Protein–RNA interactions for Protein: Q8BWR4

Usp40, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 40, mousemouse

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Length 1,235 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp40Q8BWR4 Pygo1-201ENSMUST00000038489 7916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Usp40Q8BWR4 Katnal2-208ENSMUST00000137498 1824 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
Usp40Q8BWR4 Gm26584-201ENSMUST00000180551 3216 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
Usp40Q8BWR4 Abi1-209ENSMUST00000140164 3403 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Usp40Q8BWR4 Metap2-201ENSMUST00000047910 4424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Usp40Q8BWR4 Zfp423-201ENSMUST00000052250 4510 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Usp40Q8BWR4 Dysf-210ENSMUST00000153860 6525 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
Usp40Q8BWR4 B3gat2-201ENSMUST00000063663 5655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Usp40Q8BWR4 Rspo2-203ENSMUST00000226810 3091 ntAPPRIS P1 BASIC15.17■□□□□ 0.02
Usp40Q8BWR4 Wdr75-201ENSMUST00000027139 2953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Usp40Q8BWR4 Sfxn3-201ENSMUST00000062213 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Usp40Q8BWR4 Adgre5-203ENSMUST00000109802 2867 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
Usp40Q8BWR4 Crispld2-201ENSMUST00000034282 2898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Usp40Q8BWR4 Fen1-203ENSMUST00000142241 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Usp40Q8BWR4 Cfap53-201ENSMUST00000114895 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Usp40Q8BWR4 Sirt5-201ENSMUST00000066804 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Usp40Q8BWR4 Unc119-202ENSMUST00000100755 933 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
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Usp40Q8BWR4 Gm15498-201ENSMUST00000126693 723 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Usp40Q8BWR4 4930571N24Rik-202ENSMUST00000142914 598 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Usp40Q8BWR4 Tex29-204ENSMUST00000166638 561 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
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Usp40Q8BWR4 Plet1os-202ENSMUST00000190941 1119 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Usp40Q8BWR4 Gm37782-201ENSMUST00000194879 678 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
Usp40Q8BWR4 Zfp655-203ENSMUST00000196069 1150 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
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Usp40Q8BWR4 Ngp-201ENSMUST00000035061 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Usp40Q8BWR4 Taar5-201ENSMUST00000092659 1014 ntAPPRIS P1 BASIC15.17■□□□□ 0.02
Usp40Q8BWR4 Kif28-202ENSMUST00000211943 2643 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
Usp40Q8BWR4 Slc19a1-201ENSMUST00000105410 2347 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Usp40Q8BWR4 Nek1-208ENSMUST00000211256 4810 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Usp40Q8BWR4 Ttpa-201ENSMUST00000098244 3053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Usp40Q8BWR4 Hgs-203ENSMUST00000106205 2898 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
Usp40Q8BWR4 Adamts10-201ENSMUST00000087623 4043 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
Usp40Q8BWR4 Foxn2-201ENSMUST00000112238 5085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Usp40Q8BWR4 Lpin3-204ENSMUST00000109457 3215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Usp40Q8BWR4 Tubb2b-201ENSMUST00000075774 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Usp40Q8BWR4 Ylpm1-202ENSMUST00000101202 4605 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
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Usp40Q8BWR4 Pml-211ENSMUST00000153820 2652 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Usp40Q8BWR4 Spata33-208ENSMUST00000212892 2940 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
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Usp40Q8BWR4 Wdr26-208ENSMUST00000162963 6452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
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Usp40Q8BWR4 Aamdc-209ENSMUST00000144858 380 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
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Usp40Q8BWR4 AC174797.2-201ENSMUST00000225835 165 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
Usp40Q8BWR4 Pla2g1b-201ENSMUST00000031495 557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
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Usp40Q8BWR4 Gm15965-201ENSMUST00000123318 1428 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Usp40Q8BWR4 Gm38569-201ENSMUST00000205476 2228 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Usp40Q8BWR4 Rai2-201ENSMUST00000061514 2204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Usp40Q8BWR4 Clec16a-201ENSMUST00000038145 3730 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Usp40Q8BWR4 Slc1a4-201ENSMUST00000004634 3872 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
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Usp40Q8BWR4 Zscan10-205ENSMUST00000120967 2609 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Usp40Q8BWR4 Samd11-201ENSMUST00000179919 2610 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Usp40Q8BWR4 Gm45206-201ENSMUST00000206885 2285 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
Usp40Q8BWR4 Ifnar1-201ENSMUST00000023689 3909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Usp40Q8BWR4 Csf1-201ENSMUST00000014743 4176 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Usp40Q8BWR4 Ccnk-202ENSMUST00000221167 2789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Usp40Q8BWR4 Lrrc61-201ENSMUST00000101436 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Usp40Q8BWR4 Mynn-202ENSMUST00000192715 5555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Usp40Q8BWR4 Rasgef1b-203ENSMUST00000146396 3339 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Usp40Q8BWR4 Prg4-201ENSMUST00000006171 1869 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Usp40Q8BWR4 Cbx7-202ENSMUST00000109615 710 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Usp40Q8BWR4 Gm13008-201ENSMUST00000142289 507 ntTSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
Usp40Q8BWR4 Cdhr4-208ENSMUST00000176373 492 ntTSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
Usp40Q8BWR4 Gm27211-201ENSMUST00000183507 631 ntTSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
Usp40Q8BWR4 1700084F23Rik-202ENSMUST00000188461 747 ntTSL 3 BASIC15.15■□□□□ 0.02
Usp40Q8BWR4 Gm6606-201ENSMUST00000193613 947 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
Usp40Q8BWR4 Cdk5-203ENSMUST00000198990 783 ntTSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
Usp40Q8BWR4 Gm6439-201ENSMUST00000199849 862 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
Usp40Q8BWR4 Gpr137b-ps-202ENSMUST00000220647 1159 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
Usp40Q8BWR4 CT030195.2-201ENSMUST00000226074 1286 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
Usp40Q8BWR4 Cenpx-201ENSMUST00000026137 692 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
Usp40Q8BWR4 P2rx7-202ENSMUST00000086247 712 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Usp40Q8BWR4 Rnf6-201ENSMUST00000067837 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Usp40Q8BWR4 Wnt7b-202ENSMUST00000109424 3492 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Usp40Q8BWR4 Hsd3b3-204ENSMUST00000107019 1533 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 41.8 ms