Protein–RNA interactions for Protein: P39428

Traf1, TNF receptor-associated factor 1, mousemouse

Predictions only

Length 409 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Traf1P39428 Gm11978-201ENSMUST00000122315 466 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Smim5-201ENSMUST00000131566 700 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Hoxb5os-202ENSMUST00000150698 596 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Gm25261-201ENSMUST00000157416 134 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
Traf1P39428 4930524O07Rik-201ENSMUST00000161822 1050 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Cd180-203ENSMUST00000170878 842 ntTSL 3 BASIC15.11■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Cd180-205ENSMUST00000172138 518 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Gm38266-201ENSMUST00000194931 421 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Gm6458-201ENSMUST00000211573 635 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
Traf1P39428 AC160029.2-201ENSMUST00000218285 548 ntTSL 3 BASIC15.11■□□□□ 0.01
Traf1P39428 AC140406.1-201ENSMUST00000226481 465 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
Traf1P39428 n-R5s195-201ENSMUST00000082891 119 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Rfx7-203ENSMUST00000183372 1457 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Wnk1-203ENSMUST00000088644 11330 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Dtnb-223ENSMUST00000174547 2112 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Fbxw9-201ENSMUST00000095220 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Ate1-204ENSMUST00000178534 1530 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Mecr-201ENSMUST00000030742 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Ccdc92b-201ENSMUST00000100866 4002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Slc5a11-201ENSMUST00000033035 2396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Chml-201ENSMUST00000104984 6905 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Chml-202ENSMUST00000209720 6905 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
Traf1P39428 B230217C12Rik-202ENSMUST00000155954 2181 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Gm5124-201ENSMUST00000127554 1970 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Dmrta1-201ENSMUST00000052478 4079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Pir-201ENSMUST00000033749 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Pou5f2-201ENSMUST00000175955 1394 ntAPPRIS P1 BASIC15.11■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Ugt1a5-201ENSMUST00000097659 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Hadhb-203ENSMUST00000114786 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Traf1P39428 1810030O07Rik-201ENSMUST00000060108 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Zyg11b-201ENSMUST00000043616 8691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Gm28386-201ENSMUST00000189147 1849 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Nek6-203ENSMUST00000112902 3147 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Lnx1-205ENSMUST00000117525 2259 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Traf1P39428 6330537M06Rik-201ENSMUST00000212384 1642 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Micu1-202ENSMUST00000092508 2294 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Mau2-202ENSMUST00000168013 5323 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Ctsa-203ENSMUST00000103093 2534 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Gm14149-201ENSMUST00000123048 1853 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Sox17-206ENSMUST00000192650 3242 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Rit2-202ENSMUST00000139924 1674 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Pnpla5-201ENSMUST00000019012 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Bcs1l-203ENSMUST00000113733 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Lrguk-202ENSMUST00000101564 967 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Traf1P39428 6330418K02Rik-201ENSMUST00000124298 743 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Ablim2-213ENSMUST00000150146 415 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Abhd14b-202ENSMUST00000185347 1200 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.1■□□□□ 0.01
Traf1P39428 2010310C07Rik-202ENSMUST00000190889 842 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Gm43133-201ENSMUST00000197472 463 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Ndufb3-201ENSMUST00000027193 763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Gm17383-201ENSMUST00000078739 1041 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Olfr91-201ENSMUST00000087144 939 ntAPPRIS P1 BASIC15.1■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Olfr521-201ENSMUST00000098263 967 ntAPPRIS P1 BASIC15.1■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Dnaaf2-201ENSMUST00000021356 3390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Fmo1-202ENSMUST00000111518 1506 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Arhgap27os3-201ENSMUST00000124462 2729 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Gm14608-201ENSMUST00000120030 1553 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Slc31a2-201ENSMUST00000084530 1820 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Allc-202ENSMUST00000110917 1384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Wdr25-206ENSMUST00000221510 1600 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Spin1-201ENSMUST00000095797 4434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Sdha-201ENSMUST00000022062 2900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Rnf185-201ENSMUST00000064364 2906 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Tufm-201ENSMUST00000098048 1679 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Fgfr1-202ENSMUST00000117179 4046 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Ehbp1l1-201ENSMUST00000049295 6404 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Zscan29-205ENSMUST00000163766 3611 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Gm43273-201ENSMUST00000199649 2594 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Rasal3-201ENSMUST00000063824 3681 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Zyx-202ENSMUST00000164375 3188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Apoo-204ENSMUST00000113898 784 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.09■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Gm12349-201ENSMUST00000153030 657 ntTSL 3 BASIC15.09■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Prr13-204ENSMUST00000164957 1055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Cbarp-214ENSMUST00000169546 2980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
Traf1P39428 1700015O11Rik-201ENSMUST00000180964 678 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Traf1P39428 2010106C02Rik-201ENSMUST00000191222 660 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Gm43118-201ENSMUST00000199149 775 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Gm3961-201ENSMUST00000204425 994 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
Traf1P39428 AC152453.1-201ENSMUST00000218802 1254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Traf1P39428 AC144543.1-201ENSMUST00000221840 1064 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Dmkn-201ENSMUST00000041703 662 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Krtap4-7-201ENSMUST00000055121 984 ntAPPRIS P1 BASIC15.09■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Olfr569-201ENSMUST00000078191 945 ntAPPRIS P1 BASIC15.09■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Olfr582-201ENSMUST00000098212 960 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
Traf1P39428 A530083I20Rik-201ENSMUST00000180486 2421 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Gngt2-201ENSMUST00000036088 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Sdccag8-202ENSMUST00000056773 1551 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Traf1P39428 AC238940.1-201ENSMUST00000225106 1858 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Ptprk-202ENSMUST00000218276 4754 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Irs1-201ENSMUST00000069799 9144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Pla2g4c-204ENSMUST00000167232 2154 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Dnmt3b-206ENSMUST00000103151 3956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Dnmt3b-205ENSMUST00000103150 4070 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Gpsm2-201ENSMUST00000029482 3498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Nfic-202ENSMUST00000078185 3163 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Epb41-203ENSMUST00000084253 5141 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Lca5-202ENSMUST00000034793 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Arhgef1-202ENSMUST00000098683 3375 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Adamts7-208ENSMUST00000167122 5338 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Gm15897-201ENSMUST00000117770 1486 ntBASIC15.08■□□□□ 0.01
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 37.9 ms