Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

Predictions only

Length 1,001 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Rragd-202ENSMUST00000084747 4295 ntTSL 5 BASIC12.95□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 Cpa5-201ENSMUST00000062758 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.95□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 Nrd1-203ENSMUST00000106644 3784 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.95□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 Rbm6-201ENSMUST00000035201 3999 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.95□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 Fuz-213ENSMUST00000209039 1453 ntTSL 5 BASIC12.95□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 Lrrn4-201ENSMUST00000049787 3715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.95□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 Cog3-203ENSMUST00000227473 4197 ntBASIC12.95□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 1700030J22Rik-201ENSMUST00000070577 2976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.95□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 Pitpnm3-202ENSMUST00000108508 6450 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.95□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 Nol3-201ENSMUST00000014920 3176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.95□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 Arfgap1-201ENSMUST00000029092 2714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.95□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 Nefl-201ENSMUST00000022639 3380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.95□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 Olfr1419-202ENSMUST00000213954 2918 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.95□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 Plekhg2-201ENSMUST00000094644 4623 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.95□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 Cdv3-203ENSMUST00000116517 3741 ntTSL 1 (best) BASIC12.95□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 Gnas-203ENSMUST00000087876 3719 ntTSL 1 (best) BASIC12.95□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 Gm13332-201ENSMUST00000120451 1398 ntBASIC12.94□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 Zc3h6-202ENSMUST00000110320 4916 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.94□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 Usp24-201ENSMUST00000094933 10575 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC12.94□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 Cfap77-204ENSMUST00000189711 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.94□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 Zfp810-201ENSMUST00000086278 3238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.94□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 Ces2a-201ENSMUST00000034346 1960 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.94□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 Gm45677-201ENSMUST00000209975 1341 ntBASIC12.94□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 Tbx6-202ENSMUST00000172352 1529 ntTSL 1 (best) BASIC12.94□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 Angpt4-201ENSMUST00000028955 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.94□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 Pla2g4f-201ENSMUST00000054651 3116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.94□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 Limk2-201ENSMUST00000101638 3514 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC12.94□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 Gm20427-201ENSMUST00000168978 3703 ntTSL 2 BASIC12.94□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 Esr1-201ENSMUST00000067086 4344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.94□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 Tpx2-201ENSMUST00000028969 3654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.94□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 Adamts13-201ENSMUST00000014996 3474 ntTSL 1 (best) BASIC12.94□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 Krt33a-201ENSMUST00000018399 1683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.94□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 Gm23935-201ENSMUST00000102303 57 ntBASIC12.94□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 Gm24270-201ENSMUST00000102326 57 ntBASIC12.94□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 Hist1h3e-201ENSMUST00000105107 836 ntAPPRIS P1 BASIC12.94□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 Klra5-202ENSMUST00000118060 1279 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.94□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 Gm14152-201ENSMUST00000127020 1073 ntTSL 1 (best) BASIC12.94□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 Gm11508-201ENSMUST00000129337 440 ntTSL 2 BASIC12.94□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 Nsd3-203ENSMUST00000136107 3818 ntTSL 1 (best) BASIC12.94□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 Dlx1as-202ENSMUST00000137251 647 ntTSL 1 (best) BASIC12.94□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 Nudt6-208ENSMUST00000146324 1264 ntTSL 1 (best) BASIC12.94□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 Klra5-201ENSMUST00000014683 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.94□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 Gm24245-201ENSMUST00000157318 57 ntBASIC12.94□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 4833427G06Rik-201ENSMUST00000170947 973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.94□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 Gm28438-201ENSMUST00000188299 345 ntBASIC12.94□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 Gm37517-201ENSMUST00000194004 1289 ntBASIC12.94□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 Gm44353-201ENSMUST00000200618 138 ntBASIC12.94□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 Myl6-205ENSMUST00000217969 608 ntTSL 2 BASIC12.94□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 CT572999.1-201ENSMUST00000220315 1260 ntBASIC12.94□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 Gm32635-201ENSMUST00000221493 1162 ntTSL 1 (best) BASIC12.94□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 AC154838.2-201ENSMUST00000226602 747 ntBASIC12.94□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 AC132317.1-201ENSMUST00000227227 962 ntBASIC12.94□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 Gzma-201ENSMUST00000023897 878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.94□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 Speer4c-201ENSMUST00000095005 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.94□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 Speer4d-201ENSMUST00000095006 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.94□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 D130043K22Rik-201ENSMUST00000006893 4973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.94□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 Hps1-209ENSMUST00000162061 2608 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.94□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 Acvr1c-201ENSMUST00000028178 9162 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.94□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 Gm19792-201ENSMUST00000222522 2021 ntTSL 5 BASIC12.94□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 Accs-201ENSMUST00000041593 2036 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.94□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 Neu4-201ENSMUST00000050890 4511 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.94□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 Slc45a2-201ENSMUST00000117100 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.94□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 Hmbox1-202ENSMUST00000067843 2931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.94□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 Cryz-208ENSMUST00000192462 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.94□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 Dis3l-201ENSMUST00000068367 3605 ntTSL 1 (best) BASIC12.94□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 Slc9a1-201ENSMUST00000030669 4676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.94□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 Ubxn10-202ENSMUST00000105810 3304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.93□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 Rapgef3-203ENSMUST00000126854 4005 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.93□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 Coq8a-201ENSMUST00000027766 4026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.93□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 Far2-201ENSMUST00000032443 3480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.93□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 Prss22-201ENSMUST00000041649 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.93□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 Gm17230-201ENSMUST00000171194 3942 ntBASIC12.93□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 Fam110b-201ENSMUST00000054857 3210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.93□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 Gm31518-201ENSMUST00000211925 2548 ntTSL 5 BASIC12.93□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 Gper1-201ENSMUST00000066211 2537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.93□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 Gm18227-201ENSMUST00000211082 1468 ntBASIC12.93□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 S100b-201ENSMUST00000036387 1484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.93□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 Gjd4-201ENSMUST00000041007 2661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.93□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 Ltbp2-202ENSMUST00000110254 6602 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.93□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 Evl-204ENSMUST00000172409 1955 ntTSL 1 (best) BASIC12.93□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 Astn1-209ENSMUST00000194369 3344 ntTSL 1 (best) BASIC12.93□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 Gm7489-201ENSMUST00000100666 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.93□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 Gm7336-201ENSMUST00000107041 1232 ntBASIC12.93□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 Gm13394-201ENSMUST00000121658 1000 ntBASIC12.93□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 Gm14760-201ENSMUST00000121831 999 ntBASIC12.93□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 Mitd1-205ENSMUST00000139725 1175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.93□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 Gm13391-202ENSMUST00000147685 816 ntTSL 1 (best) BASIC12.93□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 Cend1-204ENSMUST00000164387 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.93□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 Rims3-204ENSMUST00000171363 977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.93□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 2810047C21Rik1-201ENSMUST00000172930 915 ntBASIC12.93□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 Gm7030-203ENSMUST00000173322 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.93□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 Gm28630-201ENSMUST00000187806 498 ntBASIC12.93□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 Gm38297-201ENSMUST00000195122 1057 ntBASIC12.93□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 Gm4869-201ENSMUST00000197549 2955 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.93□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 Msantd1-204ENSMUST00000212362 798 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.93□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 Colca2-202ENSMUST00000215038 1269 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.93□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 AC073947.2-201ENSMUST00000215888 1130 ntBASIC12.93□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 AC135669.1-202ENSMUST00000216742 540 ntBASIC12.93□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 1700105G05Rik-201ENSMUST00000222238 411 ntTSL 1 (best) BASIC12.93□□□□□ -0.34
Rnf40Q3U319 Trem2-201ENSMUST00000024791 1088 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.93□□□□□ -0.34
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 54.5 ms