Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

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Length 1,001 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Gpr26-201ENSMUST00000045840 11571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 AC163296.2-201ENSMUST00000220177 1315 ntBASIC13.12□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Plet1-201ENSMUST00000114474 1689 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Gm34425-201ENSMUST00000216269 3079 ntTSL 5 BASIC13.11□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Clec16a-203ENSMUST00000115823 2643 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Nde1-203ENSMUST00000117958 1551 ntTSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Marco-201ENSMUST00000027639 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Fyttd1-211ENSMUST00000171325 4295 ntTSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
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Rnf40Q3U319 Jmjd1c-201ENSMUST00000051446 8382 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC13.11□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Slc25a22-203ENSMUST00000106007 2546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Zfp809-206ENSMUST00000215902 1800 ntTSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Grhl1-202ENSMUST00000085553 3469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Tti2-202ENSMUST00000209851 3133 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Rapsn-203ENSMUST00000111446 1458 ntTSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
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Rnf40Q3U319 Plcd1-201ENSMUST00000010804 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Arhgef2-203ENSMUST00000170653 4238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Lnx1-206ENSMUST00000121690 2302 ntTSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Acly-201ENSMUST00000007131 4393 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Gm14137-201ENSMUST00000069711 3067 ntAPPRIS P1 BASIC13.11□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Nrf1-207ENSMUST00000115206 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Prr3-203ENSMUST00000172429 1878 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Ins2-204ENSMUST00000105932 455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Smgc-203ENSMUST00000109276 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Gm15240-201ENSMUST00000118156 720 ntBASIC13.11□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Btf3-204ENSMUST00000134542 780 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.11□□□□□ -0.31
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Rnf40Q3U319 Ndufa1-201ENSMUST00000016571 419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Banf1-202ENSMUST00000170010 742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Ccnd3-208ENSMUST00000182539 931 ntTSL 2 BASIC13.11□□□□□ -0.31
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Rnf40Q3U319 AC132384.10-201ENSMUST00000217862 1204 ntBASIC13.11□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Ins2-201ENSMUST00000000220 478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Lce1g-201ENSMUST00000029527 925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Anapc15-202ENSMUST00000035395 836 ntTSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 C1qa-201ENSMUST00000046285 1040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Prr23a2-201ENSMUST00000071302 881 ntAPPRIS P1 BASIC13.11□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Fyttd1-201ENSMUST00000023489 4312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
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Rnf40Q3U319 Nfatc4-202ENSMUST00000172271 3775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Klhl14-201ENSMUST00000049105 4018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Rnh1-202ENSMUST00000167493 1656 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Rnh1-204ENSMUST00000210314 1658 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Gpr160-203ENSMUST00000108259 1916 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.11□□□□□ -0.31
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Rnf40Q3U319 Dram1-201ENSMUST00000020249 2807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Mtmr10-201ENSMUST00000032736 5205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
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Rnf40Q3U319 Srrt-212ENSMUST00000199243 2988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
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Rnf40Q3U319 Cidec-201ENSMUST00000032416 1703 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Trim25-203ENSMUST00000107896 5590 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Bdh1-202ENSMUST00000115226 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
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Rnf40Q3U319 Slx4ip-206ENSMUST00000180277 2723 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.1□□□□□ -0.31
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Rnf40Q3U319 Cdk13-207ENSMUST00000223490 12548 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Gm24543-201ENSMUST00000103867 82 ntBASIC13.1□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Cd99l2-204ENSMUST00000114587 973 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC13.1□□□□□ -0.31
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Rnf40Q3U319 1700025J12Rik-201ENSMUST00000205586 630 ntTSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
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Rnf40Q3U319 Gm1715-201ENSMUST00000213681 1018 ntTSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 AC153937.4-201ENSMUST00000218479 661 ntTSL 3 BASIC13.1□□□□□ -0.31
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Rnf40Q3U319 Taf11-201ENSMUST00000025057 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Exosc7-201ENSMUST00000026891 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 4930447F04Rik-201ENSMUST00000033525 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Rbpms-202ENSMUST00000033995 1039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Olfr1121-201ENSMUST00000062555 945 ntAPPRIS P1 BASIC13.1□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Gm26543-201ENSMUST00000180729 2221 ntTSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Alg13-202ENSMUST00000070801 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 AC096628.2-201ENSMUST00000225443 1413 ntBASIC13.1□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Stxbp5l-201ENSMUST00000023526 3344 ntTSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 2310035C23Rik-210ENSMUST00000190501 3852 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 4921522P10Rik-201ENSMUST00000048606 2101 ntTSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Rai1-207ENSMUST00000171108 7125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Gm14149-201ENSMUST00000123048 1853 ntTSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Phykpl-206ENSMUST00000167797 3116 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Chchd10-203ENSMUST00000219839 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
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