Protein–RNA interactions for Protein: P39428

Traf1, TNF receptor-associated factor 1, mousemouse

Predictions only

Length 409 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Traf1P39428 Cpeb3-212ENSMUST00000154376 5671 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Dlat-201ENSMUST00000034567 4035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Camk1g-204ENSMUST00000169907 1968 ntTSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Gm10406-202ENSMUST00000170738 1955 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Elfn2-201ENSMUST00000088592 4846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Gale-202ENSMUST00000102541 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Adk-207ENSMUST00000224069 1818 ntAPPRIS ALT1 BASIC16.48■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Hnf1a-201ENSMUST00000031535 3191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Tbc1d22b-201ENSMUST00000048677 3592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Gm12585-201ENSMUST00000117307 290 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Crybb3-205ENSMUST00000120506 804 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.48■□□□□ 0.23
Traf1P39428 4833428L15Rik-201ENSMUST00000181230 1259 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Gm29585-201ENSMUST00000185270 514 ntTSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Gm29667-201ENSMUST00000190817 490 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Gm45785-201ENSMUST00000209690 988 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Tex12-202ENSMUST00000217236 1003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Traf1P39428 CR974585.1-201ENSMUST00000221790 1263 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Hist1h2aa-201ENSMUST00000072391 390 ntAPPRIS P1 BASIC16.48■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Dym-201ENSMUST00000039608 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Prrg4-201ENSMUST00000028593 2872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Dnmt3b-201ENSMUST00000056495 4318 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Usp27x-203ENSMUST00000191497 4273 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Il11ra1-201ENSMUST00000098132 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Traf1P39428 2810006K23Rik-202ENSMUST00000111477 1637 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Rad52-201ENSMUST00000032269 1617 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Dhrs1-201ENSMUST00000002403 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Tacc1-202ENSMUST00000084512 6471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Rxra-202ENSMUST00000100251 1952 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Mospd3-202ENSMUST00000111007 1318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Pacs2-201ENSMUST00000084891 5480 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Mfsd6l-201ENSMUST00000053211 2060 ntAPPRIS P1 BASIC16.47■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Cbarp-215ENSMUST00000170219 2941 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
Traf1P39428 1810014B01Rik-201ENSMUST00000181587 1661 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Gm2061-201ENSMUST00000180623 2761 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Spns1-202ENSMUST00000119754 2001 ntTSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Ccdc69-202ENSMUST00000108880 1020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Pttg1ip-205ENSMUST00000162429 652 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
Traf1P39428 2410004P03Rik-203ENSMUST00000190691 953 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Gm28631-201ENSMUST00000190740 334 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Gm33320-201ENSMUST00000192232 530 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Ighv1-25-201ENSMUST00000195638 345 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Wdr45-225ENSMUST00000208443 1172 ntTSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
Traf1P39428 AC121598.1-201ENSMUST00000228224 1019 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Rnf113a1-201ENSMUST00000046433 1223 ntAPPRIS P1 BASIC16.47■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Kcnip2-203ENSMUST00000086993 1005 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Acly-202ENSMUST00000107385 1741 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Ddi2-201ENSMUST00000102484 9553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Rfx5-207ENSMUST00000137088 4333 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Serpina11-202ENSMUST00000120251 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Ism2-202ENSMUST00000125733 2526 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Chodl-201ENSMUST00000023568 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Slc8b1-201ENSMUST00000068326 2898 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Ecsit-201ENSMUST00000098937 1673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Slc18b1-206ENSMUST00000179321 2843 ntTSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Gm9913-201ENSMUST00000066157 2793 ntAPPRIS P1 BASIC16.46■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Sox21-201ENSMUST00000170662 3799 ntAPPRIS P1 BASIC16.46■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Arpin-201ENSMUST00000048731 2277 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Dusp14-203ENSMUST00000108101 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Il11-202ENSMUST00000163481 990 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Ift27-201ENSMUST00000016781 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Trp53tg5-201ENSMUST00000017864 934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Cd302-201ENSMUST00000028356 1257 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Vps53-201ENSMUST00000056601 2833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Ap4b1-207ENSMUST00000200377 1823 ntTSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Lrrc32-203ENSMUST00000205956 4576 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Gm40765-201ENSMUST00000218612 1469 ntTSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Wdr70-201ENSMUST00000045766 2126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Gli1-201ENSMUST00000026474 4057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
Traf1P39428 Arid3a-203ENSMUST00000105377 4952 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Mef2d-204ENSMUST00000119251 3488 ntTSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Dhx34-203ENSMUST00000119102 4310 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Pex5-201ENSMUST00000035861 3139 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Usp35-201ENSMUST00000139582 4262 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Tdrd12-205ENSMUST00000205407 1412 ntTSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Psmd5-201ENSMUST00000028225 4397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Kdm4b-202ENSMUST00000086835 4360 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Aqp11-205ENSMUST00000206389 3737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Rgs3-204ENSMUST00000107420 2752 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Scube2-203ENSMUST00000106729 3563 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Fam169b-202ENSMUST00000125685 2821 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Skida1-201ENSMUST00000066885 2936 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Bcan-201ENSMUST00000090971 3141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Rdm1-201ENSMUST00000010506 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Tmem128-202ENSMUST00000119047 726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
Traf1P39428 1700029H14Rik-204ENSMUST00000151400 1216 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
Traf1P39428 2900022M07Rik-201ENSMUST00000193912 1017 ntBASIC16.45■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Gm6916-202ENSMUST00000205523 195 ntBASIC16.45■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Gm45552-201ENSMUST00000209340 778 ntTSL 3 BASIC16.45■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Gm7390-201ENSMUST00000212452 1216 ntBASIC16.45■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Uts2-201ENSMUST00000030803 538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Hist1h2al-201ENSMUST00000091708 339 ntBASIC16.45■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Sgpl1-202ENSMUST00000122259 4102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Sem1-201ENSMUST00000041111 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Entpd5-204ENSMUST00000117286 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
Traf1P39428 4930558J18Rik-201ENSMUST00000181949 2052 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Otud6b-201ENSMUST00000117268 3266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Spo11-201ENSMUST00000050442 1709 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Fbxo30-202ENSMUST00000129456 5060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Arhgef12-202ENSMUST00000165665 10752 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Fbxo44-205ENSMUST00000151127 1403 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 23.6 ms