Protein–RNA interactions for Protein: Q9ER60

Scn4a, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, mousemouse

Predictions only

Length 1,841 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Scn4aQ9ER60 Sdccag3-202ENSMUST00000077983 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
Scn4aQ9ER60 Zfp560-202ENSMUST00000143992 608 ntTSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
Scn4aQ9ER60 Spaca1-201ENSMUST00000029927 1197 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
Scn4aQ9ER60 Spaca1-202ENSMUST00000084734 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
Scn4aQ9ER60 Cops9-201ENSMUST00000097642 438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
Scn4aQ9ER60 Rgs19-201ENSMUST00000002532 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
Scn4aQ9ER60 Gm2464-202ENSMUST00000194841 877 ntTSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
Scn4aQ9ER60 Gm10812-201ENSMUST00000099864 546 ntBASIC29.05■■■□□ 2.24
Scn4aQ9ER60 Kctd5-201ENSMUST00000017090 2443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
Scn4aQ9ER60 Dsg2-203ENSMUST00000121837 953 ntTSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
Scn4aQ9ER60 Gm15556-201ENSMUST00000122904 663 ntTSL 5 BASIC29.04■■■□□ 2.24
Scn4aQ9ER60 Ntsr2-202ENSMUST00000220892 846 ntTSL 3 BASIC29.04■■■□□ 2.24
Scn4aQ9ER60 AC121965.1-201ENSMUST00000221422 861 ntTSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
Scn4aQ9ER60 Hexdc-202ENSMUST00000106117 2149 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
Scn4aQ9ER60 Tmem54-201ENSMUST00000030575 1064 ntTSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
Scn4aQ9ER60 4933440N22Rik-202ENSMUST00000204444 1952 ntBASIC29.03■■■□□ 2.24
Scn4aQ9ER60 Rer1-201ENSMUST00000030914 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
Scn4aQ9ER60 AC175538.2-202ENSMUST00000224997 1057 ntAPPRIS P1 BASIC29.03■■■□□ 2.24
Scn4aQ9ER60 Myadml2-201ENSMUST00000026134 931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
Scn4aQ9ER60 Gm16286-201ENSMUST00000025463 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
Scn4aQ9ER60 0610038B21Rik-202ENSMUST00000184762 1524 ntBASIC29.02■■■□□ 2.24
Scn4aQ9ER60 Llph-202ENSMUST00000130198 1463 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.02■■■□□ 2.24
Scn4aQ9ER60 Lrrc3b-201ENSMUST00000055211 1655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.24
Scn4aQ9ER60 Smim27-201ENSMUST00000129758 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.24
Scn4aQ9ER60 Tusc2-203ENSMUST00000193418 410 ntTSL 3 BASIC29.01■■■□□ 2.24
Scn4aQ9ER60 Adrm1-201ENSMUST00000061437 1535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
Scn4aQ9ER60 Gmds-201ENSMUST00000041859 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
Scn4aQ9ER60 Tnfsfm13-203ENSMUST00000180587 2235 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC29■■■□□ 2.23
Scn4aQ9ER60 Mfap4-201ENSMUST00000040522 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29■■■□□ 2.23
Scn4aQ9ER60 Snx21-206ENSMUST00000174070 1446 ntTSL 5 BASIC29■■■□□ 2.23
Scn4aQ9ER60 Stmn4-201ENSMUST00000074523 1303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
Scn4aQ9ER60 Msantd3-203ENSMUST00000107704 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
Scn4aQ9ER60 Klhl25-205ENSMUST00000206019 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
Scn4aQ9ER60 Uchl5-206ENSMUST00000189936 1696 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
Scn4aQ9ER60 Ccne1-201ENSMUST00000108023 2000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
Scn4aQ9ER60 Gm14281-201ENSMUST00000121700 1294 ntBASIC28.99■■■□□ 2.23
Scn4aQ9ER60 Tspan2-203ENSMUST00000196611 682 ntTSL 5 BASIC28.99■■■□□ 2.23
Scn4aQ9ER60 Rab40b-201ENSMUST00000106107 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
Scn4aQ9ER60 Wdr4-203ENSMUST00000167419 813 ntTSL 3 BASIC28.98■■■□□ 2.23
Scn4aQ9ER60 Bsg-205ENSMUST00000179781 1261 ntTSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
Scn4aQ9ER60 E130116L18Rik-201ENSMUST00000066954 306 ntAPPRIS P1 BASIC28.98■■■□□ 2.23
Scn4aQ9ER60 Emc6-202ENSMUST00000108480 563 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.97■■■□□ 2.23
Scn4aQ9ER60 Gorasp2-205ENSMUST00000133432 1941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
Scn4aQ9ER60 Zfp444-202ENSMUST00000108565 849 ntTSL 3 BASIC28.97■■■□□ 2.23
Scn4aQ9ER60 Tnnt2-201ENSMUST00000027671 1064 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.97■■■□□ 2.23
Scn4aQ9ER60 Tcte2-202ENSMUST00000127032 1875 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
Scn4aQ9ER60 Shisa8-201ENSMUST00000179269 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
Scn4aQ9ER60 Rnf32-204ENSMUST00000160246 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
Scn4aQ9ER60 Htra1-201ENSMUST00000006367 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
Scn4aQ9ER60 Gm13181-201ENSMUST00000120117 1069 ntBASIC28.96■■■□□ 2.23
Scn4aQ9ER60 Diablo-203ENSMUST00000111587 1576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
Scn4aQ9ER60 Rell2-212ENSMUST00000177058 1762 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.96■■■□□ 2.23
Scn4aQ9ER60 Gm7514-201ENSMUST00000209475 934 ntBASIC28.95■■■□□ 2.23
Scn4aQ9ER60 Rab26-201ENSMUST00000035797 1575 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.23
Scn4aQ9ER60 Tssk2-201ENSMUST00000055374 1387 ntAPPRIS P1 BASIC28.94■■■□□ 2.22
Scn4aQ9ER60 Cntln-202ENSMUST00000102819 2239 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
Scn4aQ9ER60 Lmo2-208ENSMUST00000170926 1529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.94■■■□□ 2.22
Scn4aQ9ER60 Cyp4f13-204ENSMUST00000139353 1389 ntTSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
Scn4aQ9ER60 Dhrs13-201ENSMUST00000021187 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
Scn4aQ9ER60 Gm26507-201ENSMUST00000181838 1410 ntTSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
Scn4aQ9ER60 Cldn5-201ENSMUST00000043577 1414 ntAPPRIS P1 BASIC28.93■■■□□ 2.22
Scn4aQ9ER60 Tomm40-202ENSMUST00000093552 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
Scn4aQ9ER60 Spsb3-205ENSMUST00000120943 1949 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
Scn4aQ9ER60 Hpca-201ENSMUST00000030572 1525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
Scn4aQ9ER60 Tpst2-201ENSMUST00000031287 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
Scn4aQ9ER60 2310022A10Rik-205ENSMUST00000187960 1989 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.92■■■□□ 2.22
Scn4aQ9ER60 Lmo1-201ENSMUST00000036992 1282 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
Scn4aQ9ER60 1700018M17Rik-201ENSMUST00000052502 456 ntBASIC28.92■■■□□ 2.22
Scn4aQ9ER60 Cox7c-202ENSMUST00000078764 433 ntTSL 2 BASIC28.92■■■□□ 2.22
Scn4aQ9ER60 Prkar2b-201ENSMUST00000003079 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
Scn4aQ9ER60 A330041J22Rik-201ENSMUST00000150367 1825 ntTSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
Scn4aQ9ER60 Rabgap1l-216ENSMUST00000195442 1877 ntTSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
Scn4aQ9ER60 1110046J04Rik-201ENSMUST00000147622 397 ntTSL 3 BASIC28.91■■■□□ 2.22
Scn4aQ9ER60 Nr0b1-201ENSMUST00000026036 1808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
Scn4aQ9ER60 Dtymk-202ENSMUST00000112890 1055 ntTSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
Scn4aQ9ER60 2510002D24Rik-202ENSMUST00000123146 361 ntTSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
Scn4aQ9ER60 Tmem230-202ENSMUST00000110163 1551 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.9■■■□□ 2.22
Scn4aQ9ER60 Emc10-202ENSMUST00000118808 1872 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
Scn4aQ9ER60 Rims1-209ENSMUST00000218140 1434 ntTSL 5 BASIC28.9■■■□□ 2.22
Scn4aQ9ER60 Cblc-201ENSMUST00000043822 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
Scn4aQ9ER60 Gas5-217ENSMUST00000161005 430 ntTSL 5 BASIC28.9■■■□□ 2.22
Scn4aQ9ER60 Fxyd1-215ENSMUST00000206474 572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
Scn4aQ9ER60 Fam3c-203ENSMUST00000163963 1617 ntTSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
Scn4aQ9ER60 Rgs7-206ENSMUST00000194555 2431 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
Scn4aQ9ER60 Gm10065-201ENSMUST00000076238 345 ntAPPRIS P1 BASIC28.89■■■□□ 2.22
Scn4aQ9ER60 Slc22a17-210ENSMUST00000228495 2340 ntAPPRIS P1 BASIC28.88■■■□□ 2.21
Scn4aQ9ER60 Gpr27-201ENSMUST00000101122 2388 ntAPPRIS P1 BASIC28.88■■■□□ 2.21
Scn4aQ9ER60 Sox15-201ENSMUST00000047373 861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
Scn4aQ9ER60 Irf5-201ENSMUST00000004392 2189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
Scn4aQ9ER60 Fbxl5-205ENSMUST00000121736 2144 ntTSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
Scn4aQ9ER60 Atf5-201ENSMUST00000047356 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
Scn4aQ9ER60 Tgfbr3l-201ENSMUST00000110993 1075 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.87■■■□□ 2.21
Scn4aQ9ER60 Cyyr1-204ENSMUST00000175700 1294 ntTSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
Scn4aQ9ER60 Cbln2-203ENSMUST00000122464 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
Scn4aQ9ER60 C1ql2-201ENSMUST00000037286 2000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
Scn4aQ9ER60 Gsto2-201ENSMUST00000056159 1351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
Scn4aQ9ER60 Tecr-203ENSMUST00000165740 1120 ntTSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
Scn4aQ9ER60 Rab7-206ENSMUST00000203674 424 ntTSL 5 BASIC28.87■■■□□ 2.21
Scn4aQ9ER60 Ubxn1-201ENSMUST00000096255 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
Scn4aQ9ER60 Gm21988-202ENSMUST00000176268 1621 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC28.87■■■□□ 2.21
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 48.3 ms