Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

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Length 1,001 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Tbc1d1-204ENSMUST00000121370 5419 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.26□□□□□ -0.29
Rnf40Q3U319 Pars2-202ENSMUST00000106781 3046 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.26□□□□□ -0.29
Rnf40Q3U319 Smtn-204ENSMUST00000110011 3020 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.26□□□□□ -0.29
Rnf40Q3U319 Myh2-203ENSMUST00000170159 6083 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.26□□□□□ -0.29
Rnf40Q3U319 Srr-203ENSMUST00000108448 3239 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.26□□□□□ -0.29
Rnf40Q3U319 Gm9530-201ENSMUST00000181160 3281 ntTSL 1 (best) BASIC13.26□□□□□ -0.29
Rnf40Q3U319 Rasgef1b-203ENSMUST00000146396 3339 ntTSL 1 (best) BASIC13.26□□□□□ -0.29
Rnf40Q3U319 Lrrn1-201ENSMUST00000049285 3700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.26□□□□□ -0.29
Rnf40Q3U319 1110004F10Rik-203ENSMUST00000106608 927 ntTSL 3 BASIC13.26□□□□□ -0.29
Rnf40Q3U319 Gm5566-201ENSMUST00000116118 459 ntBASIC13.26□□□□□ -0.29
Rnf40Q3U319 Gm13716-201ENSMUST00000126401 808 ntTSL 5 BASIC13.26□□□□□ -0.29
Rnf40Q3U319 Tmsb15l-201ENSMUST00000127404 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.26□□□□□ -0.29
Rnf40Q3U319 Plpp7-202ENSMUST00000140762 634 ntTSL 3 BASIC13.26□□□□□ -0.29
Rnf40Q3U319 Slc14a1-203ENSMUST00000160639 2047 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.26□□□□□ -0.29
Rnf40Q3U319 H3f3b-201ENSMUST00000016703 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.26□□□□□ -0.29
Rnf40Q3U319 Gm3764-206ENSMUST00000181356 1088 ntTSL 1 (best) BASIC13.26□□□□□ -0.29
Rnf40Q3U319 Gm20324-201ENSMUST00000186291 1118 ntTSL 1 (best) BASIC13.26□□□□□ -0.29
Rnf40Q3U319 3830432H09Rik-202ENSMUST00000188909 2414 ntTSL 1 (best) BASIC13.26□□□□□ -0.29
Rnf40Q3U319 Tollip-201ENSMUST00000001950 3788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.26□□□□□ -0.29
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Rnf40Q3U319 Gm18049-201ENSMUST00000208909 581 ntBASIC13.26□□□□□ -0.29
Rnf40Q3U319 Gm39214-201ENSMUST00000210912 1542 ntTSL 1 (best) BASIC13.26□□□□□ -0.29
Rnf40Q3U319 Gm16476-201ENSMUST00000221544 139 ntBASIC13.26□□□□□ -0.29
Rnf40Q3U319 Gm40849-201ENSMUST00000222330 603 ntTSL 3 BASIC13.26□□□□□ -0.29
Rnf40Q3U319 AC154222.1-201ENSMUST00000223882 475 ntBASIC13.26□□□□□ -0.29
Rnf40Q3U319 Dtd1-201ENSMUST00000028917 1350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.26□□□□□ -0.29
Rnf40Q3U319 Tekt2-201ENSMUST00000030658 1492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.26□□□□□ -0.29
Rnf40Q3U319 2010003K11Rik-201ENSMUST00000048482 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.26□□□□□ -0.29
Rnf40Q3U319 C130050O18Rik-201ENSMUST00000052176 1532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.26□□□□□ -0.29
Rnf40Q3U319 Cyp2d40-201ENSMUST00000055721 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.26□□□□□ -0.29
Rnf40Q3U319 Fbxo18-201ENSMUST00000071564 3567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.26□□□□□ -0.29
Rnf40Q3U319 Tsga10-202ENSMUST00000088072 3837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.26□□□□□ -0.29
Rnf40Q3U319 Krtap9-1-201ENSMUST00000093936 1044 ntAPPRIS P1 BASIC13.26□□□□□ -0.29
Rnf40Q3U319 AC149222.1-201ENSMUST00000154987 5188 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC13.26□□□□□ -0.29
Rnf40Q3U319 Mylk-201ENSMUST00000023538 7824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.26□□□□□ -0.29
Rnf40Q3U319 Gng7-203ENSMUST00000117805 3382 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.26□□□□□ -0.29
Rnf40Q3U319 Fcho1-201ENSMUST00000093444 3073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.26□□□□□ -0.29
Rnf40Q3U319 Tubgcp2-201ENSMUST00000026547 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.26□□□□□ -0.29
Rnf40Q3U319 Lrrfip1-202ENSMUST00000068167 2849 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.26□□□□□ -0.29
Rnf40Q3U319 Usp3-205ENSMUST00000127569 5607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.26□□□□□ -0.29
Rnf40Q3U319 Clca2-203ENSMUST00000198993 2774 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.26□□□□□ -0.29
Rnf40Q3U319 Reps2-201ENSMUST00000101102 7630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.26□□□□□ -0.29
Rnf40Q3U319 Tfdp2-204ENSMUST00000179065 2213 ntTSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.29
Rnf40Q3U319 Wdr20rt-201ENSMUST00000046331 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.29
Rnf40Q3U319 Bmp3-201ENSMUST00000031278 6548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.29
Rnf40Q3U319 P4ha2-215ENSMUST00000174616 2094 ntTSL 5 BASIC13.25□□□□□ -0.29
Rnf40Q3U319 Sun2-203ENSMUST00000100439 3768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.29
Rnf40Q3U319 Whamm-203ENSMUST00000209044 1879 ntTSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.29
Rnf40Q3U319 Gps1-208ENSMUST00000208737 1843 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.25□□□□□ -0.29
Rnf40Q3U319 Igfn1-203ENSMUST00000166193 8989 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.29
Rnf40Q3U319 Cfap157-201ENSMUST00000102813 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.29
Rnf40Q3U319 Wdr59-202ENSMUST00000038193 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.29
Rnf40Q3U319 Ptprk-202ENSMUST00000218276 4754 ntTSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.29
Rnf40Q3U319 Rbms1-201ENSMUST00000028347 4436 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.29
Rnf40Q3U319 Cmklr1-201ENSMUST00000047936 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.29
Rnf40Q3U319 Lrrfip1-204ENSMUST00000097650 2760 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.29
Rnf40Q3U319 Sema4f-201ENSMUST00000000641 4086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.29
Rnf40Q3U319 Zdhhc19-201ENSMUST00000064192 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.29
Rnf40Q3U319 Npm1-204ENSMUST00000109354 1157 ntTSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.29
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Rnf40Q3U319 Ccl2-201ENSMUST00000000193 813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.29
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Rnf40Q3U319 Tnfsf9-201ENSMUST00000039490 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.29
Rnf40Q3U319 Crygn-201ENSMUST00000047119 768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.29
Rnf40Q3U319 Eif5a-203ENSMUST00000071026 1286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.29
Rnf40Q3U319 Krtap6-5-201ENSMUST00000074637 600 ntAPPRIS P1 BASIC13.25□□□□□ -0.29
Rnf40Q3U319 Immp2l-201ENSMUST00000080160 239 ntTSL 3 BASIC13.25□□□□□ -0.29
Rnf40Q3U319 Rftn1-202ENSMUST00000113195 2385 ntTSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.29
Rnf40Q3U319 Gm9008-201ENSMUST00000097218 2353 ntAPPRIS P1 BASIC13.25□□□□□ -0.29
Rnf40Q3U319 Slc44a2-201ENSMUST00000034697 3456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.29
Rnf40Q3U319 Bcl2l13-201ENSMUST00000009256 6925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.29
Rnf40Q3U319 Tunar-201ENSMUST00000180458 3282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.29
Rnf40Q3U319 Pced1b-201ENSMUST00000059433 2185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.29
Rnf40Q3U319 Wapl-202ENSMUST00000090027 4185 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.25□□□□□ -0.29
Rnf40Q3U319 Atp6v0a1-201ENSMUST00000044721 4008 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.29
Rnf40Q3U319 Prpf19-203ENSMUST00000179297 6035 ntTSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.29
Rnf40Q3U319 Naga-201ENSMUST00000023088 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.29
Rnf40Q3U319 Insrr-202ENSMUST00000107582 4694 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.25□□□□□ -0.29
Rnf40Q3U319 Trappc8-202ENSMUST00000097658 2703 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.29
Rnf40Q3U319 Sppl2b-211ENSMUST00000220091 3629 ntTSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.29
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