Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

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Length 1,001 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Abcg5-201ENSMUST00000066175 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.67□□□□□ -0.22
Rnf40Q3U319 Lrig2-201ENSMUST00000046316 7099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.67□□□□□ -0.22
Rnf40Q3U319 Arhgap25-202ENSMUST00000101197 2493 ntTSL 1 (best) BASIC13.67□□□□□ -0.22
Rnf40Q3U319 Ralgps2-207ENSMUST00000188656 2481 ntTSL 1 (best) BASIC13.67□□□□□ -0.22
Rnf40Q3U319 Mxd1-201ENSMUST00000001184 4666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.67□□□□□ -0.22
Rnf40Q3U319 Tmc8-204ENSMUST00000119455 2736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.67□□□□□ -0.22
Rnf40Q3U319 Nek3-202ENSMUST00000110730 2050 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.67□□□□□ -0.22
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Rnf40Q3U319 Rin3-201ENSMUST00000056950 3892 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.67□□□□□ -0.22
Rnf40Q3U319 Scamp5-201ENSMUST00000046587 3225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.67□□□□□ -0.22
Rnf40Q3U319 Ccdc170-201ENSMUST00000019901 2151 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.67□□□□□ -0.22
Rnf40Q3U319 Tmem253-201ENSMUST00000100638 1234 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.67□□□□□ -0.22
Rnf40Q3U319 Ndufb6-202ENSMUST00000108108 480 ntTSL 3 BASIC13.67□□□□□ -0.22
Rnf40Q3U319 Uqcrq-203ENSMUST00000109021 405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.67□□□□□ -0.22
Rnf40Q3U319 Wdr61-203ENSMUST00000121204 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.67□□□□□ -0.22
Rnf40Q3U319 1190007I07Rik-202ENSMUST00000176200 586 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.67□□□□□ -0.22
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Rnf40Q3U319 Timm9-205ENSMUST00000221178 529 ntTSL 3 BASIC13.67□□□□□ -0.22
Rnf40Q3U319 AC131997.1-201ENSMUST00000228611 1229 ntBASIC13.67□□□□□ -0.22
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Rnf40Q3U319 Wipf3-201ENSMUST00000126637 4414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.67□□□□□ -0.22
Rnf40Q3U319 Cdk5rap3-201ENSMUST00000103152 2250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.67□□□□□ -0.22
Rnf40Q3U319 Dmrtc1c1-201ENSMUST00000118218 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.67□□□□□ -0.22
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Rnf40Q3U319 Dmrtc1c2-203ENSMUST00000120314 1611 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.67□□□□□ -0.22
Rnf40Q3U319 Ttll12-201ENSMUST00000016901 3220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.67□□□□□ -0.22
Rnf40Q3U319 Abhd18-202ENSMUST00000108078 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.67□□□□□ -0.22
Rnf40Q3U319 Glrx3-203ENSMUST00000211496 3440 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.67□□□□□ -0.22
Rnf40Q3U319 Adamtsl4-202ENSMUST00000117782 4036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.67□□□□□ -0.22
Rnf40Q3U319 Mfap3l-202ENSMUST00000160719 6335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.67□□□□□ -0.22
Rnf40Q3U319 Ednrb-203ENSMUST00000227824 2669 ntAPPRIS P1 BASIC13.67□□□□□ -0.22
Rnf40Q3U319 Rbpj-207ENSMUST00000201883 4961 ntTSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
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Rnf40Q3U319 Gm26703-201ENSMUST00000181370 2864 ntTSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
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Rnf40Q3U319 Hspa4l-208ENSMUST00000204702 9479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
Rnf40Q3U319 Brdt-201ENSMUST00000031215 4745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
Rnf40Q3U319 Pitpnm3-201ENSMUST00000075258 6555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
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Rnf40Q3U319 Umod-206ENSMUST00000209095 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
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Rnf40Q3U319 H2-Bl-204ENSMUST00000184502 862 ntTSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
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Rnf40Q3U319 Vsx2-202ENSMUST00000169934 3249 ntTSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
Rnf40Q3U319 Ush1c-206ENSMUST00000154292 2767 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
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Rnf40Q3U319 Lipe-201ENSMUST00000003207 3613 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
Rnf40Q3U319 Rapgef3-204ENSMUST00000128775 3586 ntTSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
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Rnf40Q3U319 Olfr283-202ENSMUST00000215830 2392 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.65□□□□□ -0.22
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Rnf40Q3U319 Psmd9-201ENSMUST00000100729 2597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
Rnf40Q3U319 Polm-202ENSMUST00000109837 2697 ntTSL 5 BASIC13.65□□□□□ -0.22
Rnf40Q3U319 Git1-201ENSMUST00000037285 3512 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
Rnf40Q3U319 Ebf2-202ENSMUST00000176029 2784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
Rnf40Q3U319 Dennd4b-201ENSMUST00000098914 5423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
Rnf40Q3U319 Ins2-205ENSMUST00000105933 552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
Rnf40Q3U319 Ins2-206ENSMUST00000105934 480 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.65□□□□□ -0.22
Rnf40Q3U319 Ppil3-203ENSMUST00000114348 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
Rnf40Q3U319 Kxd1-202ENSMUST00000117580 696 ntTSL 5 BASIC13.65□□□□□ -0.22
Rnf40Q3U319 Enkd1-201ENSMUST00000013299 1275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
Rnf40Q3U319 Egfl7-216ENSMUST00000174211 1163 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
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Rnf40Q3U319 Gm28942-201ENSMUST00000186334 365 ntTSL 3 BASIC13.65□□□□□ -0.22
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Rnf40Q3U319 Gm43073-201ENSMUST00000198200 1189 ntBASIC13.65□□□□□ -0.22
Rnf40Q3U319 Gm42839-201ENSMUST00000198978 525 ntTSL 2 BASIC13.65□□□□□ -0.22
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