Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

Predictions only

Length 1,001 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Tas1r2-201ENSMUST00000030510 3047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Syncrip-210ENSMUST00000174391 6257 ntTSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Mettl7a3-201ENSMUST00000075420 1618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Eif5a2-201ENSMUST00000060500 5027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Krba1-202ENSMUST00000077093 8380 ntTSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Nol4-204ENSMUST00000097651 4549 ntTSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Rnf17-201ENSMUST00000095793 5264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Mfap3l-203ENSMUST00000161421 4142 ntTSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Mlx-202ENSMUST00000107302 1826 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Pmp22-204ENSMUST00000108702 1822 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.09□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Osgin1-201ENSMUST00000098365 1959 ntTSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Hoxb9-202ENSMUST00000174042 2269 ntTSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Asl-203ENSMUST00000160129 2413 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.09□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Arhgef10l-202ENSMUST00000069623 4531 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Aig1-202ENSMUST00000105534 617 ntTSL 5 BASIC13.09□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Krtap4-8-201ENSMUST00000107439 983 ntAPPRIS P1 BASIC13.09□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Sfxn5-203ENSMUST00000113787 638 ntTSL 2 BASIC13.09□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Syt6-203ENSMUST00000118117 1856 ntTSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Gm11779-201ENSMUST00000118541 368 ntBASIC13.09□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Gm11745-201ENSMUST00000121669 448 ntBASIC13.09□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Mir1897-201ENSMUST00000122581 272 ntBASIC13.09□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Mettl5os-201ENSMUST00000129114 667 ntTSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Olfr1038-ps-201ENSMUST00000149775 1209 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.09□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Gm23757-201ENSMUST00000158353 100 ntBASIC13.09□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Ube2i-205ENSMUST00000172587 508 ntTSL 2 BASIC13.09□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Gm8902-201ENSMUST00000174341 1096 ntBASIC13.09□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Dpf3-205ENSMUST00000177801 1092 ntTSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Prpf8-201ENSMUST00000018449 7442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Frmd5-213ENSMUST00000212518 922 ntTSL 5 BASIC13.09□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 4930442G15Rik-201ENSMUST00000213112 1000 ntTSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Gm36435-201ENSMUST00000213341 1178 ntTSL 5 BASIC13.09□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 AC153962.3-202ENSMUST00000217778 1412 ntTSL 5 BASIC13.09□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 CT030194.1-201ENSMUST00000225507 532 ntBASIC13.09□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Dnmbp-201ENSMUST00000026209 4882 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC13.09□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Commd5-201ENSMUST00000068407 1037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Alkbh7-202ENSMUST00000074141 736 ntTSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Slbp-202ENSMUST00000075670 1027 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Gm8225-201ENSMUST00000090257 879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Pkp3-201ENSMUST00000066873 2848 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Mdm4-201ENSMUST00000067398 1914 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Ints6l-207ENSMUST00000186445 3608 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.09□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Serinc2-202ENSMUST00000120126 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.09□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Eif1a-201ENSMUST00000078079 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Tmem56-204ENSMUST00000135818 1336 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Foxs1-201ENSMUST00000099200 1311 ntAPPRIS P1 BASIC13.09□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Lmbr1-201ENSMUST00000055195 4926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Parp9-203ENSMUST00000114878 3548 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Zbtb44-201ENSMUST00000115222 8861 ntTSL 5 BASIC13.09□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Myo5b-203ENSMUST00000121875 6065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.09□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Cul9-204ENSMUST00000182485 7848 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.09□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Mzf1-201ENSMUST00000069289 3597 ntTSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Chrdl1-204ENSMUST00000166406 2605 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Gfm1-201ENSMUST00000077271 4078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Trim46-201ENSMUST00000041022 3122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Aff3-202ENSMUST00000039827 6010 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.08□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Frmpd1-202ENSMUST00000107804 5241 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.08□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Cyp26b1-204ENSMUST00000204146 4495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
Rnf40Q3U319 Slc6a13-201ENSMUST00000064580 2234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
Rnf40Q3U319 Tmem17-201ENSMUST00000059319 1568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
Rnf40Q3U319 Il22ra1-201ENSMUST00000102546 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
Rnf40Q3U319 Plcg1-202ENSMUST00000103115 4435 ntTSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
Rnf40Q3U319 Hdac6-201ENSMUST00000033501 4142 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.08□□□□□ -0.32
Rnf40Q3U319 Cflar-202ENSMUST00000097722 1771 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.08□□□□□ -0.32
Rnf40Q3U319 Mei1-201ENSMUST00000089178 3974 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.08□□□□□ -0.32
Rnf40Q3U319 Rab11fip4os2-201ENSMUST00000123067 689 ntTSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
Rnf40Q3U319 Gm21984-201ENSMUST00000123117 822 ntTSL 5 BASIC13.08□□□□□ -0.32
Rnf40Q3U319 Rprl2-201ENSMUST00000157150 290 ntBASIC13.08□□□□□ -0.32
Rnf40Q3U319 Ercc1-203ENSMUST00000160369 1175 ntTSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
Rnf40Q3U319 9130230N09Rik-201ENSMUST00000174568 663 ntTSL 3 BASIC13.08□□□□□ -0.32
Rnf40Q3U319 1600014C23Rik-201ENSMUST00000178179 518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
Rnf40Q3U319 4930599A14Rik-201ENSMUST00000186724 387 ntTSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
Rnf40Q3U319 Ms4a5-202ENSMUST00000186937 816 ntTSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
Rnf40Q3U319 A430093F15Rik-205ENSMUST00000188480 509 ntTSL 3 BASIC13.08□□□□□ -0.32
Rnf40Q3U319 Gm36987-201ENSMUST00000194704 2979 ntBASIC13.08□□□□□ -0.32
Rnf40Q3U319 Gm42599-201ENSMUST00000201308 469 ntBASIC13.08□□□□□ -0.32
Rnf40Q3U319 Gm45587-201ENSMUST00000211548 765 ntTSL 5 BASIC13.08□□□□□ -0.32
Rnf40Q3U319 Cyba-202ENSMUST00000212600 638 ntTSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
Rnf40Q3U319 Vsig2-206ENSMUST00000215957 851 ntTSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
Rnf40Q3U319 Gm9229-201ENSMUST00000222777 126 ntBASIC13.08□□□□□ -0.32
Rnf40Q3U319 Psmb5-202ENSMUST00000227257 622 ntBASIC13.08□□□□□ -0.32
Rnf40Q3U319 Serpine1-201ENSMUST00000041388 3011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
Rnf40Q3U319 Il11ra1-202ENSMUST00000108040 1837 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.08□□□□□ -0.32
Rnf40Q3U319 Dnmt1-203ENSMUST00000178110 5870 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
Rnf40Q3U319 A830018L16Rik-202ENSMUST00000135014 6451 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
Rnf40Q3U319 Nsd3-208ENSMUST00000146919 3652 ntTSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
Rnf40Q3U319 Ephx3-201ENSMUST00000087721 2416 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
Rnf40Q3U319 Txndc5-204ENSMUST00000162075 2619 ntTSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
Rnf40Q3U319 Mindy1-202ENSMUST00000107187 2827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
Rnf40Q3U319 Ptp4a2-207ENSMUST00000165853 3382 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.07□□□□□ -0.32
Rnf40Q3U319 Satb2-205ENSMUST00000177424 4694 ntTSL 5 BASIC13.07□□□□□ -0.32
Rnf40Q3U319 Gm15587-201ENSMUST00000146326 3493 ntTSL 1 (best) BASIC13.07□□□□□ -0.32
Rnf40Q3U319 Mmel1-207ENSMUST00000163732 2935 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.07□□□□□ -0.32
Rnf40Q3U319 Gja8-201ENSMUST00000062944 6940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.07□□□□□ -0.32
Rnf40Q3U319 C920006O11Rik-201ENSMUST00000180974 1444 ntTSL 1 (best) BASIC13.07□□□□□ -0.32
Rnf40Q3U319 AC130671.2-201ENSMUST00000227224 1621 ntBASIC13.07□□□□□ -0.32
Rnf40Q3U319 Zfp941-201ENSMUST00000080651 2791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.07□□□□□ -0.32
Rnf40Q3U319 Gm42690-201ENSMUST00000197921 1836 ntBASIC13.07□□□□□ -0.32
Rnf40Q3U319 Prr12-201ENSMUST00000057293 7023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.07□□□□□ -0.32
Rnf40Q3U319 Kcnv2-201ENSMUST00000056708 5108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.07□□□□□ -0.32
Rnf40Q3U319 Carmil1-201ENSMUST00000072889 4988 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.07□□□□□ -0.32
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 51.3 ms