Protein–RNA interactions for Protein: P11260

Lire1, LINE-1 retrotransposable element ORF1 protein, mousemouse

Predictions only

Length 357 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Lire1P11260 Sphk1-205ENSMUST00000106387 1957 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.74□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Dlgap4-204ENSMUST00000109566 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.74□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Tstd3-201ENSMUST00000029915 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.74□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Ptger1-201ENSMUST00000019608 4694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.74□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Bcl2-201ENSMUST00000112751 7191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.74□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Dgki-202ENSMUST00000090314 3784 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.74□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Spdya-201ENSMUST00000064420 1877 ntTSL 1 (best) BASIC13.74□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Myef2-206ENSMUST00000142718 2942 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.74□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Gm13003-201ENSMUST00000151040 2904 ntTSL 1 (best) BASIC13.74□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Plscr3-202ENSMUST00000108632 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.74□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Timp4-201ENSMUST00000032462 5496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.74□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Gm8784-201ENSMUST00000222096 1435 ntBASIC13.73□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Zfp13-202ENSMUST00000115516 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Lrwd1-201ENSMUST00000006301 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Ablim2-209ENSMUST00000129347 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.73□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Crybg2-213ENSMUST00000227683 5578 ntAPPRIS ALT2 BASIC13.73□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Arfip2-206ENSMUST00000131446 3275 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Zfp108-203ENSMUST00000206777 2562 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Myl12a-206ENSMUST00000148960 1937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Zfp688-201ENSMUST00000106300 1015 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.73□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Nkain4-202ENSMUST00000108873 865 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Tmsb4x-201ENSMUST00000112172 768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
Lire1P11260 H2af-ps-201ENSMUST00000119066 295 ntBASIC13.73□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Gm16183-201ENSMUST00000127527 1193 ntTSL 5 BASIC13.73□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Gm17271-201ENSMUST00000165535 355 ntBASIC13.73□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Gm44945-201ENSMUST00000206764 1187 ntBASIC13.73□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Pabpn1l-202ENSMUST00000212966 1113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Iqcd-201ENSMUST00000069259 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Vav1-204ENSMUST00000169220 2810 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Sirpa-203ENSMUST00000103202 3982 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Gdpd2-202ENSMUST00000113744 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Cacna1g-202ENSMUST00000100561 8125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Olfm1-202ENSMUST00000100244 2686 ntTSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Cul3-201ENSMUST00000163119 4709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Fuz-213ENSMUST00000209039 1453 ntTSL 5 BASIC13.73□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Elmo2-202ENSMUST00000074046 3502 ntTSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Dnajc27-202ENSMUST00000049584 2934 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.73□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Asxl1-201ENSMUST00000109790 6968 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.73□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Dcaf17-202ENSMUST00000102701 1703 ntTSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Tmc6-201ENSMUST00000026659 2865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Kcna5-201ENSMUST00000060972 2862 ntAPPRIS P1 BASIC13.73□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Pcdha12-201ENSMUST00000047614 5335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Kcnq1-201ENSMUST00000009689 3029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Vill-207ENSMUST00000141185 1645 ntTSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Rapsn-201ENSMUST00000050323 1606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Slc39a3-202ENSMUST00000117276 3796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Kif11-201ENSMUST00000012587 4819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Ecm1-201ENSMUST00000029753 1894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Fam57b-202ENSMUST00000098032 1894 ntTSL 5 BASIC13.72□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Ncln-202ENSMUST00000118498 2841 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.72□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Gm13375-201ENSMUST00000126967 854 ntTSL 2 BASIC13.72□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Tbc1d7-202ENSMUST00000179852 1246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Gm26517-201ENSMUST00000181279 1172 ntTSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
Lire1P11260 H2-Bl-211ENSMUST00000195838 1105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Gm10419-203ENSMUST00000197854 653 ntTSL 5 BASIC13.72□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Gm44872-201ENSMUST00000207864 420 ntBASIC13.72□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Cmtm3-204ENSMUST00000212081 850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.72□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Timm13-203ENSMUST00000218481 471 ntTSL 3 BASIC13.72□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Atp5o-201ENSMUST00000023677 838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Timm10b-201ENSMUST00000058333 694 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Ly6k-201ENSMUST00000060301 791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Gm45844-204ENSMUST00000209833 1524 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.72□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Olfr718-ps1-202ENSMUST00000213631 4737 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC13.72□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Gm32369-201ENSMUST00000222630 1467 ntTSL 5 BASIC13.72□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Myo1d-201ENSMUST00000041065 5354 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.72□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Arntl2-204ENSMUST00000111639 2923 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC13.72□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Papd5-203ENSMUST00000119033 4624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Kpna6-201ENSMUST00000003828 2195 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.72□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Smtnl2-202ENSMUST00000108500 3572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Kcnk13-202ENSMUST00000160413 3061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Olfr742-202ENSMUST00000213935 2117 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.72□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Rad51b-202ENSMUST00000171210 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Cldn11-201ENSMUST00000046174 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Tmc8-201ENSMUST00000050874 2577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Ccdc43-205ENSMUST00000164506 2316 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.72□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Aatk-201ENSMUST00000064307 5336 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.71□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Cep55-203ENSMUST00000169673 2761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.71□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Mkrn3-201ENSMUST00000094340 2547 ntAPPRIS P1 BASIC13.71□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Caprin1-201ENSMUST00000028607 6169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.71□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Cad-206ENSMUST00000201838 3153 ntTSL 1 (best) BASIC13.71□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Gm4353-201ENSMUST00000111755 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.71□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Clec16a-205ENSMUST00000115827 2949 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.71□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Nup35-201ENSMUST00000028382 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.71□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Aff4-201ENSMUST00000060945 10099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.71□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Nr2f2-201ENSMUST00000032768 4222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.71□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Wdr47-201ENSMUST00000051145 4222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.71□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Syt13-201ENSMUST00000028648 3761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.71□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Sfxn4-203ENSMUST00000135808 1309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.71□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Ager-209ENSMUST00000174496 1347 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.71□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Sgta-202ENSMUST00000218208 1964 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.71□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Gm43738-201ENSMUST00000200659 2635 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.71□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Zfand3-201ENSMUST00000057897 2617 ntTSL 1 (best) BASIC13.71□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Yes1-201ENSMUST00000072311 4586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.71□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Map2k3-201ENSMUST00000019076 2198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.71□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Dhdds-203ENSMUST00000105886 1015 ntTSL 5 BASIC13.71□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Asphd1-202ENSMUST00000106339 518 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.71□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Gm11455-201ENSMUST00000149285 733 ntTSL 1 (best) BASIC13.71□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Ndufa1-201ENSMUST00000016571 419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.71□□□□□ -0.21
Lire1P11260 4930593A02Rik-202ENSMUST00000203879 938 ntTSL 5 BASIC13.71□□□□□ -0.21
Lire1P11260 Hapln3-202ENSMUST00000205782 930 ntTSL 5 BASIC13.71□□□□□ -0.21
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 30.8 ms