Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

Predictions only

Length 1,001 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Gm21854-201ENSMUST00000179901 471 ntBASIC12.49□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Cebpzos-202ENSMUST00000180077 602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.49□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Mir99ahg-211ENSMUST00000183099 1189 ntTSL 1 (best) BASIC12.49□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Ptma-202ENSMUST00000186255 768 ntTSL 2 BASIC12.49□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Gm8099-201ENSMUST00000200510 742 ntBASIC12.49□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Gm43811-201ENSMUST00000202862 695 ntBASIC12.49□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Gm21027-201ENSMUST00000219300 1236 ntBASIC12.49□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Majin-201ENSMUST00000025699 1239 ntTSL 1 (best) BASIC12.49□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Cbx3-202ENSMUST00000094623 1080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.49□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Zfp654-202ENSMUST00000207826 6261 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.49□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Vipr2-201ENSMUST00000011315 3383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.49□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Myo7a-204ENSMUST00000107128 7506 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.49□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Cd276-201ENSMUST00000039788 3186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.49□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Fyb2-202ENSMUST00000106804 3068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.49□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Hs6st2-201ENSMUST00000088172 4318 ntTSL 1 (best) BASIC12.49□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 4833422M21Rik-202ENSMUST00000181252 2410 ntTSL 1 (best) BASIC12.49□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Rasal2-204ENSMUST00000132699 4013 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.49□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Phka2-203ENSMUST00000112377 3947 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.49□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Kcnh3-201ENSMUST00000041415 3583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.49□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Atp4a-204ENSMUST00000170371 3447 ntTSL 1 (best) BASIC12.49□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Kars-201ENSMUST00000034426 2008 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.49□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Pigb-206ENSMUST00000184035 3221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.49□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Zfp189-202ENSMUST00000107696 2965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.48□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Ifi47-202ENSMUST00000109202 1773 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.48□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Fnbp1-202ENSMUST00000075326 1761 ntTSL 5 BASIC12.48□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Phf24-202ENSMUST00000107975 6494 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.48□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Mpl-202ENSMUST00000102671 2934 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.48□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Pphln1-201ENSMUST00000049122 4023 ntTSL 1 (best) BASIC12.48□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Gm6992-201ENSMUST00000217973 1607 ntBASIC12.48□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Tspan18-202ENSMUST00000111265 3751 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.48□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Pck1-201ENSMUST00000029017 2661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.48□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 1700030J22Rik-202ENSMUST00000213068 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.48□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Eci2-211ENSMUST00000171229 1426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.48□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Ube2j2-204ENSMUST00000105582 1394 ntTSL 1 (best) BASIC12.48□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Gm43216-201ENSMUST00000196295 1333 ntBASIC12.48□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Fgf17-202ENSMUST00000227123 1336 ntBASIC12.48□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Atg9b-201ENSMUST00000059401 3902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.48□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Iqsec1-201ENSMUST00000101151 6490 ntTSL 5 BASIC12.48□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Acvr1c-203ENSMUST00000112607 1266 ntTSL 5 BASIC12.48□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Eef1akmt4-201ENSMUST00000115522 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.48□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Gm13924-201ENSMUST00000119899 486 ntBASIC12.48□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Gm12036-201ENSMUST00000120008 530 ntBASIC12.48□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Gm11835-201ENSMUST00000120635 663 ntBASIC12.48□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 C030047K22Rik-201ENSMUST00000150382 1164 ntTSL 1 (best) BASIC12.48□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Sf3a2-204ENSMUST00000151928 781 ntTSL 5 BASIC12.48□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Styxl1-207ENSMUST00000177559 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.48□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Gm26609-201ENSMUST00000181302 852 ntTSL 5 BASIC12.48□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Gm9022-201ENSMUST00000182482 992 ntBASIC12.48□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Ccdc159-204ENSMUST00000216710 1126 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.48□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Med10-201ENSMUST00000022089 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.48□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 1700011B04Rik-206ENSMUST00000221013 824 ntTSL 5 BASIC12.48□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 AC147628.1-201ENSMUST00000228193 688 ntBASIC12.48□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Bpifa1-201ENSMUST00000028985 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.48□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Cmtm5-201ENSMUST00000037814 1095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.48□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Spsb2-201ENSMUST00000047760 1213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.48□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Pmis2-201ENSMUST00000051495 699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.48□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Olfr311-201ENSMUST00000071625 927 ntAPPRIS P1 BASIC12.48□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Susd4-201ENSMUST00000085724 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.48□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Rnf151-201ENSMUST00000008626 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.48□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Trappc3l-201ENSMUST00000095758 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.48□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Olfr1098-201ENSMUST00000099872 948 ntAPPRIS P1 BASIC12.48□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Fnip1-201ENSMUST00000046835 6255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.48□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Corin-207ENSMUST00000177290 2943 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.48□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Tmc7-201ENSMUST00000044195 4546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.48□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Crybg3-205ENSMUST00000172910 2870 ntTSL 5 BASIC12.48□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Dcaf4-201ENSMUST00000021645 2008 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC12.48□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Tgm2-201ENSMUST00000103122 3596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.48□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Ablim1-211ENSMUST00000111555 2562 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.48□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Dennd1c-201ENSMUST00000011623 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.48□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Zfp518b-203ENSMUST00000179555 6816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.48□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Sema4a-201ENSMUST00000029700 3205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.48□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Bzw1-201ENSMUST00000050552 3876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.48□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Aldh3a1-202ENSMUST00000108716 1721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.48□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Bach2os-201ENSMUST00000126225 1661 ntTSL 1 (best) BASIC12.48□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Tmx2-203ENSMUST00000111665 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.48□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Ugt1a10-201ENSMUST00000113142 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.47□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 2310043M15Rik-201ENSMUST00000180967 1580 ntTSL 1 (best) BASIC12.47□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Exoc3l4-201ENSMUST00000072646 2778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.47□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Cacna1s-201ENSMUST00000112064 6251 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC12.47□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Celf1-204ENSMUST00000111448 4432 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC12.47□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Tcf7l2-207ENSMUST00000111653 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.47□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Zscan10-205ENSMUST00000120967 2609 ntTSL 1 (best) BASIC12.47□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Acta1-201ENSMUST00000034453 1446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.47□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Kalrn-206ENSMUST00000114954 4677 ntTSL 1 (best) BASIC12.47□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Gm8522-201ENSMUST00000118416 1929 ntBASIC12.47□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Acrbp-202ENSMUST00000088294 1883 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.47□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Ppp1r1a-201ENSMUST00000023133 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.47□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Ktn1-220ENSMUST00000190252 4436 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.47□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Mbtps2-203ENSMUST00000112522 3891 ntTSL 2 BASIC12.47□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Mbtps2-208ENSMUST00000179062 3890 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.47□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Art2b-202ENSMUST00000209526 2819 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.47□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Bola2-202ENSMUST00000106369 642 ntTSL 1 (best) BASIC12.47□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Gm45799-201ENSMUST00000106785 367 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC12.47□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Gm15371-201ENSMUST00000117057 784 ntBASIC12.47□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Gm12788-201ENSMUST00000119090 308 ntBASIC12.47□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Gm14426-201ENSMUST00000128562 249 ntTSL 3 BASIC12.47□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Haghl-206ENSMUST00000138759 1074 ntTSL 1 (best) BASIC12.47□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 2210406O10Rik-203ENSMUST00000149687 1198 ntTSL 1 (best) BASIC12.47□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Gm22121-201ENSMUST00000175148 54 ntBASIC12.47□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Gm38161-201ENSMUST00000195344 576 ntTSL 2 BASIC12.47□□□□□ -0.41
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 66.3 ms