Protein–RNA interactions for Protein: Q8C9S8

Atg4a, Cysteine protease ATG4A, mousemouse

Predictions only

Length 396 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Atg4aQ8C9S8 1700001C19Rik-201ENSMUST00000061885 1622 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
Atg4aQ8C9S8 Atg3-201ENSMUST00000023343 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
Atg4aQ8C9S8 Espn-207ENSMUST00000105653 1411 ntTSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
Atg4aQ8C9S8 Picalm-205ENSMUST00000207225 3489 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
Atg4aQ8C9S8 Fkbp1b-201ENSMUST00000020964 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
Atg4aQ8C9S8 4930527J03Rik-201ENSMUST00000094270 543 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
Atg4aQ8C9S8 Kcnip2-202ENSMUST00000079431 2302 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
Atg4aQ8C9S8 Actr3b-201ENSMUST00000088244 1712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
Atg4aQ8C9S8 Nsmf-213ENSMUST00000140737 862 ntTSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
Atg4aQ8C9S8 8430422M14Rik-201ENSMUST00000199608 822 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
Atg4aQ8C9S8 AC093043.1-201ENSMUST00000226700 898 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
Atg4aQ8C9S8 Hnrnpa3-204ENSMUST00000111964 1654 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
Atg4aQ8C9S8 Zfp69-201ENSMUST00000106280 2362 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
Atg4aQ8C9S8 Rem1-201ENSMUST00000000369 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
Atg4aQ8C9S8 Zfp598-201ENSMUST00000047179 3286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
Atg4aQ8C9S8 Gm9959-201ENSMUST00000068277 390 ntBASIC25.3■■□□□ 1.64
Atg4aQ8C9S8 Hist2h2ab-201ENSMUST00000073115 444 ntAPPRIS P1 BASIC25.3■■□□□ 1.64
Atg4aQ8C9S8 Notum-203ENSMUST00000106178 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
Atg4aQ8C9S8 B430319F04Rik-201ENSMUST00000209731 2669 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
Atg4aQ8C9S8 Zfp346-202ENSMUST00000159147 1146 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
Atg4aQ8C9S8 Rem2-201ENSMUST00000164697 1194 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
Atg4aQ8C9S8 Sumf1-203ENSMUST00000167338 1044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
Atg4aQ8C9S8 Zfp523-201ENSMUST00000002318 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
Atg4aQ8C9S8 Kif1bp-202ENSMUST00000159704 2622 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
Atg4aQ8C9S8 Rnf26-206ENSMUST00000216511 2257 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
Atg4aQ8C9S8 Foxe1-201ENSMUST00000095097 2804 ntAPPRIS P1 BASIC25.28■■□□□ 1.64
Atg4aQ8C9S8 Vamp4-204ENSMUST00000135241 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
Atg4aQ8C9S8 Ccnjl-201ENSMUST00000050574 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
Atg4aQ8C9S8 Slc36a4-202ENSMUST00000115588 1745 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
Atg4aQ8C9S8 AC164424.2-201ENSMUST00000223281 725 ntTSL 3 BASIC25.27■■□□□ 1.64
Atg4aQ8C9S8 Spry1-203ENSMUST00000108109 2451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
Atg4aQ8C9S8 Spry1-201ENSMUST00000038569 2481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
Atg4aQ8C9S8 Bcl3-201ENSMUST00000120537 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
Atg4aQ8C9S8 Spast-202ENSMUST00000224711 2066 ntAPPRIS ALT2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
Atg4aQ8C9S8 Dedd-203ENSMUST00000111299 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
Atg4aQ8C9S8 Pkm-201ENSMUST00000034834 2432 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
Atg4aQ8C9S8 Mapk11-201ENSMUST00000088823 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
Atg4aQ8C9S8 Gm43653-201ENSMUST00000198136 1608 ntTSL 3 BASIC25.26■■□□□ 1.63
Atg4aQ8C9S8 Tbxa2r-201ENSMUST00000105325 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
Atg4aQ8C9S8 Alx3-201ENSMUST00000014747 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
Atg4aQ8C9S8 Camk2b-201ENSMUST00000002817 1872 ntTSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
Atg4aQ8C9S8 Socs2-202ENSMUST00000119917 948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
Atg4aQ8C9S8 Nars2-202ENSMUST00000107159 1777 ntTSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
Atg4aQ8C9S8 Kcnk1-201ENSMUST00000046765 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
Atg4aQ8C9S8 Sp5-201ENSMUST00000100043 2100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
Atg4aQ8C9S8 Cntfr-203ENSMUST00000102961 1995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
Atg4aQ8C9S8 Rasl11b-201ENSMUST00000051937 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
Atg4aQ8C9S8 Dennd5a-202ENSMUST00000106722 4862 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
Atg4aQ8C9S8 Becn1-217ENSMUST00000172233 1493 ntTSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
Atg4aQ8C9S8 Kcnip3-202ENSMUST00000088538 1296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
Atg4aQ8C9S8 Ppp1r14c-201ENSMUST00000043374 2617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
Atg4aQ8C9S8 Hmg20b-202ENSMUST00000105323 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
Atg4aQ8C9S8 1700020G03Rik-201ENSMUST00000211264 889 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
Atg4aQ8C9S8 Thoc6-201ENSMUST00000047436 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
Atg4aQ8C9S8 Slc39a7-203ENSMUST00000169397 2107 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
Atg4aQ8C9S8 Pdp1-204ENSMUST00000108299 2588 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
Atg4aQ8C9S8 Tsc22d1-203ENSMUST00000101618 1043 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
Atg4aQ8C9S8 Osbpl2-201ENSMUST00000040668 2805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
Atg4aQ8C9S8 Klc3-201ENSMUST00000047170 1901 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
Atg4aQ8C9S8 Cnpy3-201ENSMUST00000059844 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
Atg4aQ8C9S8 Faap24-201ENSMUST00000032704 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
Atg4aQ8C9S8 Fbxw2-202ENSMUST00000091020 1838 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
Atg4aQ8C9S8 Qtrt1-201ENSMUST00000002902 1316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
Atg4aQ8C9S8 Cep97-205ENSMUST00000121703 609 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
Atg4aQ8C9S8 Anp32e-210ENSMUST00000171368 878 ntTSL 3 BASIC25.21■■□□□ 1.63
Atg4aQ8C9S8 Socs1-201ENSMUST00000038099 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
Atg4aQ8C9S8 Xpa-202ENSMUST00000058232 1241 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
Atg4aQ8C9S8 Nr5a1-202ENSMUST00000112883 2994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
Atg4aQ8C9S8 Aebp2-203ENSMUST00000095350 2575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
Atg4aQ8C9S8 Fbxo24-201ENSMUST00000031732 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
Atg4aQ8C9S8 Ntf5-201ENSMUST00000058879 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
Atg4aQ8C9S8 Ski-201ENSMUST00000030917 5522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
Atg4aQ8C9S8 Gab2-202ENSMUST00000206791 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
Atg4aQ8C9S8 AC122428.2-201ENSMUST00000216321 1832 ntBASIC25.19■■□□□ 1.62
Atg4aQ8C9S8 Bspry-201ENSMUST00000030088 1757 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
Atg4aQ8C9S8 Picalm-212ENSMUST00000208730 3427 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
Atg4aQ8C9S8 Snrpa1-206ENSMUST00000153609 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
Atg4aQ8C9S8 Etf1-202ENSMUST00000180351 108 ntBASIC25.19■■□□□ 1.62
Atg4aQ8C9S8 Gm10685-201ENSMUST00000196120 433 ntTSL 3 BASIC25.19■■□□□ 1.62
Atg4aQ8C9S8 Raver2-202ENSMUST00000106955 2893 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
Atg4aQ8C9S8 Ubtf-201ENSMUST00000006754 3213 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
Atg4aQ8C9S8 Gm43006-201ENSMUST00000197702 1602 ntBASIC25.19■■□□□ 1.62
Atg4aQ8C9S8 Snhg20-203ENSMUST00000182811 2153 ntBASIC25.18■■□□□ 1.62
Atg4aQ8C9S8 Cacnb1-205ENSMUST00000107562 1745 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
Atg4aQ8C9S8 Slc9a3r2-201ENSMUST00000002572 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
Atg4aQ8C9S8 Zfp653-202ENSMUST00000179605 1888 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
Atg4aQ8C9S8 Tmem178-201ENSMUST00000025092 1696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
Atg4aQ8C9S8 Cnrip1-201ENSMUST00000058159 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
Atg4aQ8C9S8 Pbx1-201ENSMUST00000064438 1020 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
Atg4aQ8C9S8 4930507D05Rik-201ENSMUST00000181110 1834 ntAPPRIS P1 BASIC25.18■■□□□ 1.62
Atg4aQ8C9S8 Zfp36l1-202ENSMUST00000165114 1934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
Atg4aQ8C9S8 Snx5-201ENSMUST00000028909 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
Atg4aQ8C9S8 Letm2-209ENSMUST00000210810 1538 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
Atg4aQ8C9S8 Thap11-201ENSMUST00000040445 1819 ntAPPRIS P1 BASIC25.17■■□□□ 1.62
Atg4aQ8C9S8 Sdhaf1-201ENSMUST00000098586 2490 ntAPPRIS P1 BASIC25.17■■□□□ 1.62
Atg4aQ8C9S8 Gm45102-201ENSMUST00000207427 857 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
Atg4aQ8C9S8 Pgp-201ENSMUST00000053024 1027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
Atg4aQ8C9S8 Lsm12-201ENSMUST00000021297 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
Atg4aQ8C9S8 Gm10125-201ENSMUST00000074702 2286 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
Atg4aQ8C9S8 Gm9934-201ENSMUST00000098303 2077 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 16 ms