Protein–RNA interactions for Protein: P39428

Traf1, TNF receptor-associated factor 1, mousemouse

Predictions only

Length 409 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Traf1P39428 Gm8399-201ENSMUST00000082300 1117 ntBASIC15.3■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Hspa12b-201ENSMUST00000099349 3413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Tpr-203ENSMUST00000124973 7430 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Satb2-201ENSMUST00000042857 6277 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Nphp4-202ENSMUST00000081393 5027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Ap2a1-204ENSMUST00000167930 3376 ntTSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Osbp2-202ENSMUST00000101632 2697 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Parp16-202ENSMUST00000213396 2518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Gstcd-202ENSMUST00000080583 2394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Pfkfb3-212ENSMUST00000170196 2163 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Gm44065-201ENSMUST00000203184 3527 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Dpysl5-203ENSMUST00000114729 5191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Asb10-202ENSMUST00000117900 1432 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Lamb2-201ENSMUST00000065014 5629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Catsper3-202ENSMUST00000109898 1311 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Phactr3-201ENSMUST00000103065 2642 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Supt6-201ENSMUST00000002121 6488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Plekha7-203ENSMUST00000181998 5149 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Ighv7-3-201ENSMUST00000103461 361 ntAPPRIS P1 BASIC15.29■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Birc7-201ENSMUST00000108875 1178 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Fgf8-203ENSMUST00000111924 630 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Gm6447-201ENSMUST00000118905 835 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Rdh18-ps-201ENSMUST00000137395 944 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Rdh18-ps-202ENSMUST00000143917 953 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Mad2l1bp-201ENSMUST00000171172 1269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Gm8801-201ENSMUST00000173255 1064 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Gm45233-201ENSMUST00000203633 898 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Rrp36-201ENSMUST00000024766 1195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Pin1rt1-201ENSMUST00000099659 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Tcf3-205ENSMUST00000105341 2451 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Il6ra-202ENSMUST00000197679 8639 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Gm43677-201ENSMUST00000198098 2378 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Epb41-208ENSMUST00000105981 5303 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Gm14752-201ENSMUST00000120719 2075 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
Traf1P39428 4732471J01Rik-203ENSMUST00000206300 1887 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Hspb7-201ENSMUST00000102486 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Per1-206ENSMUST00000166748 4636 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Traf1P39428 4833439L19Rik-201ENSMUST00000026989 2727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Mob1b-201ENSMUST00000006424 2705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Zc3h13-201ENSMUST00000022577 6151 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Tmem163-205ENSMUST00000185560 3488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Pole2-201ENSMUST00000021359 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Sirt3-210ENSMUST00000211179 1606 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
Traf1P39428 4930453N24Rik-201ENSMUST00000076991 5522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Ap5z1-202ENSMUST00000196055 2965 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Cog7-201ENSMUST00000057576 2902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Pnoc-201ENSMUST00000059339 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Hk2-204ENSMUST00000170833 2792 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Poli-205ENSMUST00000161542 2736 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Nt5c3b-203ENSMUST00000107397 1348 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Sipa1-201ENSMUST00000071857 3868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Arap1-204ENSMUST00000107010 5147 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Lamtor2-202ENSMUST00000119002 568 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Gm11751-201ENSMUST00000126187 460 ntTSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
Traf1P39428 4933427G23Rik-202ENSMUST00000126393 544 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Crb3-204ENSMUST00000163763 868 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Dnm3os-203ENSMUST00000185878 557 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Gm38161-201ENSMUST00000195344 576 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
Traf1P39428 2810047C21Rik1-202ENSMUST00000210322 1179 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Rpl10-202ENSMUST00000074085 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Olfr707-201ENSMUST00000088687 924 ntAPPRIS P1 BASIC15.28■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Olfr1532-ps1-201ENSMUST00000098140 924 ntAPPRIS P1 BASIC15.28■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Nfasc-201ENSMUST00000043189 5072 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Eya4-206ENSMUST00000219315 3100 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Rnf26-205ENSMUST00000215685 1804 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Adamts8-201ENSMUST00000068135 3631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Gm20488-201ENSMUST00000201641 2996 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Vangl1-201ENSMUST00000029453 6531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Traf1P39428 1700065D16Rik-205ENSMUST00000190890 2903 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Fam155a-201ENSMUST00000110969 3388 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Mutyh-201ENSMUST00000102699 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Dnajc30-201ENSMUST00000071263 1661 ntAPPRIS P1 BASIC15.28■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Edem3-203ENSMUST00000188145 3262 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Ddx27-201ENSMUST00000018143 2714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Lpcat1-201ENSMUST00000022099 3675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Pak4-201ENSMUST00000032823 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Pde1c-209ENSMUST00000203372 3147 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Gm13848-201ENSMUST00000130777 2047 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Prrx1-204ENSMUST00000174397 6527 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Hoxd3-202ENSMUST00000111982 2413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Cep85-201ENSMUST00000040271 3893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Zmym4-201ENSMUST00000106108 7102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Unc5b-203ENSMUST00000218637 3653 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Gm38049-201ENSMUST00000195698 1372 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Wfdc1-201ENSMUST00000024107 1371 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Hdgfl2-212ENSMUST00000226053 2270 ntAPPRIS P2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Gm5620-201ENSMUST00000077991 1348 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
Traf1P39428 BC003965-201ENSMUST00000088307 3022 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Mrpl40-202ENSMUST00000119273 778 ntTSL 3 BASIC15.27■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Fuom-203ENSMUST00000121115 872 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Polr3c-202ENSMUST00000125183 923 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Spdye4b-202ENSMUST00000159781 1128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Ppm1h-208ENSMUST00000162969 811 ntTSL 3 BASIC15.27■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Atp6v0c-ps1-201ENSMUST00000206596 463 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Gm45331-201ENSMUST00000209868 554 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Gm36264-202ENSMUST00000221989 1142 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Timm10-201ENSMUST00000028470 690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Olfr1346-201ENSMUST00000056144 1051 ntAPPRIS P1 BASIC15.27■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Dnal4-202ENSMUST00000069877 1011 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Cenpm-202ENSMUST00000089157 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 27.9 ms