Protein–RNA interactions for Protein: P39428

Traf1, TNF receptor-associated factor 1, mousemouse

Predictions only

Length 409 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Traf1P39428 C230004F18Rik-203ENSMUST00000137153 2138 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Slc2a6-201ENSMUST00000045702 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Ptprv-210ENSMUST00000183317 6108 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Tbx6-201ENSMUST00000094037 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Spidr-201ENSMUST00000040248 3279 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Traf1P39428 S100pbp-204ENSMUST00000106061 4426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Traf1P39428 1110008P14Rik-202ENSMUST00000146423 2618 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Wdtc1-202ENSMUST00000105906 4057 ntTSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Pigv-201ENSMUST00000062118 3979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Cspg5-204ENSMUST00000197850 7868 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Aptx-202ENSMUST00000068125 5383 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Mcc-202ENSMUST00000164666 3606 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Prcd-202ENSMUST00000116318 799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Gm11478-201ENSMUST00000117851 599 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Flg-208ENSMUST00000180308 1076 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Gm29417-201ENSMUST00000188160 571 ntTSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Gnb4-208ENSMUST00000193050 423 ntTSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Aqp10-ps-201ENSMUST00000199555 611 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Eapp-201ENSMUST00000067272 590 ntTSL 3 BASIC16.15■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Rpl13a-ps1-201ENSMUST00000071866 612 ntAPPRIS P1 BASIC16.15■□□□□ 0.18
Traf1P39428 App-204ENSMUST00000227021 3264 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Nfatc4-204ENSMUST00000226357 2680 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Ash2l-201ENSMUST00000068892 3307 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Mavs-202ENSMUST00000110199 3057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Vta1-205ENSMUST00000154132 1974 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Gm26732-201ENSMUST00000181807 2771 ntTSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Hdac10-202ENSMUST00000109347 1824 ntTSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
Traf1P39428 Ncln-202ENSMUST00000118498 2841 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Fgfr1op-202ENSMUST00000097419 3505 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Rsrp1-201ENSMUST00000078084 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Ppp2r5b-201ENSMUST00000025695 2742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Wisp3-201ENSMUST00000076713 1419 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Gm14812-201ENSMUST00000156494 1794 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Gm11555-202ENSMUST00000104929 638 ntAPPRIS P1 BASIC16.14■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Akirin1-ps-201ENSMUST00000119676 458 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Snap47-202ENSMUST00000120940 1192 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Pax5-213ENSMUST00000173821 996 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Gm26600-201ENSMUST00000181637 1256 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Gm18905-201ENSMUST00000205454 928 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Gm45384-201ENSMUST00000210451 277 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Rrp1-201ENSMUST00000062678 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Rnf103-203ENSMUST00000114179 2671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Gm4081-201ENSMUST00000195287 1838 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Btbd10-201ENSMUST00000047091 2581 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Kctd14-205ENSMUST00000206279 2203 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Casc4-203ENSMUST00000089915 3475 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Il2rb-202ENSMUST00000163494 1894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Zfp296-201ENSMUST00000108453 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Vav1-201ENSMUST00000005889 2963 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Fam57b-203ENSMUST00000205324 1915 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Pxdn-201ENSMUST00000118321 2698 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Trmt1-205ENSMUST00000125370 2114 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
Traf1P39428 AC114543.1-201ENSMUST00000226451 1558 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Syncrip-209ENSMUST00000174361 1767 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Wdfy3-206ENSMUST00000174698 3858 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Tuft1-203ENSMUST00000196655 2156 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Plekha1-201ENSMUST00000048180 3321 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Vash1-201ENSMUST00000021681 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Etfrf1-205ENSMUST00000111724 1618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Lipo3-201ENSMUST00000025694 2768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Rpa2-201ENSMUST00000102561 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Traf1P39428 C2cd2l-201ENSMUST00000065080 4337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Ablim3-201ENSMUST00000049378 4532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Saa1-201ENSMUST00000128088 609 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Ly6f-202ENSMUST00000189654 818 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Platr12-202ENSMUST00000189722 549 ntTSL 3 BASIC16.13■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Gm40493-201ENSMUST00000210223 400 ntTSL 3 BASIC16.13■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Gm9908-201ENSMUST00000211534 448 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Pld3-201ENSMUST00000117095 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Gldn-201ENSMUST00000056740 4658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Suv39h2-201ENSMUST00000027956 4327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Gng2-204ENSMUST00000160013 3826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Sema6b-202ENSMUST00000167545 3847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Mib2-201ENSMUST00000103176 3642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Tspan15-201ENSMUST00000047883 3638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Mdfic-201ENSMUST00000101663 3431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Mdfic-207ENSMUST00000190255 3431 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Piezo1-209ENSMUST00000156333 8219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Piezo1-201ENSMUST00000067252 8216 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Tmem101-201ENSMUST00000021296 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Traf1P39428 1600014C10Rik-205ENSMUST00000178876 3283 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Tppp3-203ENSMUST00000177126 1396 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.13■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Abl2-201ENSMUST00000027888 3549 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Gm42690-201ENSMUST00000197921 1836 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Tmem211-201ENSMUST00000086615 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Atp2a2-202ENSMUST00000177974 3984 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Os9-201ENSMUST00000080975 2458 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Ccnj-202ENSMUST00000119316 3763 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Cd3d-201ENSMUST00000034602 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Dapk1-201ENSMUST00000044083 5304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Tle3-210ENSMUST00000161207 2592 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Gm45630-201ENSMUST00000210243 1911 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Arhgap8-205ENSMUST00000168811 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Traf1P39428 St6gal2-202ENSMUST00000086878 2606 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Jaml-204ENSMUST00000215880 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Grm7-201ENSMUST00000071076 3127 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
Traf1P39428 1700037H04Rik-202ENSMUST00000103188 1241 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Alkbh2-202ENSMUST00000112279 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Rnd1-203ENSMUST00000120997 856 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Traf1P39428 Ccdc24-209ENSMUST00000171052 891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 26.4 ms