Protein–RNA interactions for Protein: Q00780

Col8a1, Collagen alpha-1(VIII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 744 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col8a1Q00780 1810010K12Rik-201ENSMUST00000070378 1324 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
Col8a1Q00780 2310034G01Rik-201ENSMUST00000189008 1373 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
Col8a1Q00780 Rgs19-201ENSMUST00000002532 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
Col8a1Q00780 Vapa-201ENSMUST00000024897 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
Col8a1Q00780 Specc1-206ENSMUST00000201015 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
Col8a1Q00780 Ltk-205ENSMUST00000140224 2240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
Col8a1Q00780 Ltk-206ENSMUST00000182203 2232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
Col8a1Q00780 Zfp653-202ENSMUST00000179605 1888 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
Col8a1Q00780 Emc10-202ENSMUST00000118808 1872 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
Col8a1Q00780 Slc16a10-201ENSMUST00000092566 5397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
Col8a1Q00780 Gmds-201ENSMUST00000041859 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
Col8a1Q00780 Avl9-203ENSMUST00000177249 1614 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
Col8a1Q00780 Deptor-203ENSMUST00000100660 1377 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
Col8a1Q00780 AC161052.2-201ENSMUST00000220969 1375 ntTSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
Col8a1Q00780 Med25-205ENSMUST00000207278 2287 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
Col8a1Q00780 Frmd5-201ENSMUST00000110592 2222 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
Col8a1Q00780 Sp5-201ENSMUST00000100043 2100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
Col8a1Q00780 Mir7071-201ENSMUST00000184847 69 ntBASIC17.07■□□□□ 0.32
Col8a1Q00780 Krtcap3-205ENSMUST00000201625 902 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
Col8a1Q00780 1700028I16Rik-201ENSMUST00000076984 1048 ntTSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
Col8a1Q00780 Whrn-202ENSMUST00000063672 2804 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
Col8a1Q00780 Fam118b-201ENSMUST00000059057 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
Col8a1Q00780 Nr0b1-201ENSMUST00000026036 1808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
Col8a1Q00780 P4ha3-201ENSMUST00000057023 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
Col8a1Q00780 Eif2b3-203ENSMUST00000106448 1555 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
Col8a1Q00780 Nrxn2-205ENSMUST00000113462 6667 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
Col8a1Q00780 Hnrnpab-202ENSMUST00000101249 2013 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
Col8a1Q00780 Btbd2-202ENSMUST00000126980 2449 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
Col8a1Q00780 Tcte2-202ENSMUST00000127032 1875 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
Col8a1Q00780 Aurkaip1-203ENSMUST00000105592 1029 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
Col8a1Q00780 Hsp25-ps1-201ENSMUST00000109187 630 ntBASIC17.06■□□□□ 0.32
Col8a1Q00780 Gm12441-201ENSMUST00000121806 588 ntBASIC17.06■□□□□ 0.32
Col8a1Q00780 Gm11421-201ENSMUST00000122124 294 ntBASIC17.06■□□□□ 0.32
Col8a1Q00780 Chrac1-202ENSMUST00000134353 538 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
Col8a1Q00780 AI507597-201ENSMUST00000140726 880 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
Col8a1Q00780 Gm22240-201ENSMUST00000175225 82 ntBASIC17.06■□□□□ 0.32
Col8a1Q00780 Rabac1-203ENSMUST00000205871 986 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
Col8a1Q00780 Fam58b-201ENSMUST00000059468 1224 ntAPPRIS P1 BASIC17.06■□□□□ 0.32
Col8a1Q00780 Adssl1-201ENSMUST00000021726 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
Col8a1Q00780 Fbxw2-204ENSMUST00000113077 1670 ntTSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
Col8a1Q00780 Fbxl14-201ENSMUST00000032094 2963 ntAPPRIS P1 BASIC17.06■□□□□ 0.32
Col8a1Q00780 Homer3-203ENSMUST00000110124 2445 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
Col8a1Q00780 Mettl9-201ENSMUST00000033163 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
Col8a1Q00780 Dhrs13-201ENSMUST00000021187 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
Col8a1Q00780 Gnl1-201ENSMUST00000087200 2848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
Col8a1Q00780 H2-Ab1-201ENSMUST00000040828 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
Col8a1Q00780 Insm2-201ENSMUST00000051857 2660 ntAPPRIS P1 BASIC17.05■□□□□ 0.32
Col8a1Q00780 Chsy1-201ENSMUST00000036372 4176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
Col8a1Q00780 4930412F12Rik-201ENSMUST00000211700 1471 ntBASIC17.05■□□□□ 0.32
Col8a1Q00780 Rims1-209ENSMUST00000218140 1434 ntTSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.32
Col8a1Q00780 Pou2f2-210ENSMUST00000176408 1697 ntTSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.32
Col8a1Q00780 Gpr62-201ENSMUST00000164834 1977 ntAPPRIS P1 BASIC17.04■□□□□ 0.32
Col8a1Q00780 Gm26995-201ENSMUST00000182216 1306 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
Col8a1Q00780 Kmt5a-201ENSMUST00000059580 2739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
Col8a1Q00780 Kcnip1-203ENSMUST00000109340 1840 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
Col8a1Q00780 Grtp1-207ENSMUST00000211128 1416 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
Col8a1Q00780 Mgrn1-201ENSMUST00000023159 3293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
Col8a1Q00780 Mgrn1-202ENSMUST00000070658 3290 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
Col8a1Q00780 Stmn4-201ENSMUST00000074523 1303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
Col8a1Q00780 Lmo2-208ENSMUST00000170926 1529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
Col8a1Q00780 Tmem203-201ENSMUST00000104998 854 ntAPPRIS P1 BASIC17.03■□□□□ 0.32
Col8a1Q00780 C1qtnf5-202ENSMUST00000114816 1259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
Col8a1Q00780 D130020L05Rik-202ENSMUST00000220889 769 ntTSL 3 BASIC17.03■□□□□ 0.32
Col8a1Q00780 Spaca1-201ENSMUST00000029927 1197 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
Col8a1Q00780 Vkorc1l1-202ENSMUST00000073945 650 ntTSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
Col8a1Q00780 Spaca1-202ENSMUST00000084734 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
Col8a1Q00780 Tmem178-201ENSMUST00000025092 1696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
Col8a1Q00780 Tmem164-206ENSMUST00000112896 5224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
Col8a1Q00780 Git2-214ENSMUST00000155908 2338 ntTSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
Col8a1Q00780 B3gat1-203ENSMUST00000159799 2021 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
Col8a1Q00780 Rapgefl1-202ENSMUST00000107479 4855 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
Col8a1Q00780 Gm20634-201ENSMUST00000090779 2956 ntBASIC17.02■□□□□ 0.32
Col8a1Q00780 Adrm1-201ENSMUST00000061437 1535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
Col8a1Q00780 Tfam-203ENSMUST00000121685 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
Col8a1Q00780 Atraid-201ENSMUST00000013766 966 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
Col8a1Q00780 2310068J16Rik-201ENSMUST00000188271 1124 ntBASIC17.02■□□□□ 0.32
Col8a1Q00780 Tusc2-203ENSMUST00000193418 410 ntTSL 3 BASIC17.02■□□□□ 0.32
Col8a1Q00780 Fgf22-203ENSMUST00000219981 1070 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
Col8a1Q00780 Tmem147-201ENSMUST00000006478 870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
Col8a1Q00780 Snx21-206ENSMUST00000174070 1446 ntTSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.31
Col8a1Q00780 Mthfd2l-201ENSMUST00000071652 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.31
Col8a1Q00780 Phactr2-202ENSMUST00000105543 2735 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
Col8a1Q00780 Rer1-201ENSMUST00000030914 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
Col8a1Q00780 Terf2-202ENSMUST00000068421 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.31
Col8a1Q00780 Slc35a3-201ENSMUST00000029569 5725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
Col8a1Q00780 Gm29394-202ENSMUST00000176935 1326 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
Col8a1Q00780 Epb41l4b-201ENSMUST00000030142 3247 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
Col8a1Q00780 Aurkb-202ENSMUST00000108666 1831 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
Col8a1Q00780 Ern1-203ENSMUST00000106800 654 ntTSL 3 BASIC17.01■□□□□ 0.31
Col8a1Q00780 1700023F06Rik-202ENSMUST00000107026 1127 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
Col8a1Q00780 Kctd17-206ENSMUST00000162517 901 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
Col8a1Q00780 Kctd17-209ENSMUST00000166142 826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
Col8a1Q00780 Ptbp3-208ENSMUST00000172768 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
Col8a1Q00780 Sdf2l1-201ENSMUST00000023453 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
Col8a1Q00780 Park7-201ENSMUST00000030805 908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
Col8a1Q00780 Lrrc14-201ENSMUST00000036423 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
Col8a1Q00780 Acot3-202ENSMUST00000120927 1854 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
Col8a1Q00780 Metrn-202ENSMUST00000165838 1363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
Col8a1Q00780 Gpn2-201ENSMUST00000030661 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
Col8a1Q00780 Ovol2-201ENSMUST00000037423 1539 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 25.5 ms