Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

Predictions only

Length 1,001 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Meig1-202ENSMUST00000115081 421 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Hotairm1-202ENSMUST00000132559 713 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Gnb2-209ENSMUST00000143495 1285 ntTSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Gm20675-201ENSMUST00000175861 338 ntTSL 3 BASIC15.03■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Gm9172-201ENSMUST00000212092 954 ntBASIC15.03■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 AC155729.1-201ENSMUST00000227758 544 ntBASIC15.03■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Ap2m1-201ENSMUST00000007216 2937 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Yes1-201ENSMUST00000072311 4586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Zscan29-205ENSMUST00000163766 3611 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Irs1-201ENSMUST00000069799 9144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Ccser2-202ENSMUST00000090024 7509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Eva1c-203ENSMUST00000099548 1948 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Ctdspl2-204ENSMUST00000110578 3386 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Zbtb49-202ENSMUST00000114113 2645 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 AC238940.1-201ENSMUST00000225106 1858 ntBASIC15.03■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Krt26-201ENSMUST00000100482 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Pde4dip-205ENSMUST00000168438 8264 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Nphp1-201ENSMUST00000028857 2260 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Hpca-203ENSMUST00000116442 1568 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.02■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Efemp2-204ENSMUST00000165485 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Jdp2-202ENSMUST00000171754 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Lgals8-203ENSMUST00000124888 2843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Syvn1-201ENSMUST00000025723 2780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.02■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Ggn-202ENSMUST00000098609 2653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 5330406M23Rik-201ENSMUST00000195672 2094 ntBASIC15.02■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Nap1l1-201ENSMUST00000065917 1486 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Umad1-208ENSMUST00000162034 2015 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.02■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Gm42878-202ENSMUST00000200170 4783 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.02■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Oxa1l-201ENSMUST00000000985 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Me2-201ENSMUST00000025439 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Glb1-201ENSMUST00000063042 2396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Zfpm2-201ENSMUST00000053467 4974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Nudt18-201ENSMUST00000089049 3926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Nfatc2ip-201ENSMUST00000075671 3388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Prkcz-203ENSMUST00000105624 694 ntTSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Dcxr-202ENSMUST00000106148 830 ntTSL 2 BASIC15.02■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Crybb1-202ENSMUST00000112375 793 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.02■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Rpl18-ps2-201ENSMUST00000118863 567 ntBASIC15.02■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Gm8344-201ENSMUST00000119813 856 ntBASIC15.02■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Gm13436-201ENSMUST00000120418 567 ntBASIC15.02■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Gm11355-201ENSMUST00000121120 306 ntBASIC15.02■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Hint3-203ENSMUST00000161074 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Pym1-202ENSMUST00000163377 1158 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 4930544I03Rik-201ENSMUST00000181184 1276 ntTSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Pomc-204ENSMUST00000219543 1043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Gm21559-201ENSMUST00000220638 855 ntBASIC15.02■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Hesx1-201ENSMUST00000035433 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Gm8587-201ENSMUST00000076538 843 ntBASIC15.02■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Gm5417-201ENSMUST00000079706 384 ntBASIC15.02■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Apol7d-201ENSMUST00000097699 826 ntTSL 2 BASIC15.02■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Cadm2-202ENSMUST00000120594 3248 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.02□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Pja1-202ENSMUST00000113790 2108 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.02□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Tfap2c-202ENSMUST00000099058 2985 ntTSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Il6ra-201ENSMUST00000029559 3343 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Gm26565-201ENSMUST00000181642 1968 ntTSL 5 BASIC15.02□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 4933426K07Rik-201ENSMUST00000143009 1548 ntTSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 1600002D24Rik-202ENSMUST00000136744 1854 ntTSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Gm10110-201ENSMUST00000081204 1891 ntTSL 5 BASIC15.01□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Gm14261-201ENSMUST00000145105 1429 ntTSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Sf3a2-203ENSMUST00000148665 2213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Pex2-202ENSMUST00000071280 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Galnt6os-201ENSMUST00000160960 1389 ntTSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Alpl-201ENSMUST00000030551 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Gm13288-201ENSMUST00000094977 2850 ntAPPRIS P1 BASIC15.01□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Narfl-204ENSMUST00000134108 2062 ntTSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Dhx58-201ENSMUST00000017974 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Xrcc3-201ENSMUST00000021715 2422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Mif4gd-203ENSMUST00000106507 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Gm21983-201ENSMUST00000154724 1690 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.01□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Arhgap40-203ENSMUST00000165398 2028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.01□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Luc7l3-202ENSMUST00000107820 3478 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.01□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Gm20878-202ENSMUST00000108028 339 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.01□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Sap18-201ENSMUST00000111267 660 ntTSL 2 BASIC15.01□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Gm3764-209ENSMUST00000181550 1093 ntTSL 3 BASIC15.01□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Gm26952-201ENSMUST00000181996 409 ntTSL 3 BASIC15.01□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Gm36991-201ENSMUST00000191800 648 ntBASIC15.01□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Mrps12-201ENSMUST00000056078 722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Zbtb39-201ENSMUST00000054287 5960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Tmprss11d-202ENSMUST00000122377 2256 ntTSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Gnaz-202ENSMUST00000159991 3331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Kansl3-205ENSMUST00000186470 2801 ntTSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 AC157650.3-201ENSMUST00000225058 1476 ntBASIC15.01□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Cyp11a1-201ENSMUST00000034874 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Nek7-201ENSMUST00000027642 3737 ntTSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Tpm1-215ENSMUST00000113705 1759 ntTSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Comt-202ENSMUST00000115609 1786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Vav1-203ENSMUST00000112870 2743 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Diaph2-207ENSMUST00000167619 8439 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Disp2-204ENSMUST00000110846 1732 ntTSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Kcng1-201ENSMUST00000099069 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Tmem215-202ENSMUST00000179526 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Cacna1g-209ENSMUST00000107791 8002 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Pax7-201ENSMUST00000030508 5854 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Radil-204ENSMUST00000110785 3708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Kcnh7-202ENSMUST00000112452 2849 ntTSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Sigirr-203ENSMUST00000209294 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 A530020G20Rik-202ENSMUST00000181070 3660 ntTSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Obsl1-201ENSMUST00000113565 3379 ntTSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Emilin2-201ENSMUST00000024849 3910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
Rnf40Q3U319 Ankrd13c-201ENSMUST00000040787 3903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15□□□□□ -0.01
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 39.1 ms