Protein–RNA interactions for Protein: Q62226

Shh, Sonic hedgehog protein, mousemouse

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ShhQ62226 Zfp36l1-202ENSMUST00000165114 1934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
ShhQ62226 Trim33-202ENSMUST00000106860 5025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
ShhQ62226 Fez1-201ENSMUST00000034630 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
ShhQ62226 C2cd4a-201ENSMUST00000054500 1395 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
ShhQ62226 Ppp2r5a-201ENSMUST00000067976 3088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
ShhQ62226 Mrpl52-201ENSMUST00000010550 418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
ShhQ62226 Gm15867-201ENSMUST00000159407 388 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
ShhQ62226 1700012B09Rik-204ENSMUST00000191047 654 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.41■□□□□ 0.54
ShhQ62226 Gm6916-201ENSMUST00000205277 828 ntTSL 3 BASIC18.41■□□□□ 0.54
ShhQ62226 Lsr-203ENSMUST00000108116 2071 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
ShhQ62226 Skor2-201ENSMUST00000166956 3141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
ShhQ62226 L3mbtl4-201ENSMUST00000093007 2445 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
ShhQ62226 Gm9828-202ENSMUST00000126622 1446 ntTSL 3 BASIC18.4■□□□□ 0.54
ShhQ62226 Ankrd9-207ENSMUST00000148765 1431 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
ShhQ62226 Camk1-201ENSMUST00000032409 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
ShhQ62226 Mal2-201ENSMUST00000025356 2950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
ShhQ62226 Ovol2-201ENSMUST00000037423 1539 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
ShhQ62226 Celf6-201ENSMUST00000034840 2765 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
ShhQ62226 Gm14205-201ENSMUST00000138427 739 ntTSL 3 BASIC18.4■□□□□ 0.54
ShhQ62226 Fbxl15-202ENSMUST00000177667 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
ShhQ62226 Neurl1b-203ENSMUST00000183077 1084 ntTSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
ShhQ62226 Cdc34b-202ENSMUST00000188741 1252 ntBASIC18.4■□□□□ 0.54
ShhQ62226 Gm37179-201ENSMUST00000194862 823 ntBASIC18.4■□□□□ 0.54
ShhQ62226 Cdc34-201ENSMUST00000020550 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
ShhQ62226 Cdc34b-201ENSMUST00000021240 1233 ntAPPRIS P1 BASIC18.4■□□□□ 0.54
ShhQ62226 Foxo3-202ENSMUST00000105501 1316 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
ShhQ62226 Mmp24-201ENSMUST00000029141 4306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
ShhQ62226 Slc16a10-201ENSMUST00000092566 5397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
ShhQ62226 Hhex-201ENSMUST00000025944 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.54
ShhQ62226 Tpst2-201ENSMUST00000031287 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.54
ShhQ62226 Ccng2-201ENSMUST00000031331 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
ShhQ62226 Pdcd7-201ENSMUST00000048184 2419 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
ShhQ62226 Nrxn2-201ENSMUST00000077182 6059 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
ShhQ62226 Sdhaf1-201ENSMUST00000098586 2490 ntAPPRIS P1 BASIC18.39■□□□□ 0.53
ShhQ62226 Gm43173-201ENSMUST00000202246 593 ntBASIC18.39■□□□□ 0.53
ShhQ62226 1700056E22Rik-201ENSMUST00000050306 967 ntAPPRIS P1 BASIC18.39■□□□□ 0.53
ShhQ62226 D830025C05Rik-201ENSMUST00000059474 976 ntBASIC18.39■□□□□ 0.53
ShhQ62226 Sohlh1-201ENSMUST00000076989 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
ShhQ62226 Rab20-201ENSMUST00000033900 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
ShhQ62226 Nat14-204ENSMUST00000207687 1415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
ShhQ62226 Tbxa2r-202ENSMUST00000220312 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
ShhQ62226 Tmed10-201ENSMUST00000040766 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
ShhQ62226 Gm9817-201ENSMUST00000054395 2531 ntAPPRIS P1 BASIC18.39■□□□□ 0.53
ShhQ62226 Rnf8-201ENSMUST00000024817 2077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
ShhQ62226 Socs2-214ENSMUST00000172070 2153 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
ShhQ62226 Kcng2-201ENSMUST00000077962 2813 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
ShhQ62226 Zbtb4-203ENSMUST00000108640 4067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
ShhQ62226 Klc3-204ENSMUST00000108459 1849 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
ShhQ62226 Gm2464-202ENSMUST00000194841 877 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
ShhQ62226 Acbd6-202ENSMUST00000080138 993 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
ShhQ62226 Chrac1-201ENSMUST00000089765 871 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
ShhQ62226 3110053B16Rik-202ENSMUST00000140360 2004 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
ShhQ62226 Pick1-204ENSMUST00000163571 2054 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
ShhQ62226 Sh3gl1-201ENSMUST00000003268 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
ShhQ62226 Prkar2b-201ENSMUST00000003079 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
ShhQ62226 Olfm1-204ENSMUST00000113920 2513 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
ShhQ62226 Inpp5a-203ENSMUST00000106098 2826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
ShhQ62226 Elf2-212ENSMUST00000194641 5919 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
ShhQ62226 Ankrd33b-203ENSMUST00000110410 2070 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
ShhQ62226 Picalm-215ENSMUST00000209068 3511 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
ShhQ62226 Gpx4-202ENSMUST00000105372 959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
ShhQ62226 Lgals7-201ENSMUST00000081457 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
ShhQ62226 Mcub-201ENSMUST00000029624 1318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
ShhQ62226 Dkk4-201ENSMUST00000033936 1315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
ShhQ62226 Gm43006-201ENSMUST00000197702 1602 ntBASIC18.36■□□□□ 0.53
ShhQ62226 Hsf1-207ENSMUST00000228371 2102 ntBASIC18.36■□□□□ 0.53
ShhQ62226 Slc9a2-201ENSMUST00000027231 5019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
ShhQ62226 Dusp26-201ENSMUST00000036631 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
ShhQ62226 Cnrip1-201ENSMUST00000058159 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
ShhQ62226 Oaz1-201ENSMUST00000060987 1071 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.36■□□□□ 0.53
ShhQ62226 Ssbp3-201ENSMUST00000030367 3195 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
ShhQ62226 Gramd1a-202ENSMUST00000085636 2543 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.35■□□□□ 0.53
ShhQ62226 Bfsp1-201ENSMUST00000028907 2372 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
ShhQ62226 Aktip-202ENSMUST00000120213 2200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
ShhQ62226 Suz12-201ENSMUST00000017692 4373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
ShhQ62226 Pcgf6-201ENSMUST00000026032 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
ShhQ62226 Zfp639-202ENSMUST00000191783 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
ShhQ62226 Ets1-202ENSMUST00000050797 1976 ntTSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
ShhQ62226 Cacnb1-205ENSMUST00000107562 1745 ntTSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
ShhQ62226 Chkb-201ENSMUST00000023289 1707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
ShhQ62226 Sc5d-202ENSMUST00000169609 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
ShhQ62226 Strn3-201ENSMUST00000013130 3046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
ShhQ62226 Stau2-217ENSMUST00000162751 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
ShhQ62226 Gm26833-201ENSMUST00000180899 440 ntBASIC18.35■□□□□ 0.53
ShhQ62226 Gm38165-201ENSMUST00000191654 486 ntTSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
ShhQ62226 Krt8-ps-201ENSMUST00000208495 945 ntBASIC18.35■□□□□ 0.53
ShhQ62226 Rras-201ENSMUST00000044111 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
ShhQ62226 Ninj1-201ENSMUST00000049022 1187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
ShhQ62226 Slc25a41-201ENSMUST00000058661 1225 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
ShhQ62226 Bin1-201ENSMUST00000025239 2451 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.35■□□□□ 0.53
ShhQ62226 Prkab1-201ENSMUST00000031486 2089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
ShhQ62226 Spsb3-204ENSMUST00000119829 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.35■□□□□ 0.53
ShhQ62226 Rexo5-201ENSMUST00000033218 1966 ntTSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
ShhQ62226 Stk3-202ENSMUST00000067033 2471 ntTSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
ShhQ62226 Htra2-203ENSMUST00000113963 1629 ntTSL 5 BASIC18.34■□□□□ 0.53
ShhQ62226 Thoc6-201ENSMUST00000047436 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
ShhQ62226 Sox12-202ENSMUST00000182625 4453 ntAPPRIS P1 BASIC18.34■□□□□ 0.53
ShhQ62226 Acot5-202ENSMUST00000072505 1401 ntTSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
ShhQ62226 Dlg3-202ENSMUST00000087984 4956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
ShhQ62226 Gabpb1-203ENSMUST00000103226 1338 ntTSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 16.2 ms