Protein–RNA interactions for Protein: Q61069

Usf1, Upstream stimulatory factor 1, mousemouse

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Length 310 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usf1Q61069 Gm8701-201ENSMUST00000169259 874 ntBASIC10.76□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 Gm10320-201ENSMUST00000170205 527 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC10.76□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 Gm26989-201ENSMUST00000182608 749 ntBASIC10.76□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 Gm28937-201ENSMUST00000185413 695 ntBASIC10.76□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 Gm29400-201ENSMUST00000187208 695 ntBASIC10.76□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 Gm28662-201ENSMUST00000188446 695 ntBASIC10.76□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 Gm28251-201ENSMUST00000188835 695 ntBASIC10.76□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 Gm35025-203ENSMUST00000193519 634 ntTSL 3 BASIC10.76□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 Gm37318-201ENSMUST00000194325 695 ntBASIC10.76□□□□□ -0.69
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Usf1Q61069 Gm37287-201ENSMUST00000195449 695 ntBASIC10.76□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 Gm37793-201ENSMUST00000195548 695 ntBASIC10.76□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 Gm43552-201ENSMUST00000196121 365 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC10.76□□□□□ -0.69
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Usf1Q61069 AC114645.1-201ENSMUST00000215831 187 ntBASIC10.76□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 Gm19046-201ENSMUST00000221263 1298 ntBASIC10.76□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 Dydc2-201ENSMUST00000022316 818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.76□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 Usp3-205ENSMUST00000127569 5607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.76□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 Gtf3c4-201ENSMUST00000037117 6941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.76□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 Bysl-201ENSMUST00000024783 3854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.76□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 Cdc37l1-207ENSMUST00000225210 4163 ntAPPRIS ALT2 BASIC10.76□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 4930550L24Rik-201ENSMUST00000062542 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.76□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 Ptgr2-208ENSMUST00000147363 1869 ntTSL 1 (best) BASIC10.76□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 Aspg-201ENSMUST00000079400 2722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.76□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 Dab2ip-209ENSMUST00000135741 4128 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.76□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 Gpr132-201ENSMUST00000021729 2478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.76□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 Ripor1-201ENSMUST00000043531 4108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.76□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 Etaa1-201ENSMUST00000076661 4185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.76□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 Kalrn-201ENSMUST00000076810 8940 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC10.76□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 Urgcp-202ENSMUST00000093362 5089 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC10.76□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 Zfyve28-201ENSMUST00000094868 3983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.75□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 4930465M20Rik-201ENSMUST00000130564 1446 ntTSL 1 (best) BASIC10.75□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 5430405H02Rik-201ENSMUST00000153616 1431 ntTSL 1 (best) BASIC10.75□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 Otx2-209ENSMUST00000226501 2592 ntAPPRIS P1 BASIC10.75□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 Slc10a3-204ENSMUST00000114147 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC10.75□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 Nfic-202ENSMUST00000078185 3163 ntTSL 5 BASIC10.75□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 Snai2-201ENSMUST00000023356 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.75□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 Afmid-201ENSMUST00000073388 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.75□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 Unc5c-202ENSMUST00000106236 9646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.75□□□□□ -0.69
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Usf1Q61069 Stk10-201ENSMUST00000102821 5026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.75□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 Tpm1-201ENSMUST00000030185 1797 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC10.75□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 Btnl4-201ENSMUST00000065841 1761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC10.75□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 Csrnp1-204ENSMUST00000215916 2956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.75□□□□□ -0.69
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Usf1Q61069 Hnrnpdl-202ENSMUST00000128187 2752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.75□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 Atg7-210ENSMUST00000182793 2459 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.75□□□□□ -0.69
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Usf1Q61069 Scn5a-202ENSMUST00000117911 8453 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.75□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 Pcdh15-238ENSMUST00000193739 5034 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC10.75□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 Gm2000-201ENSMUST00000102782 445 ntAPPRIS P1 BASIC10.75□□□□□ -0.69
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Usf1Q61069 Spaca9-202ENSMUST00000124840 699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.75□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 Gm15409-201ENSMUST00000135240 520 ntTSL 2 BASIC10.75□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 9430093N23Rik-201ENSMUST00000152494 515 ntTSL 1 (best) BASIC10.75□□□□□ -0.69
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Usf1Q61069 Mir17hg-201ENSMUST00000134140 3536 ntTSL 1 (best) BASIC10.75□□□□□ -0.69
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Usf1Q61069 Tmem25-202ENSMUST00000114705 2649 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.75□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 Arhgap27-204ENSMUST00000107024 3976 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC10.75□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 Tsku-207ENSMUST00000206414 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.75□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 Ifi47-201ENSMUST00000046704 1690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.75□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 Zcchc18-202ENSMUST00000101227 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.75□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 Tmem8b-201ENSMUST00000107864 4726 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC10.75□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 Chrdl1-203ENSMUST00000112878 4050 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC10.75□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 Zfp558-202ENSMUST00000034647 1701 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC10.75□□□□□ -0.69
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Usf1Q61069 Olfr533-206ENSMUST00000217179 2825 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC10.75□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 E330011O21Rik-202ENSMUST00000209498 1403 ntTSL 5 BASIC10.75□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 Slitrk3-201ENSMUST00000059407 3587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.75□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 Smarca2-216ENSMUST00000176769 5703 ntTSL 5 BASIC10.75□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 Tbc1d2-201ENSMUST00000084621 4315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.75□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 Gm39377-201ENSMUST00000214587 2533 ntTSL 5 BASIC10.75□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 Zfp467-206ENSMUST00000114561 3619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.75□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 Gm7002-201ENSMUST00000221386 2165 ntBASIC10.75□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 Nrf1-210ENSMUST00000115211 3295 ntTSL 1 (best) BASIC10.75□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 Hp1bp3-201ENSMUST00000030541 3311 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.74□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 Riox2-206ENSMUST00000160571 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.74□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 Has3-203ENSMUST00000176144 4150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.74□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 Sirpa-214ENSMUST00000179001 3812 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC10.74□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 Rai1-203ENSMUST00000102688 6921 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC10.74□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 Abcg5-201ENSMUST00000066175 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.74□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 Celsr3-207ENSMUST00000213524 9930 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.74□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 Gatad2a-206ENSMUST00000212478 3622 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC10.74□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 Arhgef37-201ENSMUST00000171629 3234 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC10.74□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 Khdrbs2-205ENSMUST00000189878 3259 ntTSL 1 (best) BASIC10.74□□□□□ -0.69
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 45.4 ms