Protein–RNA interactions for Protein: Q05722

Col9a1, Collagen alpha-1(IX) chain, mousemouse

Predictions only

Length 921 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col9a1Q05722 Smad6-203ENSMUST00000179458 273 ntBASIC20.52■□□□□ 0.88
Col9a1Q05722 Rab6b-202ENSMUST00000189134 716 ntTSL 3 BASIC20.52■□□□□ 0.88
Col9a1Q05722 5830487J09Rik-201ENSMUST00000198600 1256 ntTSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.88
Col9a1Q05722 Ctf1-204ENSMUST00000206506 784 ntTSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
Col9a1Q05722 Fgf8-202ENSMUST00000026241 1168 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
Col9a1Q05722 Tmem54-201ENSMUST00000030575 1064 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
Col9a1Q05722 Mthfs-201ENSMUST00000085256 816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
Col9a1Q05722 Txnrd2-216ENSMUST00000206606 1809 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
Col9a1Q05722 Mef2a-201ENSMUST00000032776 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
Col9a1Q05722 Eri3-201ENSMUST00000037127 1719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
Col9a1Q05722 Cldn5-201ENSMUST00000043577 1414 ntAPPRIS P1 BASIC20.52■□□□□ 0.87
Col9a1Q05722 Tspan33-202ENSMUST00000115250 1977 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.87
Col9a1Q05722 Tsen34-204ENSMUST00000108630 1779 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
Col9a1Q05722 Foxa2-202ENSMUST00000109964 2070 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
Col9a1Q05722 4930519A11Rik-202ENSMUST00000221053 667 ntTSL 3 BASIC20.51■□□□□ 0.87
Col9a1Q05722 Paox-202ENSMUST00000097967 1024 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
Col9a1Q05722 Clptm1l-201ENSMUST00000022102 2340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
Col9a1Q05722 Slc25a33-201ENSMUST00000105686 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
Col9a1Q05722 Crlf2-203ENSMUST00000200284 1405 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
Col9a1Q05722 Sccpdh-201ENSMUST00000040538 1948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
Col9a1Q05722 0610010K14Rik-207ENSMUST00000108577 659 ntTSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
Col9a1Q05722 Rpusd3-202ENSMUST00000113092 1269 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
Col9a1Q05722 Prodh-206ENSMUST00000139861 677 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
Col9a1Q05722 Prss21-201ENSMUST00000024928 1094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
Col9a1Q05722 H2-Ab1-201ENSMUST00000040828 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
Col9a1Q05722 Wbp1-201ENSMUST00000032111 1419 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
Col9a1Q05722 Actr3b-201ENSMUST00000088244 1712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
Col9a1Q05722 Hoxd4-202ENSMUST00000111980 1494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
Col9a1Q05722 AC117245.4-201ENSMUST00000217388 1646 ntBASIC20.49■□□□□ 0.87
Col9a1Q05722 Rcan1-202ENSMUST00000060005 2324 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
Col9a1Q05722 Ei24-201ENSMUST00000115086 2220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
Col9a1Q05722 2210408F21Rik-208ENSMUST00000144612 450 ntTSL 3 BASIC20.49■□□□□ 0.87
Col9a1Q05722 Smim10l1-204ENSMUST00000191462 574 ntTSL 3 BASIC20.49■□□□□ 0.87
Col9a1Q05722 Gm45148-201ENSMUST00000208578 513 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
Col9a1Q05722 Gm18101-201ENSMUST00000215769 548 ntBASIC20.49■□□□□ 0.87
Col9a1Q05722 Gm10153-201ENSMUST00000084415 522 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
Col9a1Q05722 Gpr137-202ENSMUST00000099774 1434 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
Col9a1Q05722 Gm26995-201ENSMUST00000182216 1306 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
Col9a1Q05722 Tmem230-201ENSMUST00000028816 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
Col9a1Q05722 A030001D20Rik-201ENSMUST00000211533 1542 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
Col9a1Q05722 Stambp-207ENSMUST00000206592 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
Col9a1Q05722 Zfp64-202ENSMUST00000109161 1009 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
Col9a1Q05722 Gmcl1-202ENSMUST00000113679 960 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
Col9a1Q05722 Smim27-201ENSMUST00000129758 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
Col9a1Q05722 Gm28050-202ENSMUST00000131029 663 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
Col9a1Q05722 Gm10209-201ENSMUST00000203397 1607 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
Col9a1Q05722 Cdkn1c-202ENSMUST00000167912 1888 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
Col9a1Q05722 Arhgap27os2-201ENSMUST00000123812 1390 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
Col9a1Q05722 Gm25925-201ENSMUST00000158314 306 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
Col9a1Q05722 Cuta-201ENSMUST00000025027 639 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
Col9a1Q05722 Fxn-201ENSMUST00000081333 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
Col9a1Q05722 Gsg1-201ENSMUST00000087729 1307 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
Col9a1Q05722 Timmdc1-201ENSMUST00000002925 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
Col9a1Q05722 Tnnt2-202ENSMUST00000112085 1076 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
Col9a1Q05722 Tnnt2-203ENSMUST00000112086 1094 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
Col9a1Q05722 Tnnt2-204ENSMUST00000112087 1112 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
Col9a1Q05722 Atraid-201ENSMUST00000013766 966 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
Col9a1Q05722 Tnnt2-206ENSMUST00000178854 1076 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
Col9a1Q05722 Tnnt2-211ENSMUST00000189355 1112 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
Col9a1Q05722 Tnnt2-212ENSMUST00000189732 1123 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
Col9a1Q05722 Samd13-205ENSMUST00000197989 591 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
Col9a1Q05722 Smim15-206ENSMUST00000226042 1092 ntAPPRIS P1 BASIC20.46■□□□□ 0.87
Col9a1Q05722 Gm29394-202ENSMUST00000176935 1326 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
Col9a1Q05722 Tk2-205ENSMUST00000212275 1507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
Col9a1Q05722 Art5-201ENSMUST00000094128 1518 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
Col9a1Q05722 Polr2j-202ENSMUST00000111127 900 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
Col9a1Q05722 Gm2479-201ENSMUST00000173312 1053 ntTSL 3 BASIC20.45■□□□□ 0.86
Col9a1Q05722 Gm27741-201ENSMUST00000185060 237 ntBASIC20.45■□□□□ 0.86
Col9a1Q05722 Gm40460-201ENSMUST00000211591 735 ntAPPRIS P1 BASIC20.45■□□□□ 0.86
Col9a1Q05722 Zfp422-201ENSMUST00000057540 2375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
Col9a1Q05722 Mad2l2-201ENSMUST00000030860 1535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
Col9a1Q05722 Tomm6-201ENSMUST00000113301 594 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
Col9a1Q05722 Gm12473-201ENSMUST00000137535 579 ntTSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
Col9a1Q05722 Gm37856-201ENSMUST00000191634 999 ntBASIC20.44■□□□□ 0.86
Col9a1Q05722 Gng3-201ENSMUST00000096259 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
Col9a1Q05722 Xkr7-201ENSMUST00000037235 2711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
Col9a1Q05722 Nckap5los-201ENSMUST00000159738 1712 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
Col9a1Q05722 Slc25a38-201ENSMUST00000035106 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
Col9a1Q05722 Fam126a-206ENSMUST00000197617 2288 ntTSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
Col9a1Q05722 Gm9988-201ENSMUST00000069786 435 ntBASIC20.43■□□□□ 0.86
Col9a1Q05722 Slc36a4-202ENSMUST00000115588 1745 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
Col9a1Q05722 Six3-201ENSMUST00000162695 2838 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
Col9a1Q05722 Iffo2-203ENSMUST00000174078 5716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
Col9a1Q05722 Kctd17-206ENSMUST00000162517 901 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
Col9a1Q05722 A730015C16Rik-201ENSMUST00000164855 1221 ntAPPRIS P1 BASIC20.42■□□□□ 0.86
Col9a1Q05722 Kctd17-209ENSMUST00000166142 826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
Col9a1Q05722 Myadml2-201ENSMUST00000026134 931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
Col9a1Q05722 BC022687-201ENSMUST00000037014 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
Col9a1Q05722 Polr1c-201ENSMUST00000087026 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
Col9a1Q05722 Lgals3-201ENSMUST00000142734 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
Col9a1Q05722 Ubald2-201ENSMUST00000057676 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
Col9a1Q05722 Ptf1a-201ENSMUST00000028068 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
Col9a1Q05722 Rab3ip-203ENSMUST00000219109 1844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
Col9a1Q05722 Dbp-201ENSMUST00000080885 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
Col9a1Q05722 1700030C12Rik-201ENSMUST00000101462 858 ntTSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
Col9a1Q05722 Gm11643-201ENSMUST00000119578 864 ntBASIC20.41■□□□□ 0.86
Col9a1Q05722 Dsg2-203ENSMUST00000121837 953 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
Col9a1Q05722 1700018M17Rik-201ENSMUST00000052502 456 ntBASIC20.41■□□□□ 0.86
Col9a1Q05722 Vkorc1l1-202ENSMUST00000073945 650 ntTSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
Col9a1Q05722 Mogs-201ENSMUST00000032114 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 17.9 ms