Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

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Length 1,001 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Ptpn14-202ENSMUST00000097442 10746 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.46□□□□□ -0.25
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Rnf40Q3U319 Gypa-201ENSMUST00000063359 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Ticrr-201ENSMUST00000035977 7199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Kcnab2-203ENSMUST00000159186 1552 ntTSL 5 BASIC13.46□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 4931406C07Rik-203ENSMUST00000180339 2756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Brms1-201ENSMUST00000116567 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Rpl22-208ENSMUST00000188151 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Cyp2s1-201ENSMUST00000043314 2745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Pcnx-201ENSMUST00000021567 12139 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC13.46□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Slc35b1-201ENSMUST00000021243 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Oraov1-204ENSMUST00000128057 2231 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Ifna12-201ENSMUST00000102806 797 ntAPPRIS P1 BASIC13.46□□□□□ -0.25
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Rnf40Q3U319 1700065O20Rik-201ENSMUST00000186872 710 ntTSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 AC147241.1-201ENSMUST00000222173 785 ntTSL 3 BASIC13.46□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 CT025552.1-201ENSMUST00000224561 521 ntBASIC13.46□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Rpp21-201ENSMUST00000025319 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Ifnl2-201ENSMUST00000081684 702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Mdh1b-201ENSMUST00000114094 1719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Slc34a3-201ENSMUST00000006638 2183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Arhgap35-202ENSMUST00000171937 6251 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.46□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Prok2-203ENSMUST00000101120 1450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Vsx2-201ENSMUST00000021665 3270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Arhgap20os-204ENSMUST00000152203 2113 ntTSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.26
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Rnf40Q3U319 Mrvi1-201ENSMUST00000005751 6198 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.26
Rnf40Q3U319 Mrc2-201ENSMUST00000021038 3335 ntTSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.26
Rnf40Q3U319 Dab2ip-209ENSMUST00000135741 4128 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
Rnf40Q3U319 Anp32e-201ENSMUST00000015893 1381 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
Rnf40Q3U319 Nt5c3b-201ENSMUST00000092688 1399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
Rnf40Q3U319 Ptger4-201ENSMUST00000047379 3264 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
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Rnf40Q3U319 Slx4ip-201ENSMUST00000028737 2556 ntTSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
Rnf40Q3U319 Pik3cd-206ENSMUST00000122059 4832 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
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Rnf40Q3U319 Gbf1-201ENSMUST00000026254 6450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
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Rnf40Q3U319 Dhrs3-202ENSMUST00000105744 1226 ntTSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
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Rnf40Q3U319 Gm20878-208ENSMUST00000181518 264 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
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Rnf40Q3U319 Tmppe-201ENSMUST00000111820 2921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
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Rnf40Q3U319 Gm9946-202ENSMUST00000162741 1580 ntTSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
Rnf40Q3U319 4930550L24Rik-201ENSMUST00000062542 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
Rnf40Q3U319 P2rx1-201ENSMUST00000021141 2486 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
Rnf40Q3U319 Trim45-204ENSMUST00000134993 2274 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
Rnf40Q3U319 Myo15b-208ENSMUST00000222123 5154 ntTSL 5 BASIC13.44□□□□□ -0.26
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Rnf40Q3U319 Pou2f1-209ENSMUST00000160908 2591 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
Rnf40Q3U319 Paip2b-201ENSMUST00000058383 3982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
Rnf40Q3U319 Fgd3-203ENSMUST00000110087 4698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
Rnf40Q3U319 Gm13589-201ENSMUST00000146404 1675 ntTSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
Rnf40Q3U319 Rnf6-201ENSMUST00000067837 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
Rnf40Q3U319 Cab39-201ENSMUST00000097666 2369 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.44□□□□□ -0.26
Rnf40Q3U319 Ehbp1l1-202ENSMUST00000075606 3572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
Rnf40Q3U319 Mgmt-201ENSMUST00000081510 2894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
Rnf40Q3U319 Cyp2b10-201ENSMUST00000005477 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
Rnf40Q3U319 Crx-203ENSMUST00000172758 1469 ntTSL 3 BASIC13.44□□□□□ -0.26
Rnf40Q3U319 Zc3h12d-201ENSMUST00000039484 4092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
Rnf40Q3U319 Sntb1-201ENSMUST00000039769 4919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
Rnf40Q3U319 Dcaf11-203ENSMUST00000117701 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.44□□□□□ -0.26
Rnf40Q3U319 Ngly1-207ENSMUST00000224656 2329 ntAPPRIS ALT2 BASIC13.44□□□□□ -0.26
Rnf40Q3U319 Ndufaf7-201ENSMUST00000024887 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
Rnf40Q3U319 Ppil3-202ENSMUST00000114345 1175 ntTSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
Rnf40Q3U319 Gm2810-201ENSMUST00000118681 990 ntBASIC13.44□□□□□ -0.26
Rnf40Q3U319 3000002C10Rik-202ENSMUST00000133495 1008 ntBASIC13.44□□□□□ -0.26
Rnf40Q3U319 Dgcr6-208ENSMUST00000153123 920 ntTSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
Rnf40Q3U319 Skint8-205ENSMUST00000165046 1280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
Rnf40Q3U319 Gnb2-215ENSMUST00000170293 993 ntTSL 5 BASIC13.44□□□□□ -0.26
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 81.9 ms