Protein–RNA interactions for Protein: Q8C9S8

Atg4a, Cysteine protease ATG4A, mousemouse

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Length 396 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Atg4aQ8C9S8 Plagl1-201ENSMUST00000121325 3946 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Atg4aQ8C9S8 Lef1-204ENSMUST00000106341 3357 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Atg4aQ8C9S8 Lef1-202ENSMUST00000066849 3398 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Atg4aQ8C9S8 Cpt1c-206ENSMUST00000212836 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Atg4aQ8C9S8 Klhl32-204ENSMUST00000108218 7143 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Atg4aQ8C9S8 Arhgap39-201ENSMUST00000036176 4500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Atg4aQ8C9S8 Pik3r6-202ENSMUST00000102613 3225 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Atg4aQ8C9S8 Gm26677-201ENSMUST00000180553 1672 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Atg4aQ8C9S8 Arrb1-201ENSMUST00000032995 3715 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Atg4aQ8C9S8 Spock3-202ENSMUST00000117377 3066 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Atg4aQ8C9S8 Rhox2c-201ENSMUST00000115190 762 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Atg4aQ8C9S8 Gm15370-201ENSMUST00000117158 253 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
Atg4aQ8C9S8 Tex22-201ENSMUST00000012355 1267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Atg4aQ8C9S8 Gm27206-201ENSMUST00000154038 979 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Atg4aQ8C9S8 Nudt17-202ENSMUST00000171249 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Atg4aQ8C9S8 H2afz-206ENSMUST00000173790 437 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Atg4aQ8C9S8 Gm28172-201ENSMUST00000189880 506 ntTSL 3 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Atg4aQ8C9S8 Gm6013-201ENSMUST00000212264 699 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
Atg4aQ8C9S8 Itln1-201ENSMUST00000043094 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Atg4aQ8C9S8 Cd37-202ENSMUST00000098461 1227 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Atg4aQ8C9S8 Armcx3-202ENSMUST00000086880 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Atg4aQ8C9S8 Mcpt9-201ENSMUST00000095798 2000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Atg4aQ8C9S8 Rap2b-201ENSMUST00000049064 6793 ntAPPRIS P1 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Atg4aQ8C9S8 Esam-201ENSMUST00000002011 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Atg4aQ8C9S8 Anxa8-201ENSMUST00000022519 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Atg4aQ8C9S8 Cpeb1-201ENSMUST00000098331 3111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Atg4aQ8C9S8 Pcdhga8-201ENSMUST00000066149 4730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Atg4aQ8C9S8 Cdc7-201ENSMUST00000031221 2961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Atg4aQ8C9S8 Adcyap1r1-203ENSMUST00000165786 1745 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Atg4aQ8C9S8 4933440M02Rik-203ENSMUST00000206609 1747 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Atg4aQ8C9S8 Gnat2-201ENSMUST00000058669 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Atg4aQ8C9S8 Ppp1r18-203ENSMUST00000127442 3524 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Atg4aQ8C9S8 Ptp4a1-201ENSMUST00000027232 4145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Atg4aQ8C9S8 Dhx58os-201ENSMUST00000137154 1594 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Atg4aQ8C9S8 Rnf10-201ENSMUST00000040555 3106 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Atg4aQ8C9S8 Rbak-202ENSMUST00000165318 3480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Atg4aQ8C9S8 Cr1l-201ENSMUST00000075451 1651 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Atg4aQ8C9S8 AL732309.2-201ENSMUST00000228052 3210 ntAPPRIS P1 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Atg4aQ8C9S8 Tead1-201ENSMUST00000059768 9964 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Atg4aQ8C9S8 Qpctl-201ENSMUST00000032566 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Atg4aQ8C9S8 Nrap-201ENSMUST00000040711 5334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Atg4aQ8C9S8 H2-T22-203ENSMUST00000080015 1761 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Atg4aQ8C9S8 Apaf1-201ENSMUST00000020157 6577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Atg4aQ8C9S8 Lrrc18-204ENSMUST00000120951 1511 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Atg4aQ8C9S8 Ripk3-201ENSMUST00000022830 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Atg4aQ8C9S8 Podn-202ENSMUST00000106708 2947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Atg4aQ8C9S8 Nr3c2-204ENSMUST00000109913 5916 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
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Atg4aQ8C9S8 Rab11fip4os2-201ENSMUST00000123067 689 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
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Atg4aQ8C9S8 Pitx2-204ENSMUST00000172645 915 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
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Atg4aQ8C9S8 Pex5-205ENSMUST00000112532 3148 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
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Atg4aQ8C9S8 Spata33-202ENSMUST00000212161 2941 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Atg4aQ8C9S8 Wasl-201ENSMUST00000031695 4352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
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Atg4aQ8C9S8 Wipf3-201ENSMUST00000126637 4414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Atg4aQ8C9S8 D230017M19Rik-201ENSMUST00000180722 3096 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Atg4aQ8C9S8 Slc25a25-203ENSMUST00000113307 2541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Atg4aQ8C9S8 Tcf4-254ENSMUST00000202674 2615 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Atg4aQ8C9S8 Fgd2-201ENSMUST00000024810 2612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Atg4aQ8C9S8 2410002F23Rik-203ENSMUST00000084937 2092 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Atg4aQ8C9S8 Ralgps2-207ENSMUST00000188656 2481 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Atg4aQ8C9S8 Epha8-201ENSMUST00000030420 4713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Atg4aQ8C9S8 Mei4-201ENSMUST00000057067 2670 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Atg4aQ8C9S8 Piezo1-209ENSMUST00000156333 8219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Atg4aQ8C9S8 Piezo1-201ENSMUST00000067252 8216 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Atg4aQ8C9S8 Slc25a40-201ENSMUST00000066921 2784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Atg4aQ8C9S8 Gm7008-202ENSMUST00000170019 402 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Atg4aQ8C9S8 C1qtnf2-203ENSMUST00000173002 1147 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
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Atg4aQ8C9S8 1700065D16Rik-203ENSMUST00000189279 393 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Atg4aQ8C9S8 Gm18935-201ENSMUST00000212692 664 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
Atg4aQ8C9S8 Tpd52l1-203ENSMUST00000213639 827 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Atg4aQ8C9S8 Tpd52l1-205ENSMUST00000215515 857 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Atg4aQ8C9S8 AC113031.8-201ENSMUST00000227856 631 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
Atg4aQ8C9S8 Riiad1-201ENSMUST00000029785 630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Atg4aQ8C9S8 Mrap-201ENSMUST00000038197 1001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Atg4aQ8C9S8 Gm11562-201ENSMUST00000073853 817 ntAPPRIS P1 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Atg4aQ8C9S8 Gm8399-201ENSMUST00000082300 1117 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
Atg4aQ8C9S8 Vmn1r197-201ENSMUST00000091734 897 ntAPPRIS P1 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Atg4aQ8C9S8 Trpv6-203ENSMUST00000201471 2304 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Atg4aQ8C9S8 1700030J22Rik-202ENSMUST00000213068 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Atg4aQ8C9S8 Zfp61-208ENSMUST00000165241 1668 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Atg4aQ8C9S8 Chrdl1-202ENSMUST00000074660 4096 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Atg4aQ8C9S8 Nupl1-206ENSMUST00000225111 2936 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 76.9 ms