Protein–RNA interactions for Protein: P53564

Cux1, Homeobox protein cut-like 1, mousemouse

Predictions only

Length 1,515 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Cux1P53564 Spock2-203ENSMUST00000165024 3699 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
Cux1P53564 Ces1e-203ENSMUST00000176282 1883 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
Cux1P53564 Gm37804-201ENSMUST00000192206 547 ntTSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
Cux1P53564 Gm44936-201ENSMUST00000207324 735 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
Cux1P53564 AC107851.1-201ENSMUST00000215982 417 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
Cux1P53564 Gm6353-201ENSMUST00000223234 1051 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
Cux1P53564 Apom-201ENSMUST00000025249 1013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
Cux1P53564 Ern2-201ENSMUST00000033153 2914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
Cux1P53564 Miga2-201ENSMUST00000077977 3381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
Cux1P53564 Cep76-201ENSMUST00000097542 3979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
Cux1P53564 Vat1l-201ENSMUST00000049509 3666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
Cux1P53564 Shank2-203ENSMUST00000105902 8988 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
Cux1P53564 4632415L05Rik-202ENSMUST00000198527 4087 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
Cux1P53564 Hgs-202ENSMUST00000106203 2901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
Cux1P53564 Hgs-201ENSMUST00000026900 2908 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
Cux1P53564 Zfp956-201ENSMUST00000101445 2761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
Cux1P53564 Pdgfd-202ENSMUST00000168039 1795 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
Cux1P53564 Olfr370-203ENSMUST00000214156 2475 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
Cux1P53564 Prkd3-204ENSMUST00000119284 4743 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
Cux1P53564 Gpr37-202ENSMUST00000200812 3035 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
Cux1P53564 Eif4g1-217ENSMUST00000143939 5114 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
Cux1P53564 Pcyox1-201ENSMUST00000032065 4295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
Cux1P53564 Zfp606-202ENSMUST00000123589 3509 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
Cux1P53564 Gpd2-207ENSMUST00000169687 5745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
Cux1P53564 AC108416.1-201ENSMUST00000228755 1558 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
Cux1P53564 Atp1a3-201ENSMUST00000080882 3621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
Cux1P53564 Rspo2-203ENSMUST00000226810 3091 ntAPPRIS P1 BASIC15.91■□□□□ 0.14
Cux1P53564 Arvcf-204ENSMUST00000115613 4800 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
Cux1P53564 Gm14705-201ENSMUST00000154109 1824 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
Cux1P53564 Dock4-201ENSMUST00000037488 8552 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
Cux1P53564 Arhgap33-204ENSMUST00000207860 4396 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
Cux1P53564 Gm16365-201ENSMUST00000122987 629 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
Cux1P53564 Csta1-202ENSMUST00000161638 422 ntTSL 3 BASIC15.91■□□□□ 0.14
Cux1P53564 Gm9866-201ENSMUST00000177636 486 ntTSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
Cux1P53564 A630023A22Rik-201ENSMUST00000178958 1277 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
Cux1P53564 Gm5684-201ENSMUST00000198419 961 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
Cux1P53564 Gm9523-201ENSMUST00000199146 1159 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
Cux1P53564 Slc39a14-210ENSMUST00000152067 2075 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
Cux1P53564 Arhgef2-201ENSMUST00000029694 4300 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
Cux1P53564 Gm13498-201ENSMUST00000119159 2166 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
Cux1P53564 Stkld1-201ENSMUST00000055406 2169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
Cux1P53564 C530005A16Rik-201ENSMUST00000142815 2436 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
Cux1P53564 Mybpc3-202ENSMUST00000137942 4134 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
Cux1P53564 Dnmt3a-201ENSMUST00000020991 9685 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
Cux1P53564 Rgr-203ENSMUST00000225070 4704 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
Cux1P53564 Exoc3l4-201ENSMUST00000072646 2778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
Cux1P53564 Gm4316-201ENSMUST00000212411 2617 ntTSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
Cux1P53564 Gm6225-201ENSMUST00000181558 1700 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
Cux1P53564 Nudt18-202ENSMUST00000228554 3619 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
Cux1P53564 2010111I01Rik-201ENSMUST00000021911 2979 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
Cux1P53564 Cdadc1-208ENSMUST00000225839 3189 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
Cux1P53564 Trim46-203ENSMUST00000107464 3252 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
Cux1P53564 Vps4b-201ENSMUST00000094646 4633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
Cux1P53564 Ccar2-201ENSMUST00000035612 3725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
Cux1P53564 Tsc22d3-204ENSMUST00000123898 952 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
Cux1P53564 Gm14344-201ENSMUST00000139338 580 ntTSL 3 BASIC15.9■□□□□ 0.14
Cux1P53564 Gm29346-201ENSMUST00000188147 255 ntTSL 3 BASIC15.9■□□□□ 0.14
Cux1P53564 Sec14l4-201ENSMUST00000019512 2956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
Cux1P53564 Gm44920-201ENSMUST00000206503 746 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
Cux1P53564 Gm44649-202ENSMUST00000206896 635 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
Cux1P53564 Gm31135-202ENSMUST00000208946 1155 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
Cux1P53564 Olfr1227-ps1-201ENSMUST00000215627 928 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
Cux1P53564 Gm18165-201ENSMUST00000217426 928 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
Cux1P53564 AC163351.1-201ENSMUST00000225539 737 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
Cux1P53564 AC140393.4-201ENSMUST00000226994 765 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
Cux1P53564 AC093022.2-202ENSMUST00000227500 866 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
Cux1P53564 A830005F24Rik-201ENSMUST00000065465 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
Cux1P53564 1810009J06Rik-201ENSMUST00000076638 882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
Cux1P53564 Tasp1-202ENSMUST00000099304 2127 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
Cux1P53564 2810429I04Rik-203ENSMUST00000181708 4769 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
Cux1P53564 Arntl-206ENSMUST00000211770 2464 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
Cux1P53564 Vwa1-201ENSMUST00000042196 3623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
Cux1P53564 Gm32511-202ENSMUST00000217021 2069 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
Cux1P53564 Plagl1-202ENSMUST00000121646 5260 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
Cux1P53564 Mlc1-201ENSMUST00000042594 2783 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
Cux1P53564 Cycs-202ENSMUST00000161401 3123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
Cux1P53564 Arhgap4-202ENSMUST00000114404 2895 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
Cux1P53564 Mpp1-202ENSMUST00000114091 1558 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
Cux1P53564 Prss23-204ENSMUST00000207932 1937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
Cux1P53564 Gm35339-201ENSMUST00000208833 5090 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
Cux1P53564 Mdm1-201ENSMUST00000020437 3074 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
Cux1P53564 Egfr-202ENSMUST00000102884 2943 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
Cux1P53564 Taok2-202ENSMUST00000117394 4985 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
Cux1P53564 Ncapd2-201ENSMUST00000043848 4629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
Cux1P53564 U2af1l4-237ENSMUST00000167042 3007 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
Cux1P53564 Rdh13-201ENSMUST00000008579 3034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
Cux1P53564 Pkn3-201ENSMUST00000045246 3113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
Cux1P53564 Zc3h18-205ENSMUST00000176629 3672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
Cux1P53564 B3glct-201ENSMUST00000100404 4570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
Cux1P53564 Nrros-204ENSMUST00000126869 2540 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.14
Cux1P53564 4930563D23Rik-201ENSMUST00000062638 2646 ntAPPRIS P1 BASIC15.89■□□□□ 0.13
Cux1P53564 Apex2-205ENSMUST00000112725 3613 ntTSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
Cux1P53564 Arpc3-202ENSMUST00000102525 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Cux1P53564 Gm14276-201ENSMUST00000117941 720 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
Cux1P53564 Gm14828-201ENSMUST00000119381 1155 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
Cux1P53564 Gm13713-201ENSMUST00000139377 703 ntTSL 3 BASIC15.89■□□□□ 0.13
Cux1P53564 Gm13713-202ENSMUST00000155472 285 ntTSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
Cux1P53564 5830487J09Rik-201ENSMUST00000198600 1256 ntTSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
Cux1P53564 Gm43103-201ENSMUST00000199021 802 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
Cux1P53564 AC124400.2-201ENSMUST00000224939 253 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 45.2 ms