Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

Predictions only

Length 1,001 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Ctbp2-209ENSMUST00000166439 1997 ntTSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Pde9a-201ENSMUST00000047168 2065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Grpel1-201ENSMUST00000031099 3528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Acsm4-201ENSMUST00000047045 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Rsl1-201ENSMUST00000021997 2591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Pfkp-201ENSMUST00000021614 2679 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Ssh1-201ENSMUST00000077689 3164 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Gm11127-201ENSMUST00000113742 1344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Gm42941-201ENSMUST00000200347 1321 ntBASIC13.13□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Snx33-201ENSMUST00000050916 4571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Rtbdn-201ENSMUST00000067472 1908 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Armcx3-202ENSMUST00000086880 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.13□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Mrpl50-201ENSMUST00000057829 2114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Tcf4-254ENSMUST00000202674 2615 ntTSL 5 BASIC13.13□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Taf9b-201ENSMUST00000055497 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Slc25a13-203ENSMUST00000188414 3121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Nrg1-202ENSMUST00000207417 3138 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.13□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Eif2s1-201ENSMUST00000071230 3405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Vsig10l-201ENSMUST00000107977 3836 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.13□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Tspoap1-201ENSMUST00000039627 7616 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.13□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Ankrd35-201ENSMUST00000048427 4052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Nfyb-204ENSMUST00000130911 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Vmac-202ENSMUST00000164907 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Gm26794-201ENSMUST00000180810 4312 ntTSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Gm13313-201ENSMUST00000118938 1084 ntBASIC13.13□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Gm15393-201ENSMUST00000120499 219 ntBASIC13.13□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Mmab-203ENSMUST00000123256 1277 ntTSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Gm16160-201ENSMUST00000160105 781 ntTSL 2 BASIC13.13□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Hsd3b2-203ENSMUST00000177651 1122 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.13□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Gm9824-201ENSMUST00000178707 561 ntBASIC13.13□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Gm27702-201ENSMUST00000184512 56 ntBASIC13.13□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Gm10925-201ENSMUST00000189941 678 ntBASIC13.13□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Gm45399-201ENSMUST00000209955 1016 ntBASIC13.13□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Gm45612-201ENSMUST00000211320 160 ntBASIC13.13□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Hesx1-202ENSMUST00000224331 983 ntAPPRIS P1 BASIC13.13□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 1700021F07Rik-201ENSMUST00000029023 646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Tamm41-201ENSMUST00000032461 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 1700018B08Rik-201ENSMUST00000034265 1084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 1700018B24Rik-201ENSMUST00000036023 593 ntTSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Tnp2-201ENSMUST00000051297 549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Gm6578-201ENSMUST00000080891 984 ntTSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Arhgap24-206ENSMUST00000112854 2991 ntTSL 5 BASIC13.13□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Sstr3-201ENSMUST00000053239 3928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Fmo1-202ENSMUST00000111518 1506 ntTSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Lypd1-201ENSMUST00000027582 1447 ntTSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Usp16-201ENSMUST00000026710 3205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 A430018G15Rik-201ENSMUST00000124210 1314 ntTSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 1700029J07Rik-202ENSMUST00000098786 1340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Mis18a-201ENSMUST00000099554 1333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Rgs12-201ENSMUST00000030984 5472 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 5430419D17Rik-201ENSMUST00000050586 2928 ntTSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Nrros-202ENSMUST00000115163 3559 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Smarca1-205ENSMUST00000141084 1965 ntTSL 2 BASIC13.12□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Pla2g15-201ENSMUST00000034377 2706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Cep97-203ENSMUST00000118500 3389 ntTSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Nrn1-204ENSMUST00000224323 1779 ntBASIC13.12□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Pcdhb16-201ENSMUST00000051442 5225 ntAPPRIS P1 BASIC13.12□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Gm16793-201ENSMUST00000181322 1680 ntTSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 1810014B01Rik-201ENSMUST00000181587 1661 ntTSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Cdc7-201ENSMUST00000031221 2961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Spg11-201ENSMUST00000036450 7671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Abi1-211ENSMUST00000149719 3303 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Car6-202ENSMUST00000105683 1460 ntTSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Olfr56-202ENSMUST00000102785 1930 ntTSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Paqr5-201ENSMUST00000034817 3566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Bhlha15-201ENSMUST00000060747 3494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Thap7-201ENSMUST00000100125 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Cd63-202ENSMUST00000105229 1043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 R3hdml-201ENSMUST00000109416 1094 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.12□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Fis1-202ENSMUST00000111094 948 ntTSL 2 BASIC13.12□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Eloc-201ENSMUST00000115352 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Gm10230-201ENSMUST00000119362 867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Gm15467-201ENSMUST00000120582 445 ntBASIC13.12□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Gm14730-201ENSMUST00000122378 1045 ntBASIC13.12□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Gm15747-202ENSMUST00000151096 524 ntTSL 3 BASIC13.12□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Peak1os-201ENSMUST00000181444 1264 ntTSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Gm27164-201ENSMUST00000184359 723 ntTSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Gm27772-201ENSMUST00000184900 187 ntBASIC13.12□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Tcta-203ENSMUST00000195615 597 ntTSL 5 BASIC13.12□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Gm7498-201ENSMUST00000203282 1084 ntBASIC13.12□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Cd63-204ENSMUST00000219317 1109 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.12□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 AC156572.1-201ENSMUST00000221040 1161 ntTSL 5 BASIC13.12□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Nup43-201ENSMUST00000040135 1286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Vmn1r231-201ENSMUST00000061278 936 ntAPPRIS P1 BASIC13.12□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Olfr765-201ENSMUST00000071559 930 ntAPPRIS P1 BASIC13.12□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Pmaip1-201ENSMUST00000025399 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Gm37324-201ENSMUST00000194500 4504 ntBASIC13.12□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Tubb2a-201ENSMUST00000056427 1610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Fut2-201ENSMUST00000069800 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Telo2-201ENSMUST00000024987 3434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Grin1-206ENSMUST00000114314 3882 ntTSL 5 BASIC13.12□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Orc3-201ENSMUST00000048706 2300 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 4933417C20Rik-201ENSMUST00000193962 1874 ntBASIC13.12□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 C530043K16Rik-201ENSMUST00000201865 3109 ntBASIC13.12□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Gp2-202ENSMUST00000207887 1853 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Fbxl22-201ENSMUST00000056890 3935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Fopnl-202ENSMUST00000120707 1414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.12□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Rps6ka6-202ENSMUST00000082034 4170 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.12□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Nxph2-201ENSMUST00000102945 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Recql-201ENSMUST00000032370 2112 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 45 ms