87 Hccs-202ENSMUST00000112115 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
Usp47Q8BY87 Olfm1-204ENSMUST00000113920 2513 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
Usp47Q8BY87 Homer1-206ENSMUST00000109493 2580 ntTSL 5 BASIC28.15■■■□□ 2.1
Usp47Q8BY87 Rnf39-202ENSMUST00000173072 631 ntTSL 2 BASIC28.14■■■□□ 2.1
Usp47Q8BY87 Spaca1-201ENSMUST00000029927 1197 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
Usp47Q8BY87 Spaca1-202ENSMUST00000084734 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
Usp47Q8BY87 Sox17-208ENSMUST00000195555 1977 ntTSL 5 BASIC28.14■■■□□ 2.09
Usp47Q8BY87 Derl2-207ENSMUST00000171041 1466 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
Usp47Q8BY87 Gm10129-202ENSMUST00000193100 1316 ntBASIC28.13■■■□□ 2.09
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 16 ms