Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

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Length 1,001 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Gm9575-201ENSMUST00000122140 1339 ntBASIC12.36□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Mxd3-201ENSMUST00000021941 1327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.36□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Gm36635-201ENSMUST00000221152 1332 ntTSL 5 BASIC12.36□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Ric8a-201ENSMUST00000026558 3406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.36□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Prr30-202ENSMUST00000187304 2104 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.35□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 U2af1l4-237ENSMUST00000167042 3007 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC12.35□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Trak1-201ENSMUST00000045903 4827 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.35□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Inpp4a-208ENSMUST00000137266 2934 ntTSL 5 BASIC12.35□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Nudt5-205ENSMUST00000179748 1590 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.35□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Gm26836-201ENSMUST00000181056 1568 ntTSL 5 BASIC12.35□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Pcdhb21-201ENSMUST00000061405 4705 ntAPPRIS P1 BASIC12.35□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Fut8-201ENSMUST00000062804 3358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.35□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Neu2-201ENSMUST00000070898 1570 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.35□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Ahnak2-201ENSMUST00000101010 2821 ntAPPRIS ALT2 BASIC12.35□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Mirg-201ENSMUST00000181496 1906 ntTSL 1 (best) BASIC12.35□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Ap1s2-203ENSMUST00000112294 3199 ntTSL 1 (best) BASIC12.35□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Cipc-211ENSMUST00000191463 1499 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.35□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Nexmif-203ENSMUST00000118314 11476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.35□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Dixdc1-203ENSMUST00000117646 5719 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.35□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Dhdds-201ENSMUST00000012262 3133 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.35□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Brwd3-202ENSMUST00000101283 1066 ntTSL 1 (best) BASIC12.35□□□□□ -0.43
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Rnf40Q3U319 1700057H21Rik-201ENSMUST00000152467 383 ntTSL 5 BASIC12.35□□□□□ -0.43
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Rnf40Q3U319 Mad2l1bp-201ENSMUST00000171172 1269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.35□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Ddt-201ENSMUST00000001716 649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.35□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Fabp12-204ENSMUST00000172126 779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.35□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 1700040D17Rik-201ENSMUST00000181305 998 ntTSL 1 (best) BASIC12.35□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Mir7023-201ENSMUST00000185093 64 ntBASIC12.35□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Gm43491-201ENSMUST00000197133 784 ntBASIC12.35□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Gm43002-201ENSMUST00000200310 155 ntBASIC12.35□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Gm42588-201ENSMUST00000200538 1297 ntBASIC12.35□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Gm43761-201ENSMUST00000202132 991 ntBASIC12.35□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Gm36264-202ENSMUST00000221989 1142 ntTSL 5 BASIC12.35□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Lhfpl5-201ENSMUST00000080780 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.35□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 B230118H07Rik-201ENSMUST00000090513 969 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.35□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Eef1d-205ENSMUST00000109972 1624 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.35□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Spata18-203ENSMUST00000113548 1623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.35□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Bpgm-201ENSMUST00000045372 2220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.35□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Gm42893-201ENSMUST00000198035 1502 ntTSL 3 BASIC12.35□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 4930432K21Rik-202ENSMUST00000118856 2366 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC12.35□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Gm43149-201ENSMUST00000198162 1422 ntBASIC12.35□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Pyurf-201ENSMUST00000053386 3573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.35□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Gfi1b-201ENSMUST00000028156 1681 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.35□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Hnrnpa2b1-202ENSMUST00000090002 1662 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC12.35□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Krt7-201ENSMUST00000068904 4094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.35□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Amigo3-201ENSMUST00000085060 2543 ntAPPRIS P1 BASIC12.35□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Tiam1-203ENSMUST00000114122 4596 ntTSL 1 (best) BASIC12.35□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Folr1-204ENSMUST00000106985 1313 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.35□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Atp1a3-201ENSMUST00000080882 3621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.35□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Prkd2-201ENSMUST00000086104 3628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.35□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Gm40617-201ENSMUST00000218840 2420 ntTSL 1 (best) BASIC12.35□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Fn1-214ENSMUST00000188894 8043 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.34□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Ntrk3-205ENSMUST00000193002 2678 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.34□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 9330111N05Rik-203ENSMUST00000181508 1848 ntTSL 1 (best) BASIC12.34□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Gm20755-201ENSMUST00000196893 1827 ntTSL 1 (best) BASIC12.34□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Spdye4a-201ENSMUST00000085733 1819 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.34□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 H3f3a-205ENSMUST00000161308 2841 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.34□□□□□ -0.43
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Rnf40Q3U319 Spem2-201ENSMUST00000056941 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.34□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Prex1-202ENSMUST00000099080 5818 ntTSL 1 (best) BASIC12.34□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Shc1-210ENSMUST00000191485 3154 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.34□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Prdx2-201ENSMUST00000005292 1500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.34□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Trbc1-201ENSMUST00000103291 512 ntAPPRIS P1 BASIC12.34□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Trbc2-201ENSMUST00000103299 692 ntAPPRIS P1 BASIC12.34□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Park7-202ENSMUST00000105673 919 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.34□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Boll-202ENSMUST00000114423 1106 ntTSL 1 (best) BASIC12.34□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Gm11618-201ENSMUST00000117946 267 ntBASIC12.34□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Cbx3-ps3-201ENSMUST00000118595 550 ntBASIC12.34□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Vmn1r-ps92-201ENSMUST00000120775 517 ntBASIC12.34□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Gm11964-201ENSMUST00000120982 444 ntBASIC12.34□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Chchd7-208ENSMUST00000121651 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.34□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Arhgap27os1-201ENSMUST00000130556 923 ntTSL 1 (best) BASIC12.34□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Gm13994-201ENSMUST00000137397 513 ntTSL 5 BASIC12.34□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Gm5354-201ENSMUST00000182417 973 ntBASIC12.34□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Gm37678-201ENSMUST00000192908 1146 ntBASIC12.34□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Gm19030-201ENSMUST00000194947 552 ntBASIC12.34□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Gm42591-201ENSMUST00000197249 700 ntBASIC12.34□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Gm44681-201ENSMUST00000208447 842 ntBASIC12.34□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Gm40193-201ENSMUST00000209971 237 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.34□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Gm45488-201ENSMUST00000210747 371 ntTSL 3 BASIC12.34□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Gm39228-201ENSMUST00000212456 301 ntTSL 5 BASIC12.34□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Lilrb4a-205ENSMUST00000217705 1142 ntTSL 1 (best) BASIC12.34□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Gm46436-201ENSMUST00000221851 1294 ntBASIC12.34□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 4930408O17Rik-202ENSMUST00000222624 1131 ntTSL 5 BASIC12.34□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Fkbp7-201ENSMUST00000002809 860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.34□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Med21-201ENSMUST00000032429 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.34□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Chchd7-201ENSMUST00000041122 672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.34□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Olfr117-201ENSMUST00000073636 954 ntAPPRIS P1 BASIC12.34□□□□□ -0.43
Rnf40Q3U319 Ifi27-202ENSMUST00000076702 828 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.34□□□□□ -0.43
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