Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

Predictions only

Length 1,001 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Ada-201ENSMUST00000017841 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Tnfrsf13b-201ENSMUST00000010286 2556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Tmem266-202ENSMUST00000085754 4417 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Il15ra-205ENSMUST00000114833 1607 ntTSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Gm7224-201ENSMUST00000121359 2066 ntBASIC13.49□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Dgcr8-201ENSMUST00000009321 4320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Asrgl1-201ENSMUST00000049948 4195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Camta2-205ENSMUST00000119120 4460 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Armc7-201ENSMUST00000035240 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Npr2-202ENSMUST00000107874 3480 ntTSL 5 BASIC13.48□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 E2f8-202ENSMUST00000119223 3499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Gm26770-201ENSMUST00000180586 2237 ntTSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Stx18-203ENSMUST00000114126 3002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Zfp512-208ENSMUST00000202244 3045 ntTSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Gm38262-201ENSMUST00000194760 1382 ntBASIC13.48□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Gm45175-201ENSMUST00000208295 1375 ntTSL 5 BASIC13.48□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Adm-201ENSMUST00000033054 1390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Rlbp1-202ENSMUST00000179243 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Rasa3-201ENSMUST00000117551 4404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Nek1-209ENSMUST00000211672 5109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Aadac-201ENSMUST00000029325 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Pianp-207ENSMUST00000162170 2053 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Psrc1-201ENSMUST00000090561 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Usp20-211ENSMUST00000170476 4970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 CT573086.2-201ENSMUST00000227277 4992 ntBASIC13.48□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Dio1-202ENSMUST00000106748 396 ntTSL 5 BASIC13.48□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 BC117090-201ENSMUST00000114850 387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Gm12892-201ENSMUST00000117367 1146 ntBASIC13.48□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Gm11557-201ENSMUST00000120200 1008 ntBASIC13.48□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Kctd14-202ENSMUST00000121987 1210 ntTSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Gm12205-201ENSMUST00000133940 575 ntTSL 5 BASIC13.48□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Gm14617-202ENSMUST00000144208 607 ntTSL 3 BASIC13.48□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Gm21982-201ENSMUST00000146232 3821 ntTSL 2 BASIC13.48□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Gm8927-201ENSMUST00000181978 981 ntBASIC13.48□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Bag2-203ENSMUST00000187602 378 ntTSL 2 BASIC13.48□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Gm42516-201ENSMUST00000198691 767 ntBASIC13.48□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 AW822252-206ENSMUST00000208904 237 ntBASIC13.48□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 AC156504.2-201ENSMUST00000213800 711 ntTSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 AC139323.1-201ENSMUST00000223370 1040 ntBASIC13.48□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 AC154621.1-201ENSMUST00000226155 1119 ntBASIC13.48□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Ndufc2-201ENSMUST00000032882 683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Tceal9-201ENSMUST00000048687 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Gm3222-201ENSMUST00000071282 990 ntBASIC13.48□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Cmc2-201ENSMUST00000078589 523 ntTSL 2 BASIC13.48□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Mcm8-202ENSMUST00000066559 3397 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Ncapd3-201ENSMUST00000073127 5499 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.48□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Gm9025-201ENSMUST00000122415 1575 ntBASIC13.48□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 AC113060.1-201ENSMUST00000225689 1573 ntBASIC13.48□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Tle1-201ENSMUST00000030095 2569 ntTSL 5 BASIC13.48□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Sept1-202ENSMUST00000106314 1486 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Luc7l2-207ENSMUST00000161227 2405 ntTSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Setdb1-201ENSMUST00000015841 4658 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Lysmd1-201ENSMUST00000066386 2394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Nsmce2-202ENSMUST00000168722 2679 ntTSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Fam83h-201ENSMUST00000060807 4502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Gm43721-201ENSMUST00000199677 2313 ntBASIC13.47□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Hipk4-201ENSMUST00000037134 2926 ntTSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Gm42479-201ENSMUST00000198654 1356 ntBASIC13.47□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Rab3a-201ENSMUST00000034301 1363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Olfr160-203ENSMUST00000215727 1667 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.47□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 4933412E12Rik-201ENSMUST00000217853 1698 ntTSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Prkcsh-202ENSMUST00000115331 1983 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Hk3-202ENSMUST00000123097 2896 ntTSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Tas1r1-201ENSMUST00000030792 2863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Strip2-205ENSMUST00000151738 5281 ntTSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Cdh22-201ENSMUST00000065438 3702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Aebp2-206ENSMUST00000161335 2524 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Epb41l5-201ENSMUST00000027632 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Pomgnt1-201ENSMUST00000106494 2226 ntTSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Il10-201ENSMUST00000016673 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Misp-202ENSMUST00000169041 2497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Brwd1-201ENSMUST00000023631 8209 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Pcsk7-201ENSMUST00000039059 3876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Pex11b-207ENSMUST00000165842 1562 ntTSL 2 BASIC13.47□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Cpa1-201ENSMUST00000031806 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Mettl23-201ENSMUST00000106370 1276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Slc7a10-203ENSMUST00000135452 629 ntTSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 1700110K17Rik-202ENSMUST00000156511 927 ntTSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Cox6c-205ENSMUST00000156915 606 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.47□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Tgfb1i1-203ENSMUST00000163609 1053 ntTSL 5 BASIC13.47□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Vmn1r206-201ENSMUST00000187140 1135 ntAPPRIS P1 BASIC13.47□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Gm5264-201ENSMUST00000190584 848 ntBASIC13.47□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Rpl17-ps6-201ENSMUST00000222192 532 ntBASIC13.47□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Brk1-201ENSMUST00000035725 1095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Olfr142-201ENSMUST00000099752 918 ntAPPRIS P1 BASIC13.47□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Ppox-201ENSMUST00000073120 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Slc39a3-205ENSMUST00000168076 3461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Wwox-203ENSMUST00000109108 1771 ntTSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Atp13a1-201ENSMUST00000034326 3915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Ppara-203ENSMUST00000109423 2519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Catsper4-201ENSMUST00000055892 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Cul5-201ENSMUST00000034529 3585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Samd11-204ENSMUST00000218788 2217 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Runx1-201ENSMUST00000023673 5861 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Gdpd2-201ENSMUST00000019503 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Rbm12b1-201ENSMUST00000050069 2949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Irak2-201ENSMUST00000059286 3196 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Cdc25a-204ENSMUST00000198308 2880 ntTSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 Gm34016-201ENSMUST00000222678 1384 ntTSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
Rnf40Q3U319 A430057M04Rik-201ENSMUST00000169054 3835 ntTSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 41.2 ms