Protein–RNA interactions for Protein: Q9CWT6

Ddx28, Probable ATP-dependent RNA helicase DDX28, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 540 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ddx28Q9CWT6 Gm12403-201ENSMUST00000121384 959 ntBASIC12.1□□□□□ -0.47
Ddx28Q9CWT6 Gm28050-201ENSMUST00000124394 449 ntTSL 1 (best) BASIC12.1□□□□□ -0.47
Ddx28Q9CWT6 Hoxd8-203ENSMUST00000151380 557 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.1□□□□□ -0.47
Ddx28Q9CWT6 Arf5-202ENSMUST00000169841 768 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.1□□□□□ -0.47
Ddx28Q9CWT6 Cpsf4l-205ENSMUST00000173655 1213 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.1□□□□□ -0.47
Ddx28Q9CWT6 Gm10359-201ENSMUST00000180167 1002 ntBASIC12.1□□□□□ -0.47
Ddx28Q9CWT6 Gm12033-201ENSMUST00000180654 1002 ntBASIC12.1□□□□□ -0.47
Ddx28Q9CWT6 Gm5559-201ENSMUST00000180755 1002 ntBASIC12.1□□□□□ -0.47
Ddx28Q9CWT6 Gm4335-201ENSMUST00000182581 1004 ntBASIC12.1□□□□□ -0.47
Ddx28Q9CWT6 Gm31326-201ENSMUST00000191856 1048 ntBASIC12.1□□□□□ -0.47
Ddx28Q9CWT6 Smyd3-207ENSMUST00000194237 1047 ntTSL 2 BASIC12.1□□□□□ -0.47
Ddx28Q9CWT6 Mpv17-209ENSMUST00000202241 903 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC12.1□□□□□ -0.47
Ddx28Q9CWT6 Gm11427-203ENSMUST00000215482 1203 ntTSL 5 BASIC12.1□□□□□ -0.47
Ddx28Q9CWT6 Cd63-204ENSMUST00000219317 1109 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.1□□□□□ -0.47
Ddx28Q9CWT6 Sftpa1-201ENSMUST00000022314 851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.1□□□□□ -0.47
Ddx28Q9CWT6 Haus7-202ENSMUST00000077243 1032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.1□□□□□ -0.47
Ddx28Q9CWT6 Hnrnpf-203ENSMUST00000167182 2271 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC12.1□□□□□ -0.47
Ddx28Q9CWT6 Slc25a25-201ENSMUST00000028160 3294 ntTSL 1 (best) BASIC12.1□□□□□ -0.47
Ddx28Q9CWT6 Slx4ip-206ENSMUST00000180277 2723 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC12.1□□□□□ -0.47
Ddx28Q9CWT6 Spin1-201ENSMUST00000095797 4434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.1□□□□□ -0.47
Ddx28Q9CWT6 Gm8108-202ENSMUST00000170207 1961 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC12.1□□□□□ -0.47
Ddx28Q9CWT6 Ctsk-201ENSMUST00000015664 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.1□□□□□ -0.47
Ddx28Q9CWT6 Dnmt3b-208ENSMUST00000109772 4015 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.1□□□□□ -0.47
Ddx28Q9CWT6 Fgfr3-211ENSMUST00000171509 4020 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.1□□□□□ -0.47
Ddx28Q9CWT6 Pdxk-ps-201ENSMUST00000159650 2342 ntTSL 1 (best) BASIC12.1□□□□□ -0.47
Ddx28Q9CWT6 Npepps-215ENSMUST00000167806 2307 ntTSL 5 BASIC12.1□□□□□ -0.47
Ddx28Q9CWT6 Cul5-201ENSMUST00000034529 3585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.1□□□□□ -0.47
Ddx28Q9CWT6 G6pc3-201ENSMUST00000070334 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.1□□□□□ -0.47
Ddx28Q9CWT6 Rnf14-201ENSMUST00000072376 3038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.1□□□□□ -0.47
Ddx28Q9CWT6 Cd33-202ENSMUST00000039861 1791 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.1□□□□□ -0.47
Ddx28Q9CWT6 Rps7-ps2-201ENSMUST00000219719 1347 ntBASIC12.1□□□□□ -0.47
Ddx28Q9CWT6 Dnmt3l-208ENSMUST00000151242 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.1□□□□□ -0.47
Ddx28Q9CWT6 Nfe2l1-210ENSMUST00000167110 3547 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.1□□□□□ -0.47
Ddx28Q9CWT6 Crkl-201ENSMUST00000006293 3863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.1□□□□□ -0.47
Ddx28Q9CWT6 Foxo6os-201ENSMUST00000152384 2291 ntTSL 1 (best) BASIC12.09□□□□□ -0.47
Ddx28Q9CWT6 Astl-202ENSMUST00000089673 2251 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.09□□□□□ -0.47
Ddx28Q9CWT6 Adamts3-204ENSMUST00000198151 1833 ntTSL 1 (best) BASIC12.09□□□□□ -0.47
Ddx28Q9CWT6 Gm10097-201ENSMUST00000180100 2784 ntAPPRIS P1 BASIC12.09□□□□□ -0.47
Ddx28Q9CWT6 Dysf-216ENSMUST00000204987 6474 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.09□□□□□ -0.47
Ddx28Q9CWT6 Tm7sf2-203ENSMUST00000159084 1351 ntTSL 5 BASIC12.09□□□□□ -0.47
Ddx28Q9CWT6 Tspan1-201ENSMUST00000030465 1985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.09□□□□□ -0.47
Ddx28Q9CWT6 Zfp422-202ENSMUST00000079749 3187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.09□□□□□ -0.47
Ddx28Q9CWT6 Necap1-201ENSMUST00000032477 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.09□□□□□ -0.47
Ddx28Q9CWT6 2810429I04Rik-203ENSMUST00000181708 4769 ntTSL 1 (best) BASIC12.09□□□□□ -0.47
Ddx28Q9CWT6 Kif1a-210ENSMUST00000190723 6141 ntTSL 5 BASIC12.09□□□□□ -0.47
Ddx28Q9CWT6 Prcd-202ENSMUST00000116318 799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.09□□□□□ -0.47
Ddx28Q9CWT6 Gm15678-201ENSMUST00000117573 960 ntBASIC12.09□□□□□ -0.47
Ddx28Q9CWT6 Ube2j2-206ENSMUST00000118192 922 ntTSL 5 BASIC12.09□□□□□ -0.47
Ddx28Q9CWT6 Gm15376-201ENSMUST00000122258 783 ntBASIC12.09□□□□□ -0.47
Ddx28Q9CWT6 1700001C02Rik-203ENSMUST00000127815 660 ntTSL 1 (best) BASIC12.09□□□□□ -0.47
Ddx28Q9CWT6 Xrcc2-204ENSMUST00000134972 464 ntTSL 3 BASIC12.09□□□□□ -0.47
Ddx28Q9CWT6 Gm5354-201ENSMUST00000182417 973 ntBASIC12.09□□□□□ -0.47
Ddx28Q9CWT6 Gm18636-201ENSMUST00000218846 1066 ntBASIC12.09□□□□□ -0.47
Ddx28Q9CWT6 Cd302-201ENSMUST00000028356 1257 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.09□□□□□ -0.47
Ddx28Q9CWT6 Gm5129-201ENSMUST00000065372 300 ntAPPRIS P1 BASIC12.09□□□□□ -0.47
Ddx28Q9CWT6 Rftn1-202ENSMUST00000113195 2385 ntTSL 1 (best) BASIC12.09□□□□□ -0.47
Ddx28Q9CWT6 Rnf165-202ENSMUST00000182024 4309 ntTSL 5 BASIC12.09□□□□□ -0.47
Ddx28Q9CWT6 Sgce-207ENSMUST00000126151 1522 ntTSL 5 BASIC12.09□□□□□ -0.47
Ddx28Q9CWT6 Rbm8a-206ENSMUST00000200647 2620 ntTSL 2 BASIC12.09□□□□□ -0.47
Ddx28Q9CWT6 2900041M22Rik-201ENSMUST00000155384 1784 ntTSL 1 (best) BASIC12.09□□□□□ -0.47
Ddx28Q9CWT6 Actn4-201ENSMUST00000068045 3877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.09□□□□□ -0.47
Ddx28Q9CWT6 Epb41l1-203ENSMUST00000103136 6249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.09□□□□□ -0.47
Ddx28Q9CWT6 Polr3e-202ENSMUST00000106483 3001 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC12.09□□□□□ -0.47
Ddx28Q9CWT6 S1pr1-201ENSMUST00000055676 3046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.09□□□□□ -0.47
Ddx28Q9CWT6 Zfp341-201ENSMUST00000081926 3299 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.09□□□□□ -0.47
Ddx28Q9CWT6 Rtn4rl1-201ENSMUST00000102514 3525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.09□□□□□ -0.47
Ddx28Q9CWT6 Smarcb1-201ENSMUST00000000925 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.09□□□□□ -0.47
Ddx28Q9CWT6 Trpc7-207ENSMUST00000173817 2406 ntTSL 5 BASIC12.09□□□□□ -0.47
Ddx28Q9CWT6 Trpc7-208ENSMUST00000174457 2424 ntTSL 5 BASIC12.09□□□□□ -0.47
Ddx28Q9CWT6 Gm26551-201ENSMUST00000181262 2432 ntTSL 5 BASIC12.09□□□□□ -0.47
Ddx28Q9CWT6 Gm35040-201ENSMUST00000206829 5094 ntTSL 2 BASIC12.09□□□□□ -0.47
Ddx28Q9CWT6 Sypl2-201ENSMUST00000141387 4090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.09□□□□□ -0.47
Ddx28Q9CWT6 Pak1-201ENSMUST00000033040 3065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.09□□□□□ -0.47
Ddx28Q9CWT6 Psmd11-201ENSMUST00000017572 2848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.09□□□□□ -0.47
Ddx28Q9CWT6 Rhog-202ENSMUST00000106923 1321 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.09□□□□□ -0.47
Ddx28Q9CWT6 Knop1-202ENSMUST00000063607 4884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.09□□□□□ -0.47
Ddx28Q9CWT6 Tfdp2-203ENSMUST00000165768 2212 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.09□□□□□ -0.47
Ddx28Q9CWT6 Herpud1-205ENSMUST00000161576 1952 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.09□□□□□ -0.47
Ddx28Q9CWT6 Grm1-202ENSMUST00000105560 4265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.08□□□□□ -0.47
Ddx28Q9CWT6 Cant1-203ENSMUST00000106287 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.08□□□□□ -0.47
Ddx28Q9CWT6 Mzf1-205ENSMUST00000182515 3340 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.08□□□□□ -0.48
Ddx28Q9CWT6 Snx14-207ENSMUST00000174806 3082 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.08□□□□□ -0.48
Ddx28Q9CWT6 Trnt1-203ENSMUST00000113248 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.08□□□□□ -0.48
Ddx28Q9CWT6 Rbak-202ENSMUST00000165318 3480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.08□□□□□ -0.48
Ddx28Q9CWT6 Il34-204ENSMUST00000150680 1796 ntTSL 1 (best) BASIC12.08□□□□□ -0.48
Ddx28Q9CWT6 Cerk-203ENSMUST00000156546 2162 ntTSL 1 (best) BASIC12.08□□□□□ -0.48
Ddx28Q9CWT6 Map3k2-201ENSMUST00000096575 10791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.08□□□□□ -0.48
Ddx28Q9CWT6 Ciz1-203ENSMUST00000113332 2973 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.08□□□□□ -0.48
Ddx28Q9CWT6 Grm4-202ENSMUST00000118489 2976 ntTSL 1 (best) BASIC12.08□□□□□ -0.48
Ddx28Q9CWT6 Cd81-201ENSMUST00000037941 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.08□□□□□ -0.48
Ddx28Q9CWT6 Zfand2a-202ENSMUST00000110851 3121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.08□□□□□ -0.48
Ddx28Q9CWT6 Gipc3-201ENSMUST00000045102 3521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.08□□□□□ -0.48
Ddx28Q9CWT6 Prr18-202ENSMUST00000163887 3251 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC12.08□□□□□ -0.48
Ddx28Q9CWT6 Rnf17-202ENSMUST00000223627 2077 ntBASIC12.08□□□□□ -0.48
Ddx28Q9CWT6 Spaca3-202ENSMUST00000103223 947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.08□□□□□ -0.48
Ddx28Q9CWT6 Hist1h2br-202ENSMUST00000110476 381 ntAPPRIS P1 BASIC12.08□□□□□ -0.48
Ddx28Q9CWT6 Tagln2-201ENSMUST00000111228 716 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC12.08□□□□□ -0.48
Ddx28Q9CWT6 Pfdn6-204ENSMUST00000174048 560 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.08□□□□□ -0.48
Ddx28Q9CWT6 Gm42612-201ENSMUST00000197986 623 ntBASIC12.08□□□□□ -0.48
Ddx28Q9CWT6 Gm43170-201ENSMUST00000199827 612 ntBASIC12.08□□□□□ -0.48
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 62.4 ms