Protein–RNA interactions for Protein: Q9ER60

Scn4a, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, mousemouse

Predictions only

Length 1,841 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Scn4aQ9ER60 D730045A05Rik-201ENSMUST00000159260 1269 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Rps18-206ENSMUST00000174609 527 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Gm37872-201ENSMUST00000192362 886 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Clec4n-206ENSMUST00000205129 363 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 AC134793.1-202ENSMUST00000227444 803 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Taar1-201ENSMUST00000051532 1114 ntAPPRIS P1 BASIC15.55■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Mrc2-201ENSMUST00000021038 3335 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Rab15-201ENSMUST00000021459 3158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Mtmr3-202ENSMUST00000109943 5674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Ido1-202ENSMUST00000110667 1656 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Cd2bp2-202ENSMUST00000166791 3284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Hnf1b-201ENSMUST00000021016 2759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Pkib-203ENSMUST00000095668 3311 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Tuft1-201ENSMUST00000006123 2631 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Sema4c-201ENSMUST00000114991 3773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Nudt13-207ENSMUST00000224311 1574 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Hemk1-201ENSMUST00000035196 2192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Fbxo25-204ENSMUST00000209913 2035 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Igkv3-10-201ENSMUST00000103397 356 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Gm14231-201ENSMUST00000120090 592 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Gm13688-201ENSMUST00000121557 608 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Zfp738-202ENSMUST00000125495 712 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Gm13857-201ENSMUST00000139645 173 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Gm3115-202ENSMUST00000177660 618 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Gm6337-203ENSMUST00000177662 618 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Gm3727-202ENSMUST00000178251 618 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Zkscan7-205ENSMUST00000216462 990 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Gm8796-201ENSMUST00000219122 936 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Rpp38-201ENSMUST00000062672 1042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Rfx5-203ENSMUST00000107254 4450 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Vps52-201ENSMUST00000025178 3332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Hormad2-202ENSMUST00000109948 1969 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Cyp2a22-201ENSMUST00000170227 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Gm16214-201ENSMUST00000143710 1388 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Kcnq4-201ENSMUST00000030376 3919 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Jaml-201ENSMUST00000050020 2461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Cux1-206ENSMUST00000176172 4882 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Wdr26-207ENSMUST00000162819 6619 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Ccser2-203ENSMUST00000182042 1420 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Gm42748-201ENSMUST00000199354 2341 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Rnasel-204ENSMUST00000182538 2761 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Colgalt1-201ENSMUST00000047903 3207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Klhl8-202ENSMUST00000112811 2577 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Otud6b-201ENSMUST00000117268 3266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Zfp639-201ENSMUST00000029203 1458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Wnk1-202ENSMUST00000060043 10575 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Dnmt3b-202ENSMUST00000072997 4208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Aldoc-202ENSMUST00000102478 1700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Fhod3-201ENSMUST00000037097 5408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Stmn3-201ENSMUST00000103045 1136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 n-R5s154-201ENSMUST00000122513 108 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 4933436E23Rik-201ENSMUST00000192824 1111 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Gm42821-201ENSMUST00000199771 489 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 1700113A16Rik-203ENSMUST00000200006 563 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Gm44008-201ENSMUST00000204345 412 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Fcer2a-205ENSMUST00000208145 1064 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 AC134607.1-201ENSMUST00000214707 485 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 AC163351.1-201ENSMUST00000225539 737 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Krtap21-1-201ENSMUST00000078422 748 ntAPPRIS P1 BASIC15.54■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Gm10617-201ENSMUST00000098368 1172 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Ak8-201ENSMUST00000074156 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Nub1-201ENSMUST00000068825 3269 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Ubap2l-215ENSMUST00000198322 3385 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Gm43152-201ENSMUST00000202495 1638 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Tsc22d2-203ENSMUST00000199164 4659 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Ggn-202ENSMUST00000098609 2653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Rnh1-202ENSMUST00000167493 1656 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Gm10433-202ENSMUST00000146364 1984 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Tcl1b4-202ENSMUST00000222867 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 CT030159.3-201ENSMUST00000222936 1481 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 AU015791-201ENSMUST00000223443 1457 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Inpp4a-209ENSMUST00000140264 3676 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Shroom4-202ENSMUST00000103005 4839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Rpl10-ps6-201ENSMUST00000121321 642 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Cfap100-202ENSMUST00000127508 417 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Stk33-205ENSMUST00000141210 949 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Gm21963-201ENSMUST00000179519 330 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Gm20474-201ENSMUST00000180089 596 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Gm27200-201ENSMUST00000184626 657 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Rpl10-ps5-201ENSMUST00000212707 642 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Gm3379-201ENSMUST00000222259 642 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 AC154806.7-201ENSMUST00000227998 202 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 AC141884.2-201ENSMUST00000228811 775 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Phf5a-201ENSMUST00000023117 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Gm8174-201ENSMUST00000064353 1001 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Gabra4-201ENSMUST00000031121 4108 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Sorbs3-204ENSMUST00000227929 2460 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Lsp1-211ENSMUST00000149521 1910 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Odf2l-201ENSMUST00000029920 2239 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Ptprs-211ENSMUST00000223859 5588 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Os9-202ENSMUST00000164259 2627 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Slc25a25-201ENSMUST00000028160 3294 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 B4galnt3-203ENSMUST00000212457 2958 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Gm7061-201ENSMUST00000118127 1416 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Gm5174-201ENSMUST00000171131 1423 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 5031425E22Rik-202ENSMUST00000185943 1477 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Sipa1-203ENSMUST00000164304 3614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Zfp385b-203ENSMUST00000111830 2642 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Hps1-209ENSMUST00000162061 2608 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Ofd1-201ENSMUST00000049501 4453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 43 ms