Protein–RNA interactions for Protein: Q8CEC0

Nup88, Nuclear pore complex protein Nup88, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 753 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Nup88Q8CEC0 Tmem55a-201ENSMUST00000029875 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Nup88Q8CEC0 Sh2b1-206ENSMUST00000205889 3011 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Nup88Q8CEC0 Gatad2a-206ENSMUST00000212478 3622 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
Nup88Q8CEC0 Hacd2-201ENSMUST00000061156 3603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Nup88Q8CEC0 AC161252.3-201ENSMUST00000225465 1549 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
Nup88Q8CEC0 Gdf6-201ENSMUST00000057613 3532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Nup88Q8CEC0 Lgals8-203ENSMUST00000124888 2843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Nup88Q8CEC0 Pphln1-203ENSMUST00000109256 3759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Nup88Q8CEC0 Sall4-201ENSMUST00000029061 5073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Nup88Q8CEC0 Afap1l1-201ENSMUST00000120472 3444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Nup88Q8CEC0 Calr3-201ENSMUST00000019876 1769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Nup88Q8CEC0 Rfx1-204ENSMUST00000211046 3677 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
Nup88Q8CEC0 Gm36356-201ENSMUST00000209224 2277 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Nup88Q8CEC0 Nol4-208ENSMUST00000164893 2175 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
Nup88Q8CEC0 S1pr3-201ENSMUST00000087978 4463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Nup88Q8CEC0 Gm9946-202ENSMUST00000162741 1580 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Nup88Q8CEC0 BC003331-205ENSMUST00000111913 3273 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
Nup88Q8CEC0 Dennd6b-201ENSMUST00000078953 4607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Nup88Q8CEC0 Kdm3a-214ENSMUST00000207023 4753 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
Nup88Q8CEC0 Kif1c-202ENSMUST00000094499 5168 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Nup88Q8CEC0 Slc29a2-201ENSMUST00000025826 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Nup88Q8CEC0 Mylk2-201ENSMUST00000028970 2951 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Nup88Q8CEC0 Ebna1bp2-201ENSMUST00000030501 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Nup88Q8CEC0 Dixdc1-202ENSMUST00000117093 1613 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Nup88Q8CEC0 Fam71f1-204ENSMUST00000166462 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Nup88Q8CEC0 Gm26616-202ENSMUST00000195676 3107 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
Nup88Q8CEC0 Creld2-201ENSMUST00000024042 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Nup88Q8CEC0 Lrrc8e-201ENSMUST00000053035 3878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Nup88Q8CEC0 Sugp2-201ENSMUST00000093458 3874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Nup88Q8CEC0 Aida-201ENSMUST00000109166 4279 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Nup88Q8CEC0 Fosb-207ENSMUST00000208505 3523 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
Nup88Q8CEC0 Ankrd61-203ENSMUST00000110718 1774 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Nup88Q8CEC0 Pcdh7-203ENSMUST00000191837 8785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Nup88Q8CEC0 Mir874-201ENSMUST00000104769 76 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
Nup88Q8CEC0 Zbtb32-201ENSMUST00000108150 854 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Nup88Q8CEC0 Gm14730-201ENSMUST00000122378 1045 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
Nup88Q8CEC0 Shisa5-203ENSMUST00000154184 1038 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Nup88Q8CEC0 Snhg9-201ENSMUST00000161706 183 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Nup88Q8CEC0 C430014B12Rik-201ENSMUST00000181720 1001 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Nup88Q8CEC0 Gm7498-201ENSMUST00000203282 1084 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
Nup88Q8CEC0 Tgif2-ps1-201ENSMUST00000203590 713 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
Nup88Q8CEC0 AC153144.2-201ENSMUST00000221766 451 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
Nup88Q8CEC0 Gm26577-201ENSMUST00000180680 2184 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Nup88Q8CEC0 Lrrc10-201ENSMUST00000073834 1428 ntAPPRIS P1 BASIC15.4■□□□□ 0.06
Nup88Q8CEC0 Zfp236-201ENSMUST00000171071 9626 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Nup88Q8CEC0 Tmem39a-201ENSMUST00000002924 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Nup88Q8CEC0 Ska1-202ENSMUST00000177604 2605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Nup88Q8CEC0 Nrg1-210ENSMUST00000208488 2403 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
Nup88Q8CEC0 Hspa8-202ENSMUST00000117557 2019 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Nup88Q8CEC0 Decr2-201ENSMUST00000040907 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Nup88Q8CEC0 Nup93-201ENSMUST00000079961 2707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Nup88Q8CEC0 Nap1l1-203ENSMUST00000217908 1350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Nup88Q8CEC0 Max-201ENSMUST00000082136 1926 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Nup88Q8CEC0 Spock3-201ENSMUST00000093480 3024 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
Nup88Q8CEC0 Rnaseh2a-210ENSMUST00000147812 1532 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
Nup88Q8CEC0 Rab11fip1-201ENSMUST00000033878 3217 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Nup88Q8CEC0 AC153366.2-201ENSMUST00000219461 1984 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
Nup88Q8CEC0 Pnpo-202ENSMUST00000107629 681 ntTSL 3 BASIC15.39■□□□□ 0.05
Nup88Q8CEC0 Gm29649-201ENSMUST00000185649 419 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
Nup88Q8CEC0 Gm37424-201ENSMUST00000191727 561 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
Nup88Q8CEC0 Lamtor2-201ENSMUST00000029698 668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Nup88Q8CEC0 Dmac1-201ENSMUST00000030103 741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Nup88Q8CEC0 1700018B08Rik-201ENSMUST00000034265 1084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Nup88Q8CEC0 Gm24447-201ENSMUST00000083977 338 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
Nup88Q8CEC0 Glod4-201ENSMUST00000017430 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Nup88Q8CEC0 Wdr45-204ENSMUST00000115689 1568 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Nup88Q8CEC0 Zbtb44-205ENSMUST00000216649 3157 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Nup88Q8CEC0 Rp2-202ENSMUST00000115387 4498 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Nup88Q8CEC0 Rgs12-205ENSMUST00000114283 2628 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
Nup88Q8CEC0 Shc1-203ENSMUST00000107417 3079 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Nup88Q8CEC0 Sirpa-214ENSMUST00000179001 3812 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
Nup88Q8CEC0 Mpi-201ENSMUST00000034856 1780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Nup88Q8CEC0 Ppil2-212ENSMUST00000164458 2230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Nup88Q8CEC0 Dnpep-203ENSMUST00000185419 2833 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Nup88Q8CEC0 Igf2-201ENSMUST00000000033 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Nup88Q8CEC0 Sacs-202ENSMUST00000119509 3468 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Nup88Q8CEC0 Tgm6-201ENSMUST00000028888 3327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Nup88Q8CEC0 Pigq-201ENSMUST00000026823 3173 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Nup88Q8CEC0 Vrtn-201ENSMUST00000095551 3028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Nup88Q8CEC0 Ptpn7-203ENSMUST00000187985 1990 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Nup88Q8CEC0 Rai1-202ENSMUST00000090806 7217 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Nup88Q8CEC0 Proser3-202ENSMUST00000108165 2466 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Nup88Q8CEC0 Cd34-201ENSMUST00000016638 2454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Nup88Q8CEC0 Proser3-206ENSMUST00000215288 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Nup88Q8CEC0 Snx10-201ENSMUST00000049152 2480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Nup88Q8CEC0 Olfr607-202ENSMUST00000214347 5706 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Nup88Q8CEC0 Gm44851-201ENSMUST00000205735 2309 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
Nup88Q8CEC0 AC151895.1-201ENSMUST00000219025 1742 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
Nup88Q8CEC0 Rnf180-201ENSMUST00000069686 1728 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Nup88Q8CEC0 Scube1-203ENSMUST00000076060 3913 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Nup88Q8CEC0 Yeats2-201ENSMUST00000090052 5997 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Nup88Q8CEC0 Arid1b-202ENSMUST00000115797 11325 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Nup88Q8CEC0 Gpd1l-202ENSMUST00000129305 2543 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Nup88Q8CEC0 Trim27-205ENSMUST00000221464 1400 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Nup88Q8CEC0 Lims1-203ENSMUST00000105468 1205 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Nup88Q8CEC0 Timm10b-202ENSMUST00000106780 671 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Nup88Q8CEC0 Mrpl40-202ENSMUST00000119273 778 ntTSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Nup88Q8CEC0 Dpy30-202ENSMUST00000164832 799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Nup88Q8CEC0 Gm42442-201ENSMUST00000197951 1133 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
Nup88Q8CEC0 Degs2-201ENSMUST00000021691 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 30.5 ms