Protein–RNA interactions for Protein: Q61069

Usf1, Upstream stimulatory factor 1, mousemouse

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Length 310 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usf1Q61069 E130018N17Rik-201ENSMUST00000129713 1309 ntTSL 1 (best) BASIC10.98□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Asph-202ENSMUST00000078139 6694 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.98□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Sde2-201ENSMUST00000038091 3213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.98□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Myh6-205ENSMUST00000226297 6008 ntAPPRIS P1 BASIC10.98□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Fbxl12-203ENSMUST00000131128 4182 ntTSL 1 (best) BASIC10.98□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Sp2-201ENSMUST00000062652 2367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.98□□□□□ -0.65
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Usf1Q61069 Tmem62-202ENSMUST00000110686 2417 ntTSL 1 (best) BASIC10.98□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Ltbp4-204ENSMUST00000118961 3444 ntTSL 1 (best) BASIC10.98□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Shisa9-202ENSMUST00000170672 3421 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC10.98□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 4930588G17Rik-201ENSMUST00000208075 1474 ntTSL 1 (best) BASIC10.98□□□□□ -0.65
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Usf1Q61069 Ecsit-204ENSMUST00000180180 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.98□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Evi5l-202ENSMUST00000176072 3932 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC10.98□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Pitpnm3-202ENSMUST00000108508 6450 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.98□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Slc38a7-204ENSMUST00000212270 3315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.97□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Ctdspl2-204ENSMUST00000110578 3386 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC10.97□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Ap2a1-203ENSMUST00000166972 3449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.97□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Asl-202ENSMUST00000159619 2088 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC10.97□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Tcf4-204ENSMUST00000114978 2437 ntTSL 1 (best) BASIC10.97□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Proser3-202ENSMUST00000108165 2466 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC10.97□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Slc6a20a-201ENSMUST00000040960 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.97□□□□□ -0.65
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Usf1Q61069 E130308A19Rik-201ENSMUST00000052420 3205 ntTSL 1 (best) BASIC10.97□□□□□ -0.65
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Usf1Q61069 Cd109-201ENSMUST00000093812 5860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.97□□□□□ -0.65
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Usf1Q61069 Zfp219-202ENSMUST00000166169 3017 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC10.97□□□□□ -0.65
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Usf1Q61069 Rbpjl-201ENSMUST00000017151 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.96□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Zyg11a-203ENSMUST00000223127 2283 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC10.96□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Fcrls-201ENSMUST00000090986 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.96□□□□□ -0.65
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Usf1Q61069 Mrvi1-201ENSMUST00000005751 6198 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.96□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Ppm1l-201ENSMUST00000029355 9417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.96□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Ppip5k1-202ENSMUST00000110625 5226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC10.96□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Fam71f1-201ENSMUST00000090487 1584 ntTSL 1 (best) BASIC10.96□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Snhg18-201ENSMUST00000181536 1486 ntTSL 1 (best) BASIC10.96□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Stk25-201ENSMUST00000027498 4249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.96□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Prickle1-202ENSMUST00000109255 4144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.96□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Ighv7-2-201ENSMUST00000103462 354 ntAPPRIS ALT2 BASIC10.96□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Gm11980-201ENSMUST00000121445 986 ntBASIC10.96□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Gm21972-201ENSMUST00000135197 776 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC10.96□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Gm44793-201ENSMUST00000136923 582 ntTSL 2 BASIC10.96□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Elof1-202ENSMUST00000166335 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.96□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Trub2-210ENSMUST00000177467 744 ntTSL 3 BASIC10.96□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Gm8888-201ENSMUST00000177677 381 ntAPPRIS P1 BASIC10.96□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Gm4310-201ENSMUST00000177847 889 ntBASIC10.96□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Gm5621-201ENSMUST00000187303 640 ntBASIC10.96□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Gm29083-201ENSMUST00000189205 733 ntTSL 3 BASIC10.96□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Gm37458-201ENSMUST00000194055 410 ntBASIC10.96□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Gm5100-201ENSMUST00000195631 589 ntBASIC10.96□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Gm43634-201ENSMUST00000202671 675 ntTSL 3 BASIC10.96□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Gm35368-201ENSMUST00000209554 1244 ntTSL 5 BASIC10.96□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Gm9139-201ENSMUST00000218817 700 ntBASIC10.96□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 AC102368.1-201ENSMUST00000227161 892 ntBASIC10.96□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Them5-201ENSMUST00000029794 1251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.96□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Rpl10-ps3-201ENSMUST00000076364 768 ntAPPRIS P1 BASIC10.96□□□□□ -0.65
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 47.7 ms