Protein–RNA interactions for Protein: Q9ER60

Scn4a, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, mousemouse

Predictions only

Length 1,841 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Scn4aQ9ER60 Kctd8-202ENSMUST00000087231 1860 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
Scn4aQ9ER60 Ppp1r36-201ENSMUST00000063977 1515 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.35■■■□□ 2.13
Scn4aQ9ER60 Gm715-201ENSMUST00000117865 831 ntBASIC28.35■■■□□ 2.13
Scn4aQ9ER60 Ttc32-201ENSMUST00000085741 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
Scn4aQ9ER60 Selenom-201ENSMUST00000094469 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
Scn4aQ9ER60 Sap18-201ENSMUST00000111267 660 ntTSL 2 BASIC28.34■■■□□ 2.13
Scn4aQ9ER60 Gm15565-201ENSMUST00000118890 427 ntBASIC28.34■■■□□ 2.13
Scn4aQ9ER60 Lamtor5-202ENSMUST00000199317 743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
Scn4aQ9ER60 Snapc3-202ENSMUST00000071544 942 ntTSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
Scn4aQ9ER60 Specc1-206ENSMUST00000201015 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
Scn4aQ9ER60 Foxi3-202ENSMUST00000163089 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
Scn4aQ9ER60 Cracr2b-207ENSMUST00000170879 1158 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
Scn4aQ9ER60 Ccdc107-201ENSMUST00000030181 817 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
Scn4aQ9ER60 Foxi3-201ENSMUST00000069634 1206 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
Scn4aQ9ER60 Asphd1-203ENSMUST00000106340 1647 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
Scn4aQ9ER60 Gm16120-201ENSMUST00000127990 808 ntTSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
Scn4aQ9ER60 Snrpd3-203ENSMUST00000220229 442 ntTSL 3 BASIC28.32■■■□□ 2.12
Scn4aQ9ER60 Cdkn2aipnl-201ENSMUST00000102763 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
Scn4aQ9ER60 Edn2-201ENSMUST00000030384 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
Scn4aQ9ER60 Cep68-202ENSMUST00000109596 2171 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
Scn4aQ9ER60 Gm13146-201ENSMUST00000118508 780 ntBASIC28.32■■■□□ 2.12
Scn4aQ9ER60 CT010467.1-202ENSMUST00000205406 714 ntBASIC28.32■■■□□ 2.12
Scn4aQ9ER60 Stac3-201ENSMUST00000035839 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
Scn4aQ9ER60 1700030C10Rik-203ENSMUST00000189625 1735 ntTSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
Scn4aQ9ER60 Stub1-201ENSMUST00000044911 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
Scn4aQ9ER60 E130309D02Rik-201ENSMUST00000046418 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
Scn4aQ9ER60 Dusp26-201ENSMUST00000036631 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
Scn4aQ9ER60 Mapk12-201ENSMUST00000088827 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
Scn4aQ9ER60 a-202ENSMUST00000109697 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.31■■■□□ 2.12
Scn4aQ9ER60 Tnnt2-202ENSMUST00000112085 1076 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.31■■■□□ 2.12
Scn4aQ9ER60 Tnnt2-203ENSMUST00000112086 1094 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.31■■■□□ 2.12
Scn4aQ9ER60 Tnnt2-204ENSMUST00000112087 1112 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.31■■■□□ 2.12
Scn4aQ9ER60 Mrps18a-202ENSMUST00000123646 621 ntTSL 2 BASIC28.31■■■□□ 2.12
Scn4aQ9ER60 Smim1-212ENSMUST00000146543 839 ntTSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
Scn4aQ9ER60 Tnnt2-206ENSMUST00000178854 1076 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.31■■■□□ 2.12
Scn4aQ9ER60 Tnnt2-211ENSMUST00000189355 1112 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.31■■■□□ 2.12
Scn4aQ9ER60 Tnnt2-212ENSMUST00000189732 1123 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.31■■■□□ 2.12
Scn4aQ9ER60 Gm6365-201ENSMUST00000054711 744 ntBASIC28.31■■■□□ 2.12
Scn4aQ9ER60 2410004B18Rik-201ENSMUST00000039571 1547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
Scn4aQ9ER60 Shb-201ENSMUST00000061986 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
Scn4aQ9ER60 Arl4d-201ENSMUST00000039388 1382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
Scn4aQ9ER60 Slc16a11-201ENSMUST00000094055 1788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
Scn4aQ9ER60 Thegl-202ENSMUST00000117880 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
Scn4aQ9ER60 Neurog1-201ENSMUST00000058475 1686 ntAPPRIS P1 BASIC28.29■■■□□ 2.12
Scn4aQ9ER60 Lig3-204ENSMUST00000131537 1782 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
Scn4aQ9ER60 Lig3-209ENSMUST00000173009 1785 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
Scn4aQ9ER60 Icam2-201ENSMUST00000001055 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
Scn4aQ9ER60 1110004F10Rik-202ENSMUST00000106607 1153 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
Scn4aQ9ER60 5730522E02Rik-201ENSMUST00000109511 1162 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
Scn4aQ9ER60 Gm10819-201ENSMUST00000099988 561 ntBASIC28.29■■■□□ 2.12
Scn4aQ9ER60 Rfxap-201ENSMUST00000044373 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
Scn4aQ9ER60 Snx21-204ENSMUST00000172577 1825 ntTSL 2 BASIC28.28■■■□□ 2.12
Scn4aQ9ER60 Nle1-201ENSMUST00000103213 1783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
Scn4aQ9ER60 Sebox-202ENSMUST00000125670 1300 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
Scn4aQ9ER60 Smox-201ENSMUST00000028806 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
Scn4aQ9ER60 Cavin3-201ENSMUST00000047040 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
Scn4aQ9ER60 Gm572-201ENSMUST00000105698 1385 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.28■■■□□ 2.12
Scn4aQ9ER60 Cnpy3-201ENSMUST00000059844 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
Scn4aQ9ER60 9230116N13Rik-201ENSMUST00000181746 2097 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
Scn4aQ9ER60 Gm11643-201ENSMUST00000119578 864 ntBASIC28.27■■■□□ 2.12
Scn4aQ9ER60 Creb1-203ENSMUST00000171164 1287 ntTSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
Scn4aQ9ER60 Atp6v1b1-206ENSMUST00000206911 1591 ntTSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
Scn4aQ9ER60 Fxn-201ENSMUST00000081333 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
Scn4aQ9ER60 Trabd-206ENSMUST00000169891 1422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
Scn4aQ9ER60 Crlf2-203ENSMUST00000200284 1405 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
Scn4aQ9ER60 Slc7a6os-201ENSMUST00000035925 1246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
Scn4aQ9ER60 Rcan1-202ENSMUST00000060005 2324 ntTSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
Scn4aQ9ER60 A830035A12Rik-201ENSMUST00000147445 861 ntTSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
Scn4aQ9ER60 6530437J22Rik-201ENSMUST00000207515 773 ntTSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
Scn4aQ9ER60 Paox-202ENSMUST00000097967 1024 ntTSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
Scn4aQ9ER60 Hnrnpl-201ENSMUST00000038572 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
Scn4aQ9ER60 Wnt5b-204ENSMUST00000178696 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
Scn4aQ9ER60 Rgs19-202ENSMUST00000108769 1460 ntTSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
Scn4aQ9ER60 Cpne1-217ENSMUST00000184265 871 ntTSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
Scn4aQ9ER60 Gm6420-201ENSMUST00000193885 723 ntBASIC28.24■■■□□ 2.11
Scn4aQ9ER60 Artn-201ENSMUST00000070816 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
Scn4aQ9ER60 Sfr1-201ENSMUST00000099353 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
Scn4aQ9ER60 Gm16759-201ENSMUST00000126238 1393 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
Scn4aQ9ER60 Ube2g2-204ENSMUST00000174510 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
Scn4aQ9ER60 Nsfl1c-202ENSMUST00000089140 1486 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
Scn4aQ9ER60 Sox2-201ENSMUST00000099151 2057 ntAPPRIS P1 BASIC28.23■■■□□ 2.11
Scn4aQ9ER60 Alcam-206ENSMUST00000168071 878 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
Scn4aQ9ER60 Cryzl1-203ENSMUST00000117644 1727 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
Scn4aQ9ER60 Mta3-204ENSMUST00000112352 2674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
Scn4aQ9ER60 Aprt-204ENSMUST00000212093 723 ntTSL 2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
Scn4aQ9ER60 Myoz1-201ENSMUST00000090469 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
Scn4aQ9ER60 Tmem121-201ENSMUST00000058491 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
Scn4aQ9ER60 Ccnl2-201ENSMUST00000030944 2442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
Scn4aQ9ER60 Fezf2-201ENSMUST00000022262 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
Scn4aQ9ER60 Psmd6-201ENSMUST00000022256 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
Scn4aQ9ER60 Gm15648-201ENSMUST00000149681 778 ntTSL 5 BASIC28.21■■■□□ 2.11
Scn4aQ9ER60 Gm17035-201ENSMUST00000170557 419 ntTSL 3 BASIC28.21■■■□□ 2.11
Scn4aQ9ER60 Kansl1l-202ENSMUST00000113987 2342 ntTSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
Scn4aQ9ER60 C230096K16Rik-201ENSMUST00000198074 1722 ntBASIC28.2■■■□□ 2.11
Scn4aQ9ER60 Tex30-212ENSMUST00000152239 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.11
Scn4aQ9ER60 Gm6576-201ENSMUST00000169678 883 ntBASIC28.2■■■□□ 2.11
Scn4aQ9ER60 CT030146.1-201ENSMUST00000220919 217 ntBASIC28.2■■■□□ 2.11
Scn4aQ9ER60 Gm8909-202ENSMUST00000097335 1182 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.2■■■□□ 2.11
Scn4aQ9ER60 Zfp639-202ENSMUST00000191783 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.11
Scn4aQ9ER60 Osbpl10-207ENSMUST00000183104 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.19■■■□□ 2.1
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 43.2 ms