Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

Predictions only

Length 1,001 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 1700030C10Rik-202ENSMUST00000186243 126 ntBASIC12.45□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 Gm29516-201ENSMUST00000190402 468 ntBASIC12.45□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 Gm37452-201ENSMUST00000194416 1160 ntBASIC12.45□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 Gm44934-201ENSMUST00000208941 238 ntTSL 5 BASIC12.45□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 AC153801.1-201ENSMUST00000217904 947 ntBASIC12.45□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 Gm4803-201ENSMUST00000218729 1279 ntBASIC12.45□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 Utp23-201ENSMUST00000059599 740 ntTSL 1 (best) BASIC12.45□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 Fam173a-201ENSMUST00000072735 800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.45□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 Tnnt3-201ENSMUST00000074187 1007 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.45□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 Olfr1423-201ENSMUST00000087831 933 ntAPPRIS P1 BASIC12.45□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 Glyctk-202ENSMUST00000112543 4081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.45□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 Rasal1-201ENSMUST00000031606 3212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.45□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 Parp14-201ENSMUST00000042665 7417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.45□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 Col6a6-202ENSMUST00000098441 8781 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC12.45□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 Ccdc160-201ENSMUST00000101588 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.45□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 Ccdc159-202ENSMUST00000170304 1519 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.45□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 Sod3-201ENSMUST00000101208 3738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.45□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 Pcdhb2-201ENSMUST00000056522 2813 ntAPPRIS P1 BASIC12.45□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 Slc6a2-202ENSMUST00000165470 6007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.45□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 Spata13-207ENSMUST00000160973 7467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.45□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 Scml2-201ENSMUST00000019101 4842 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.45□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 Ndst3-202ENSMUST00000124803 1917 ntTSL 1 (best) BASIC12.45□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 Atl2-202ENSMUST00000112437 3371 ntTSL 1 (best) BASIC12.44□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 Sirt5-211ENSMUST00000223194 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.44□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 S100pbp-203ENSMUST00000106059 4084 ntTSL 1 (best) BASIC12.44□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 Serhl-205ENSMUST00000166427 2577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.44□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 Rab3a-203ENSMUST00000110092 1556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.44□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 Hyal1-204ENSMUST00000144392 1332 ntTSL 5 BASIC12.44□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 Isl1-201ENSMUST00000036060 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.44□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 Prkcsh-201ENSMUST00000003493 2012 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.44□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 Anxa6-201ENSMUST00000102727 2471 ntTSL 1 (best) BASIC12.44□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 Bahcc1-201ENSMUST00000044985 10726 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC12.44□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 Rbl2-210ENSMUST00000211136 4504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.44□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 Gm14833-201ENSMUST00000118345 1027 ntBASIC12.44□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 Haghl-203ENSMUST00000133071 1128 ntTSL 1 (best) BASIC12.44□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 1700029H14Rik-204ENSMUST00000151400 1216 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.44□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 Gm14286-201ENSMUST00000155674 464 ntTSL 1 (best) BASIC12.44□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 Mocs2-207ENSMUST00000166104 1193 ntTSL 1 (best) BASIC12.44□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 Gm26894-201ENSMUST00000180828 1134 ntTSL 1 (best) BASIC12.44□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 Gm29036-201ENSMUST00000189967 877 ntBASIC12.44□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 Gm9136-201ENSMUST00000193368 454 ntBASIC12.44□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 Gm37267-201ENSMUST00000194222 681 ntTSL 2 BASIC12.44□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 Plpp4-203ENSMUST00000205896 714 ntTSL 5 BASIC12.44□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 Ss18l2-205ENSMUST00000215833 479 ntTSL 3 BASIC12.44□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 AC154765.1-201ENSMUST00000217732 439 ntTSL 3 BASIC12.44□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 Pomc-202ENSMUST00000218089 977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.44□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 Gm7441-201ENSMUST00000220697 1074 ntBASIC12.44□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 Fn3k-201ENSMUST00000026175 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.44□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 Fmnl1-202ENSMUST00000042286 3806 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC12.44□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 1700029I15Rik-201ENSMUST00000054316 364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.44□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 Scgb2b24-201ENSMUST00000055444 523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.44□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 2900055J20Rik-201ENSMUST00000096572 723 ntAPPRIS P1 BASIC12.44□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 Tbc1d24-209ENSMUST00000201301 4261 ntTSL 5 BASIC12.44□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 Car14-201ENSMUST00000036181 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.44□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 Cad-203ENSMUST00000200953 6489 ntTSL 5 BASIC12.44□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 Cep76-201ENSMUST00000097542 3979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.44□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 Gm15897-201ENSMUST00000117770 1486 ntBASIC12.44□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 Zfp639-201ENSMUST00000029203 1458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.44□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 Gm14340-201ENSMUST00000148700 1913 ntTSL 1 (best) BASIC12.44□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 Pdcd1-201ENSMUST00000027507 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.44□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 St14-201ENSMUST00000034478 3259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.44□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 Mroh8-202ENSMUST00000143663 3460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.44□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 Derl2-206ENSMUST00000143850 3666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.44□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 Srrm2-201ENSMUST00000088621 8564 ntTSL 1 (best) BASIC12.44□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 Pla2g4b-201ENSMUST00000126150 2790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.44□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 Epn3-202ENSMUST00000127305 3884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.44□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 Rtp4-202ENSMUST00000209422 1859 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.44□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 Suclg2-201ENSMUST00000079847 2518 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.44□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 Hsd17b14-201ENSMUST00000107752 1400 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.44□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 AC154806.5-202ENSMUST00000227217 1443 ntBASIC12.44□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 Pdcd11-201ENSMUST00000072141 6041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.44□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 Sgce-209ENSMUST00000133306 1619 ntTSL 1 (best) BASIC12.44□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 Tonsl-207ENSMUST00000168185 4235 ntTSL 1 (best) BASIC12.44□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 1810014B01Rik-202ENSMUST00000218095 1622 ntTSL 1 (best) BASIC12.44□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 Kpna7-202ENSMUST00000110673 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.44□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 Mapt-201ENSMUST00000100347 1362 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC12.43□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 C530008M17Rik-203ENSMUST00000120818 1378 ntTSL 1 (best) BASIC12.43□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 Fhad1-201ENSMUST00000036701 1366 ntTSL 1 (best) BASIC12.43□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 Mterf1a-201ENSMUST00000044746 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.43□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 Cdc37l1-201ENSMUST00000050148 5179 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.43□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 Cyb5b-201ENSMUST00000034400 4316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.43□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 Vmn1r193-202ENSMUST00000227457 6429 ntAPPRIS P1 BASIC12.43□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 Synj2-203ENSMUST00000115784 2634 ntTSL 1 (best) BASIC12.43□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 6230400D17Rik-201ENSMUST00000180987 1554 ntTSL 1 (best) BASIC12.43□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 Ldha-202ENSMUST00000048209 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.43□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 Stk10-201ENSMUST00000102821 5026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.43□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 Zfp532-202ENSMUST00000169679 5003 ntTSL 5 BASIC12.43□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 Pla2g4c-201ENSMUST00000043612 3382 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.43□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 Arpp21-223ENSMUST00000162097 3952 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.43□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 Ccdc94-201ENSMUST00000086869 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.43□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 Pcgf2-206ENSMUST00000169807 2347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.43□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 Ackr3-201ENSMUST00000065587 3065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.43□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 Lck-208ENSMUST00000167288 2074 ntTSL 5 BASIC12.43□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 Gm37954-201ENSMUST00000195400 2071 ntBASIC12.43□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 Olfr1511-202ENSMUST00000214168 1468 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.43□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 Sgpp2-201ENSMUST00000036172 4002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.43□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 Gm14819-201ENSMUST00000101645 928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.43□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 Gm10486-201ENSMUST00000101647 924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.43□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 Gm14632-201ENSMUST00000101654 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.43□□□□□ -0.42
Rnf40Q3U319 Gm15172-201ENSMUST00000118945 1046 ntBASIC12.43□□□□□ -0.42
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 47 ms